Titre
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Génomique de l’adaptation sur la base de données de séquences-liées (haplotagging) sur 14 populations de lézard vivipare
Encadrement
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Encadrant
Pierre de Villemereuil (MCF EPHE)
Courriel : pierre.de-villemereuil@mnhn.fr
Téléphone : 0140798037
Website : https://devillemereuil.legtux.org
Co-encadrant
Julien Cote (DR CNRS)
Courriel : julien.cote@univ-tlse3.fr
Website : https://juliencote.fr
Structure d’accueil
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Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB),
Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN),
57 rue Cuvier, 75005 PARIS
Website : https://isyeb.mnhn.fr
Description du stage
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Pour répondre aux changements globaux, une espèce à faible capacité de dispersion comme le lézard vivipare (Zootoca vivipara) peut s’acclimater par plasticité phénotypique ou s’adapter par évolution génétique. Afin de pouvoir anticiper l’existence, l’ampleur et la proportion de ces deux types de réponse, il est possible de comparer des populations existantes sur un gradient environnemental, notamment d’altitude et de température (approche « space-for-time »). Dans le cadre du projet DevOcGen, financé par la région Occitanie, des femelles de 14 populations ont été séquencées par une méthode de séquences-liées (permettant la reconstruction des haplotypes) nommée haplotagging. Ce stage propose d’utiliser ces données, incluant les données de phase haplotypique, pour étudier la diversité génétique inter- et intra-population, pour mettre en lien histoire démographique, environnement et adaptation entre ces populations. Le but sera de décrire la structure de population inter- et intra-population, et de la mettre en lien avec les données de démographie contemporaine sur ces populations ; puis d’étudier les signaux de sélection dans les génomes, notamment en lien avec des variables environnementales obtenues sur ces populations.
# Objectifs
Les objectifs du stage sont (i) de caractériser la structure de population entre les différentes populations ; (ii) caractériser la diversité génétique au sein des populations, notamment les populations en décroissance démographique et (iii) détecter des régions du génome potentiellement liées à l’adaptation locale entre les populations, en utilisant ou non des données environnementales.
# Méthodes
Analyse des données ; Bioinformatique ; génomique des populations ; cribles génomiques de sélection. Les données seront disponibles au début du stage.
# Contexte institutionnel
Le stage se déroulera de Janvier à Juin 2025 au sein de l’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB), au Jardin des Plantes du Muséum National d’Histoire Naturelle, à Paris. Il sera encadré par Pierre de Villemereuil (MCF EPHE). Il sera possible de poursuivre le stage par une participation au terrain de suivi de populations de lézards vivipares dans les Cévennes à l’été 2025. Il pourra se poursuivre par une thèse financée dans le cadre de l’ERC EvoGenArch.
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