Un poste de Post-Doctorant.e en Génomique des Populations, Bioinformatique et Fonctionnement des Ecosystèmes est actuellement ouvert aux candidatures au sein de l’équipe LINKING de la station SETE-CNRS (https://sete-moulis-cnrs.fr). L’objectif principal de ce poste est de développer des ressources moléculaires (gènes candidats conservés à travers les phylums) pour estimer la diversité génomique des communautés d’eau douce et déduire les liens entre la diversité génomique mesurée au niveau de la communauté et les fonctions des écosystèmes.
Missions
La personne sélectionnée jouera un rôle central dans un projet financé par le CNRS et l’ANR Labex Tulip (https://www.labex-tulip.fr/) ayant pour mission de développer des ressources moléculaires pour évaluer la diversité génomique à l’échelle des communautés biologiques et tester empiriquement ces ressources. Traditionnellement, la biodiversité est mesurée soit en quantifiant le nombre d’espèces dans une communauté (diversité interspécifique), soit en estimant la diversité génétique/génomique au sein d’une espèce (diversité intraspécifique). Les deux facettes de la diversité constituent la biodiversité, mais elles sont généralement évaluées séparément en raison de l’absence d’une unité universelle englobant à la fois la diversité interspécifique et intraspécifique.
Cette séparation limite considérablement notre compréhension (i) des mécanismes qui sous-tendent les modèles de biodiversité dans l’espace et dans le temps, (ii) des conséquences de la perte de biodiversité sur le fonctionnement des écosystèmes, et (iii) des influences réciproques potentielles entre la biodiversité et l’environnement (rétroactions éco-évolutives). ). Récemment, nous avons introduit un cadre pionnier dans lequel la diversité génomique mesurée au niveau des gènes candidats (fonctionnels) conservés dans l’arbre de vie, connus sous le nom de gènes candidats phylogénétiquement conservés (PCCG), pourrait combler cette lacune. Elle permet une estimation globale de la biodiversité, dite biodiversité inclusive, à l’échelle communautaire (Blanchet et al., Mol Ecol, 2023).
Dans le cadre d’un projet en cours et en s’appuyant sur des recherches préliminaires (Fargeot et al., données non publiées), la personne sélectionnée sera responsable de mener des analyses bioinformatiques pour identifier les PCCG au sein de deux groupes taxonomiques importants : le zooplancton d’eau douce et les arbres riverains (et/ou phytoplancton d’eau douce). Par la suite, la personne sélectionnée validera ces ressources PCCG à travers des échantillons de communautés artificielles, expérimentales et naturelles. Des échantillons de communautés naturelles seront également utilisés pour découvrir les facteurs déterminants de la diversité des PCCG dans la nature. Enfin, la personne sélectionnée participera à des expériences sur la fonction de la biodiversité au sein des écosystèmes d’eau douce dans le cadre d’une thèse de doctorat en cours.
Activités
-Identifier des gènes candidats fonctionnels pertinents
-Isoler les séquences de ces gènes dans des espèces phylogénétiquement proches des groupes taxonomiques ciblés
-Assurer le suivi du développement des sondes de captures
-Assurer le suivi du séquençage des gènes ciblés
-Réaliser des analyses de génomiques des populations et des communautés
-Analyse statistique des données
-Rédaction d’articles scientifiques et communication
-Encadrement d’étudiant.e.s
Compétences
– Solides compétences en bioinformatique (alignements de génomes, procédures d’identification de marqueurs génomiques, etc…).
– Bonnes connaissances en biologie moléculaire, notamment associées à la préparation de bibliothèques pour NGS et à la capture de gènes
– Des connaissances préalables en milieux aquatiques et/ou fonctionnement des écosystèmes et/ou théories écologiques sont un atout. Plus généralement, nous recherchons une personne ouverte d’esprit et intéressée par les théories écologiques et évolutives.
Contexte de travail
La personne recrutée sera basée à la Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale (https://sete-moulis-cnrs.fr/fr/) à Moulis en Ariège. La Station est composée d’une soixantaine de personnes et accueille des recherches en écologie et en évolution sur divers organismes et en combinant des approches de terrain, expérimentales et théoriques. La personne recrutée sera accueillie au sein de l’équipe LINKING (https://sete-moulis-cnrs.fr/fr/recherches/linking) dont les recherches se concentrent sur l’établissement des liens et des rétroactions entre les changements de la biodiversité, les interactions des espèces, le fonctionnement des écosystèmes et les activités humaines. La Station est située dans un petit village au pied des Pyrénées et à quelques kilomètres d’une ville accueillant tous les services et commerces. C’est un cadre bucolique, apaisant et particulièrement attractif pour les personnes appréciant les activités de plein air.
Contraintes et risques
-Travail de terrain en milieu isolé
-Pêches électriques
-Travaux expérimentaux avec des animaux pouvant nécessiter des contraintes horaires le week-end
Les candidat.e.s doivent être titulaires d’un doctorat en bioinformatique et/ou en écologie évolutive. La personne recrutée interagira et collaborera avec les personnes impliquées dans le projet. Le contrat durera jusqu’à 18-21 mois (selon l’expérience antérieure) et débutera idéalement en avril 2024. Selon son expérience, son salaire sera compris entre 2900 € et 3300 € brut par mois selon l’expérience. Les personnes intéressées déposeront leur candidature (CV et lettre de motivation) sur l’espace candidature du Portail Emploi du CNRS (https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UAR2029-SIMBLA-005/Default.aspx?lang=EN) au plus tard le 27 janvier 2024.
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