Contexte. Le stage proposé a pour objectif d’explorer l’une des questions de recherche formulées dans le projet CELSIUS (« Climate changE and bioLogical invaSion: an integrative approach to elucidate the genetic, epIgenetic and holobiontic mechanisms involved in the sUccess of invaSive plants”) qui sera déposé en novembre 2024 en réponse à l’AAP Européen Marie Skłodowska-Curie Action Doctoral Networks (HE MSCA DN). Cette question vise à distinguer l’impact des déterminants génétiques et environnementaux dans la variation épigénétique d’une plante invasive à reproduction clonale mais potentiellement sexuée, en l’occurrence la petite pervenche Vinca minor. L’étude sera menée sur plusieurs sites localisés en Pologne et en France lesquels seront sélectionnés sur la base des stratégies de reproduction de l’espèce. A noter que l’un des sites a d’ores et déjà été « sélectionné » et échantillonné (mai 2024) à Zakrzówek Szlachecki en Pologne (51°02’56.6″N 19°13’44.5″E) de par l’observation de graines traduisant une stratégie de reproduction sexuée rarement observée chez la petite pervenche.
Les étapes du projet sont les suivantes :
i. Délimitation de la zone d’étude (20mx20m) et collecte des données par la méthode des quadrats (1m²).
ii. Dans chaque quadrat :
– Variabilité environnementale : analyse de la couverture végétale du sol forestier ; collecte des données microclimatiques ;
– Variabilité phénotypique : analyse de la variabilité des traits architecturaux et physiologiques ;
– Variabilité génétique et épigénétique : collecte de feuilles fraîches pour les analyses moléculaires (EDYSAN, BIOPI, CRRBM).
iii. Analyse de données : autocorrélation spatiale, modèle bayésien hiérarchique.
Publications:
– Araki KS, Kubo T, Kudoh H. Genet-specific DNA methylation probabilities detected in a spatial epigenetic analysis of a clonal plant population. PLoS One. 2017 May 22;12(5):e0178145. doi: 10.1371/journal.pone.0178145. PMID: 28542457; PMCID: PMC5439711.
– Skinner MK. Environmental epigenetics and climate change. Environ Epigenet. 2022 Dec 14;9(1):dvac028. doi: 10.1093/eep/dvac028. PMID: 36694710; PMCID: PMC9869649.
– Romero-Mujalli D, Fuchs LIR, Haase M, Hildebrandt JP, Weissing FJ, Revilla TA. Emergence of phenotypic plasticity through epigenetic mechanisms. Evol Lett. 2024;8(4):561-574. Published 2024 Mar 27. doi:10.1093/evlett/qrae012
Compétences / intérêt : écologie forestière, écologie évolutive, écophysiologie, biologie moléculaire, analyses statistiques (maîtrise de R), travail en autonomie.
Durée et date de stage : 6 mois (janvier – juin 2025)
Financement du stagiaire : Dotation CNRS/ministère ; Indemnisation : en fonction des dispositions légales en vigueurs.
Co-Encadrants:
Annie GUILLER (PR), Thomas KICHEY (MCU), Fabien SPICHER (UMR 7058 EDYSAN CNRS UPJV) https://www.u-picardie.fr/edysan/
Olivier VAN WUYTSWINKEL (BIOPI-UPJV, UMRT BioEcoAgro INRAE 1158)
https://biopi.u-picardie.fr/contacts/contacts-442035.kjsp
Contact : Les candidats doivent envoyer un CV et une lettre de motivation à : annie.guiller@u-picardie.fr et ovw@u-picardie.fr
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