– Localisation du poste : Muséum national d’Histoire naturelle, UMR7205 – Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité, Laboratoire d’Entomologie, CP50, 45, rue Buffon, 75005 Paris – France
– Le projet : Il s’agit d’initier la phase 2 du projet BIOSCAN (Caractérisation moléculaire et surveillance de la biodiversité terrestre en France : étude pilote et mobilisation des acteurs nationaux) coordonné par le MNHN et l’OFB. Cette phase 2 s’étend sur une période de 2 années (2024-2025).
Le poste proposé est un contrat de niveau ingénieur d’étude d’une durée de 12 mois, en appui au développement et à la mise en œuvre d’un dispositif « pilote » de surveillance de la biodiversité terrestre fondé sur la caractérisation moléculaire des espèces par metabarcoding. Celui-ci vise principalement les espèces d’invertébrés collectés par piège dit de « Malaise ». Dans la continuité de la phase de test opérationnel du dispositif, la personne recrutée contribuera à initier une phase expérimentale contextualisée de production de données de surveillance de la biodiversité, et au test de nouveaux dispositifs. Ces expérimentations seront initiées dès la fin du printemps 2024 et auront vocation à perdurer en 2025 et potentiellement au-delà de cette période de lancement de la phase 2 du projet BIOSCAN. Ce contrat est donc susceptible d’être renouvelé dans la continuité du projet.
– Les missions : la personne recrutée aura pour missions principales : (i) le traitement des échantillons issus de la phase opérationnelle du projet initiée en 2022 et du déploiement en cours de la phase 2 du projet. Il s’agira de réaliser des expérimentations allant du tri et de la préparation des échantillons de pièges Malaise collectés, leur conditionnement et stockage, à l’extraction de l’ADN et à leur préparation pour séquençage haut-débit auprès d’un sous-traitant. (ii) Contribuer à l’élaboration et tester de nouvelles méthodes et de nouveaux protocoles visant à optimiser le dispositif de surveillance déployé, répondre aux besoins opérationnels déjà mis en évidence (e.g. alternative à l’éthanol, conditionnement des échantillons, etc.), et participer au traitement moléculaire des échantillons dans une perspective de surveillance nationale à large échelle. Il s’agira de participer à l’adaptation de dispositifs de surveillance complémentaires et des protocoles dédiés, en réalisant des expérimentations incluant la mise en œuvre et le suivi des dispositifs sur le terrain, le recueil des échantillons, leur préparation, leur conditionnement et leur stockage, ainsi que leur traitement en laboratoire depuis l’extraction de l’ADN jusqu’à la construction au laboratoire des librairies métagénomiques et leur séquençage (MinION (en interne) et/ou Illumina (sous-traitance)).
Dans le cadre du projet, le/la candidat·e sera ainsi amené·e à consolider la chaine de travail déjà mise en place pour le traitement des échantillons de la phase 1 (test opérationnel) du projet, mais également à participer au développement et à la mise en œuvre de sa phase 2.
Les indicateurs d’évaluation et les livrables attendus :
Il est attendu une gestion efficace des échantillons depuis leur collecte/réception jusqu’à leur stockage, en passant par leur traitement expérimental en laboratoire. La personne recrutée travaillera en étroite collaboration avec ses encadrants afin d’assurer un suivi précis des avancées de l’échantillonnage, du traitement des échantillons et de leur stockage. Il est attendu que ce travail amènera à la production de données métagénomiques pour les échantillons relevant des deux missions exposées plus haut.
Une participation à l’analyse et à l’interprétation des résultats obtenus est également souhaitée et mènera la personne recrutée à participer à la publication des résultats dans des revues scientifiques internationales, en appui à l’équipe encadrante et aux collaborateurs du projet.
Encadrement : La personne recrutée sera sous la responsabilité des deux coordinateurs du projet : Rodolphe Rougerie (maître de Conférence, ISYEB, MNHN) et Antoine Lévêque (Directeur du projet « Surveillance de la biodiversité terrestre » à PATRINAT (OFB-MNHN)) ; elle sera encadrée dans ses activités par Lucas Sire (chercheur postdoctorant, ISYEB, MNHN pour le projet « Surveillance de la biodiversité terrestre »).
Relations professionnelles : En interne : La personne recrutée travaillera au sein de l’Institut de Systématique, Évolution et Biodiversité (UMR7205 – ISYEB) au MNHN, qui est une unité regroupant plus de 90 chercheurs et près de 70 doctorants et postdoctorants. Les thématiques abordées au sein de l’unité sont très diverses et traitent principalement de questions en lien avec la systématique, la biologie évolutive, l’écologie, la biogéographie et la macroécologie pour une diversité d’organismes non-modèles. Le MNHN dispose de plateaux techniques d’acquisition et d’analyse de données à la pointe des technologies et des méthodes que le candidat sera également amené à fréquenter et où il côtoiera les ingénieurs et les techniciens assurant leur fonctionnement. En externe : La personne recrutée travaillera en collaboration avec des acteurs et opérateurs locaux ou nationaux impliqués dans la surveillance de la biodiversité, plus particulièrement sur les sites choisis pour le déploiement de la phase 2 du projet BIOSCAN.
Compétences recherchées : La/le candidat(e) recherché(e) devra :
• Être titulaire d’un diplôme de niveau master ou équivalent en sciences de la biodiversité ; il peut s’agir d’une formation dédiée à la biologie moléculaire dans un contexte de génétique ou génomique environnementale, ou plus largement de formations en écologie ou en biologie évolutive avec une composante importante consacrée à l’utilisation des outils moléculaires. En conséquence la/le candidat(e) devra pouvoir faire preuve de connaissances théoriques et pratiques solides en biologie moléculaire et en génétique/génomique.
• Démontrer une expérience de laboratoire en biologie moléculaire et une maîtrise forte, en autonomie, des protocoles classiques d’extraction et d’amplification des acides nucléiques (ADN, ARN), mais également pour la préparation de librairies NGS, notamment les approches de multiplexage des échantillons.
Seront également particulièrement appréciées :
• Une expertise avérée dans l’utilisation des approches moléculaires (barcoding, metabarcoding) pour la caractérisation des espèces et des communautés d’espèces ;
• Des compétences dans l’utilisation des outils d’analyse de séquences ADN issus des séquenceurs haut-débit (nettoyage, démultiplexage, assemblage de contigs, etc.) et de statistiques.
• Une expérience dans le domaine de l’entomologie et un intérêt particulier pour cette discipline.
• La démonstration de très bonnes qualités relationnelles et d’une expérience dans les interactions avec des acteurs de terrain pour pouvoir expliquer les protocoles et les objectifs de l’étude et contribuer à leur implication, notamment pour le déploiement futur du dispositif de surveillance.
Horaires et conditions de travail : du lundi au vendredi, horaires adaptables dans les créneaux d’accès autorisé au bâtiment d’Entomologie (8h-19h) ; télétravail possible lors de phases du projet nécessitant un travail de bureau, en accord avec les encadrants directs et dans le cadre autorisé au sein de l’établissement.
La personne recrutée pourra être amenée à réaliser des déplacements sur le terrain, ponctuellement en province (probablement en région montpelliéraine) et plus régulièrement en région parisienne (sites accessibles en transport en commun ou par véhicule si détention du permis B). Elle sera alors soumise aux règles usuelles de l’établissement en matière d’indemnisation des missions.
Lieu de travail : MNHN, laboratoire d’Entomologie, CP50, 1er étage, 45 rue Buffon, Paris
Contrat ou niveau d’emploi : Contrat de projet d’une durée de 12 mois, catégorie A, niveau 3 (chargé(e) d’études)
Salaire : Environ 2000€ net/mois selon l’expérience et suivant la grille de fonction et rémunération de l’établissement pour un poste de chargé(e) d’études (niveau 3).
Candidatures : Merci d’envoyer votre candidature par email à :
rodolphe.rougerie@mnhn.fr
antoine.leveque@mnhn.fr
lucas.sire@mnhn.fr
Celle-ci devra prendre la forme d’un fichier PDF unique contenant :
• Une lettre de motivation
• Un CV détaillé
La prise en compte des candidatures commence dès la publication de cette annonce et se poursuivra jusqu’à la sélection d’un candidat.
Le début du contrat est envisagé pour début juin 2024.
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