CONTEXTE
L’Office Français de la Biodiversité bénéficie de territoires d’études sur lesquels les populations d’ongulés sont étudiées par capture-marquage-recapture depuis près de 40 ans. Ces études à long terme sont essentielles pour comprendre le fonctionnement démographique et spatial des populations d’ongulés en tenant compte de toute la complexité de l’écosystème : communauté d’ongulés sauvages et domestiques, climat, ressource, habitat, interactions avec activités humaines, et interactions hôtes-parasites.
Le Service Anthropisation et Fonctionnement des Ecosystèmes Terrestres (SAFET) de l’OFB a en charge les études menées depuis les années 1980 sur les territoires de montagne : Bauges (chamois puis chevreuil), Belledonne (bouquetin), Caroux (mouflon méditerranéen) et Orlu (isard). Dans chaque territoire, plus de 1000 individus ont été capturés pour être mesurés (données biométriques), marqués (pour estimation des paramètres démographiques), équipés de GPS (pour l’étude du comportement spatial). Une partie de ces individus a fait l’objet de prises de sang, dont les échantillons ont été analysés pour un panel d’agents pathogènes dans l’objectif de réaliser une veille sanitaire, ou dans l’objectif ponctuel de suivis épidémiologiques lors d’épisodes particuliers (pestivirose de l’isard à Orlu notamment). Ce suivi sanitaire se fait sous l’égide de vétérinaires du service SantéAgri de l’OFB.
Ces données de veille sanitaire n’ont jusqu’à présent été que peu analysées, notamment parce qu’elles manquaient de structure qui permettait de les relier aux données biométriques et démographiques. Elles ont fait l’objet en 2024 d’un gros travail de nettoyage, d’homogénéisation et de bancarisation, et sont dorénavant prêtes pour analyse. L’objectif est de lier les données sanitaires à la fois au niveau de la performance individuelle (comment les différents agents pathogènes influencent la croissance, le succès de reproduction et la survie des individus pour chaque espèce et chaque classe de sexe et âge) et au niveau de la démographie des populations (comment les prévalences affectent les taux de reproduction ou les taux de survie annuels).
OBJECTIFS DU STAGE
– Il s’agira dans un premier temps d’investiguer les relations au niveau individuel entre détection d’agents pathogènes et mesures biométriques (masse corporelle, taille des cornes, longueur de métatarse) et succès de reproduction pour les femelles.
– Dans un 2ème temps de tester s’il existe des différences de survie entre animaux exposés à ou atteints par des maladies et animaux sains
– Enfin, d’étudier si les variations spatio-temporelles de prévalence ou d’autres indices épidémiologiques, engendrent, au niveau populationnel, des variations dans les taux de survie et reproduction.
Données disponibles :
Les données issues des protocoles de capture-marquage-recapture des 4 sites mentionnés ci-dessus : mesures biométriques (masse corporelle, longueur de cornes, longueur de métatarse), succès de reproduction individuel, histoires de capture-recapture individuelles, et données sanitaires individuelles sur des séries temporelles allant de ~15 ans à 30 ans en fonction des sites et espèces.
DÉROULEMENT DU STAGE
– Durée : stage de 6 mois (démarrage flexible à partir de janvier 2024)
– Structure d’accueil : Office Français de la Biodiversité – Direction de la Recherche et Appui Scientifique – Service Anthropisation et Fonctionnement des Ecosystèmes Terrestres et Service SantéAgri
– Lieu d’accueil : Le·la stagiaire sera basé·e à l’OFB, à Gières (38610)
– Encadrement : Mathieu Garel (SAFET), Ariane Payne (SantéAgri), Carole Toïgo (SAFET)
– Indemnité de stage : selon les règles en vigueur, ~ 600€ Net/ mois.
PROFIL RECHERCHÉ
– Deuxième année de master, ou fin de cycle ingénieur, en écologie, modélisation ou statistiques.
– Goût prononcé pour l’écologie quantitative et l’analyse de données
– Bonne connaissance des outils d’analyses statistiques requise
– Maitrise du langage de programmation R obligatoire
– Connaissance des méthodes et outils d’analyse CMR souhaitée
– Connaissances en épidémio-surveillance et pathologie animale souhaitées
CONTACTS
Pour postuler, veuillez envoyer par mail un CV accompagné d’une lettre de motivation à mathieu.garel@ofb.gouv.fr, ariane.payne@ofb.gouv.fr et carole.toigo@ofb.gouv.fr avant le 22/11/2024
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