Résumé :
La structure génétique à fine échelle d’une population est influencée par l’organisation physique et spatiale des éléments du paysage ainsi que par divers aspects de la biologie des espèces, notamment leurs comportements de reproduction et de dispersion, qui modèlent les flux de gènes au sein de la population. Pour les espèces sociales, il a été démontré que l’environnement social (taille et composition des groupes voisins) peut agir comme une contrainte supplémentaire à la dispersion, créant des barrières invisibles.
L’impact de la pression anthropique sur la structuration génétique des populations animales sauvages a été largement étudiée sous l’angle de la fragmentation de l’habitat, qui limite le flux génétique et menace ainsi la viabilité génétique des populations. Cependant, les activités humaines peuvent interagir avec la structure génétique de manière plus complexe. Par exemple, les activités agricoles modifient la prévisibilité et la disponibilité des ressources alimentaires, ce qui peut à son tour modifier le comporte-ment spatial des animaux. La concentration de nourriture riche en calories attire les individus et, dans le cas des espèces sociales, pourrait augmenter les rencontres entre groupes et affecter le paysage social.
Afin de comprendre les effets de l’environnement social et de la pression anthropique sur les flux de gènes entre groupes sociaux, nous souhaitons étudier la structure génétique d’un primate en danger, le macaque de Barbarie (Macaca sylvanus), vivant dans un paysage anthropisé de l’Atlas Moyen au Maroc. En 2023, environ 500 échantillons fécaux d’individus vivant dans des groupes sociaux, dont la taille et la composition sont connues, ont été collectés dans deux massifs forestiers : une forêt continue et une forêt à l’interface de parcelles agricoles. Les objectifs du stage seront les suivants :
• Estimer la diversité génétique et la taille effective des populations et les analyser leur dynamique depuis 15 ans.
• Estimer la structure génétique et le flux de gènes entre les groupes au sein de chaque population.
Nous supposons que, en raison de la fragmentation continue de l’habitat, la diversité génétique a diminué au cours des 15 dernières années. Nous émettons l’hypothèse que les flux de gènes dans l’habitat forestier naturel sont influencés par la distance et l’environnement social, tandis que dans l’habitat agricole, les flux de gènes sont accrus en raison de taux de rencontres plus élevés.
Calendrier du stage :
• Janvier-Février : Travaux en laboratoire : PCR sur des marqueurs microsatellites à partir d’ADN dégradé (protocoles déjà en place, finalisation des données)
• Mars à Juin : Analyses spatiales et statistiques des données génétiques, démographiques et de paysage, rédaction d’article
Profil recherché :
Master 2 à profil recherche ayant suivi des enseignements en génétique des populations, dynamique des populations, écologie comportementale, biologie de la conservation. Maitrise des outils de SIG et d’analyses statistiques. Aisance dans la rédaction scientifique en anglais. Une expérience préalable en laboratoire sera appréciée.
Conditions du stage :
Encadrante : Pascaline Le Gouar (MCF), pascaline.legouar@univ-rennes.fr
Encadrement technique : Jesaëlle Piquet (AI)
Affectation : UMR 6553 EcoBio, Université de Rennes
Période : janvier-juin 2025, laboratoire et bureau à la station biologique de Paimpont (station de terrain à 45 min de Rennes), le permis est conseillé. Un logement (chambre étudiante) sur place est possible. Intégration dans le projet de recherche COHUMAG financé par l’ANR.
Candidature: envoyez à pascaline.legouar@univ-rennes.fr un CV, une lettre de motivation, les coordonnées de personnes référentes avant le 21 octobre.
Publications dans le domaine de recherche:
Berger-Tal, O.; Saltz, D. (2019). Invisible Barriers: Anthropogenic Impacts on Inter- and Intra-Specific Interactions as Drivers of Landscape-Independent Fragmentation. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, https://doi.org/10.1098/rstb.2018.0049.
Le Gouar, P.; Vallet, D.; Ernoult, A.; Petit, E. J.; Rantier, Y.; Dréano, S.; Qarro, M.; Ménard, N. (2021). A Multiscale Analysis of Landscape Resistance Reveals Genetic Isolates in an Endangered Forest-Specialist Species the Barbary Macaque (Macaca Sylvanus). Biological Conservation, https://doi.org/10.1016/j.biocon.2021.109337.
Westphal, D., Mancini, A. N., Baden, A. L. (2021). Primate Landscape Genetics: A Review and Practical Guide. Evolutionary Anthropology: Issues, News, and Reviews, https://doi.org/10.1002/evan.21891
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