Offre de stage – Génétique des populations forestières.
Vieilles forêts et plantations anciennes : reconstruire l’histoire génétique du sapin pour mieux le conserver.
Niveau : Master 1/2,
Durée : 3 à 6 mois
Lieu : INRAE, Avignon
Début souhaité : Janvier-Février 2027, à définir
Contexte scientifique
Les vieilles forêts constituent des réservoirs de biodiversité, mais leur histoire génétique reste souvent méconnue. Au cours des derniers siècles, les plantations forestières ont pu introduire des arbres d’origines géographiques différentes, dont les descendants se sont mélangés aux populations locales. Ces événements peuvent laisser des traces durables dans le génome des arbres et modifier la diversité génétique des peuplements.
Dans le cadre du projet européen OptFORESTS qui vise à renforcer la diversité et la résilience des futures forêts européennes, nous proposons d’étudier une vieille sapinière située à La Tenelle, dans l’Aveyron. Les sapinières sont particulièrement rares dans ce territoire, ce qui confère à ce peuplement un intérêt majeur pour la conservation.
Les premiers résultats du projet OCCIGEN ont révélé une structure génétique complexe, associant des groupes d’origines pyrénéenne et alpine. Trois groupes génétiques ont été observés dans la zone cœur de La Tenelle. Cette diversité pourrait résulter à la fois de l’histoire naturelle du sapin pectiné et de plantations anciennes, probablement réalisées à la fin du XIXᵉ siècle.
Comment distinguer les héritages naturels des introductions humaines ? Les plantations ont-elles contribué à enrichir ou à modifier la diversité génétique locale ? Et comment intégrer cette histoire dans la création d’une unité de conservation génétique ?
Objectifs du stage
Le stage aura pour objectif de reconstruire l’histoire génétique de la sapinière de La Tenelle et de ses peuplements voisins, afin d’évaluer les conséquences des plantations anciennes sur la diversité et la connectivité génétiques.
Le ou la stagiaire travaillera sur un jeu de données comprenant 325 arbres, dont 25 étudiés dans le cadre d’OCCIGEN et 300 échantillonnés dans le cadre d’OptFORESTS. Les données génétiques disponibles comprennent 14 loci microsatellites séquencés (SSRseq) et 74 SNP.
Les principales questions abordées seront :
Reconstruire la structure génétique du massif : identifier les groupes génétiques présents, leur répartition spatiale et leurs relations avec les origines géographiques connues.
Évaluer les mélanges génétiques : estimer les degrés d’admixture entre les groupes et rechercher les signatures de flux de gènes entre la vieille forêt et les peuplements voisins.
Explorer les conséquences sur les arbres : étudier les relations entre l’origine génétique, le degré de mélange et des caractères dendrométriques tels que la hauteur et la circonférence, afin de rechercher d’éventuelles associations avec la vigueur.
Contribuer à la conservation : discuter les implications des résultats pour la délimitation et la gestion d’une future unité de conservation génétique du sapin pectiné.
Méthodes et compétences développées
Le stage reposera principalement sur l’analyse de données génétiques et dendrométriques déjà acquises. Les analyses reposeront sur des approches de structure des populations, de diversité génétique, d’admixture, de différenciation et de connectivité, ainsi que des analyses statistiques sous R.
Le ou la stagiaire développera des compétences en génétique des populations, en traitement de données moléculaires, en statistiques et en interprétation écologique des résultats. Il ou elle sera également amené(e) à réfléchir à la manière dont les résultats scientifiques peuvent être mobilisés pour orienter la conservation des ressources génétiques forestières.
Ce stage offre l’opportunité de travailler à l’interface entre génétique évolutive, écologie forestière et conservation, sur un cas d’étude concret au sein d’un projet européen.
Profil recherché
Étudiant(e) en Master en biologie, écologie, génétique ou sciences forestières, avec un intérêt marqué pour la génétique des populations et la conservation de la biodiversité.
Une première expérience en analyse de données génétiques ou en statistiques serait appréciée. La connaissance du logiciel R est souhaitée. Curiosité scientifique, rigueur et intérêt pour le travail en équipe seront des atouts importants.
Environnement de travail
Le stage sera encadré par Caroline Scotti-Saintagne, ingénieure de recherche en génétique forestière, au sein de l’unité de recherche Écologie des Forêts Méditerranéennes (URFM, INRAE), dans l’axe Biologie des populations et évolution (BioPopEvol).
Lieu d’exercice : Domaine Saint-Paul, site Agroparc, route de l’Aérodrome, 84914 Avignon Cedex 9.
Rémunération : selon la réglementation et la grille de gratification applicables à INRAE.
Date de début : à définir, idéalement janvier-février 2027.
Durée : 3-6 mois, selon le niveau de formation et les possibilités d’accueil.
Pour en savoir plus
Projet OptFORESTS : https://www.optforests.eu/
Projet OCCIGEN : https://hal.inrae.fr/OCCIGEN
Unité Écologie des Forêts Méditerranéennes : https://ecologie-des-forets-mediterraneennes.paca.hub.inrae.fr/.
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