Structure d’accueil
ANSES, Laboratoire de la Rage et de la Faune Sauvage de Nancy (LRFSN)
L’Agence nationale de sécurité de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES) assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, animale, végétale et le bien-être animal.
Le LRFSN a pour champ d’étude les agents infectieux circulant dans la faune sauvage et ayant un impact en santé publique ou en élevage et étudie le rôle des hôtes sauvages dans la circulation de ces agents pathogènes.
L’équipe Parasitologie étudie différentes espèces parasitaires zoonotiques et héberge le Laboratoire National de Référence Echinococcus spp.
Lieu de stage :
Malzéville (54), France
Conditions particulières :
Les horaires d’ouverture de l’ANSES sont les suivants : 7:30 – 19:30 du lundi au vendredi. L’étudiant sera soumis au régime quotidien de 7h de travail. Tout le matériel et fourniture (incluant le poste informatique) au bon déroulement du stage sera mis à disposition de l’étudiant.
Coordonnées (nom, tel., e-mail) de l’encadrant de la structure d’accueil
Gérald Umhang, tél. : 03.83.29.89.86, E-mail : gerald.umhang@anses.fr
Dates du stage : Janvier à Juin 2025
Candidature : Envoyez un CV et une lettre de motivation à l’adresse mail ci-dessus avant le 31 octobre 2024.
Description du sujet de stage
Contexte :
Les zoonoses alimentaires dues à des parasites tels que des helminthes (Echinococcus sp., Toxocara sp.) et des protozoaires (Toxoplasma gondii, Giardia sp., Cryptosporidium sp.) sont d’importance mondiale. Bien que l’Homme soit une impasse parasitaire pour la plupart de ces parasites, il peut développer des symptômes frustres mais aussi dans certains cas être potentiellement fatale. L’Homme se contamine essentiellement en ingérant des stades libres (œufs, oocystes, larves) et/ou des stades larvaires enkystés des parasites présents sur ou dans des aliments (voir le cycle sur la figure). L’environnement, comme le sol ou l’eau, peuvent également être une source de contamination ainsi que le contact avec des animaux hôtes définitifs de ces parasites qui excrètent les stades libres parasitaires dans l’environnement via leurs selles.
Les fruits et les légumes crus ou mal cuits sont des sources de transmission parasitaire reconnues chez l’humain. Toutefois, les taux de contamination de ces aliments restent encore mal renseignés à travers le monde, malgré l’augmentation du nombre d’études sur cette thématique depuis quelques années. Connaître la contribution relative de l’alimentation dans la contamination humaine, permettrait à terme de développer et mettre en place des stratégies de prévention et de contrôle afin de réduire le risque d’infestation humaine. Dans ce contexte, le LRFSN a récemment dirigé une étude multicentrique au sein du projet européen EJPOH MEmE visant à détecter les espèces des genres Echinococcus et Taenia dans plus de 1100 salades et 430 lots de fruits à baies provenant de 12 pays européens ainsi que de Tunisie et du Pakistan. Les taux de contamination observés confirment la nécessité de poursuivre ces études pour accumuler les données en vue d’une future caractérisation du risque de contamination humaine.
Objectifs scientifiques / Scientific objectives:
Au sein du projet européen Animal Health & Welfare (AH&W), une action regroupant 12 pays Européens vise entre autre à évaluer les taux de contamination par différents parasites transmis par les aliments de plusieurs fruits à baies et végétaux produits localement ou importés dans les pays participants. En parallèle, d’un point de vue plus expérimental, le projet de thèse CALIPAR, mené en collaboration entre l’ANSES et l’Université de Reims Champagne Ardenne (URCA) s’intéresse à comprendre et évaluer la contamination des salades et fruits à baies par les parasites zoonotiques Echinococcus spp. et Toxoplasma gondii.
Le projet de ce stage de Master 2 s’intègrera dans ces deux projets AH&W ainsi que CALIPAR en se focalisant uniquement sur les fruits à baies frais importés en France. Les différentes espèces au sein de six genres parasitaires vont être recherchées dans les échantillons :
– Helminthes : Echinococcus sp., Taenia sp. et Toxocara sp. (au LRFSN à Malzéville)
– Protozoaires : T. gondii, Cryptosporidium sp., Giardia sp. (en collaboration avec l’URCA)
Modalités de réalisation :
Pré-phase : Comparaison de méthodes entre lavage/centrifugation (à tester) versus lavage/filtration (déjà utilisée) des lots de baies puis sélection du protocole le plus sensible et/ou le plus facile à mettre en œuvre.
Première phase : Elaborer une stratégie d’échantillonnage pertinente, en fonction du type de baies, des lots et de leur pays de provenance. Les échantillons seront à acheter dans différents commerces au fur et à mesure.
Deuxième phase : Traiter les échantillons (lavage/centrifugation ou filtration, extraction d’ADN, PCR temps réel)
Troisième phase : Analyser les données (séquençage, statistiques, épidémiologie)
Etude satellite : Réaliser une brève étude comparative entre l’observation microscopique et la détection moléculaire pour la détection des œufs d’Echinococcus spp. présents dans des culot de lavage de végétaux et de baies sur la base d’un test de panels en aveugle.
Compétences souhaitées :
Appétence pour le travail de laboratoire.
Expérience en biologie moléculaire (extraction ADN, PCR temps réel).
Autonomie, flexibilité, sens de l’organisation et aptitude au travail en équipe.
Des connaissances en analyses statistiques serait un plus.
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