Offre de stage Master 2 : Impacts de la préparation mécanique des sols forestiers sur la diversité fonctionnelle des communautés fongiques
Laboratoire Ecodiv USC 1499 INRAE Université de Rouen Normandie
Objectifs du stage :
En réponse à une perturbation induite par différentes méthodes de travail mécanisé du sol avant plantation de chêne :
1. Évaluer la réponse fonctionnelle à court terme des communautés fongiques à partir du dosage d’activité enzymatique des solutions de sol et des apex racinaires.
2. Évaluer la réponse taxonomique à court terme des communautés mycorhiziennes et saprotrophes par une approche de métabarcoding environnemental.
Contexte du stage :
La forêt française joue un rôle essentiel dans l’atténuation des émissions de GES de la France par la séquestration de carbone dans la biomasse aérienne ainsi que dans les sols forestiers. Les changements globaux augmentent les contraintes abiotiques (hausse des températures, fréquence et intensité des canicules, modification du régime des pluies) qui menacent la capacité des forêts à assurer leur fonction de stockage de carbone. Reconstituer les surfaces forestières dégradées et adapter les peuplements est indispensable pour préserver les fonctions rendues par les écosystèmes forestiers.
Le recours à la plantation constitue alors une des voies privilégiées pour renouveler les peuplements forestiers. Néanmoins, la réussite des plantations peut se trouver fortement compromise en cas de contraintes climatiques ou biotiques élevées, et les résultats d’expérimentations récentes (réseaux Alter et Pilote : https://www6.inra.fr/renfor/Reseaux-d-experimentation/PILOTE) démontrent l’intérêt de la préparation mécanisée du site (PMS) avant plantation pour assurer une bonne installation des plants. La mise en oeuvre de ces pratiques peut toutefois induire des modifications du fonctionnement des sols forestiers. Le projet CASTOR (Comportement du CArbone STOcké dans les sols lors de la Reconstitution des peuplements forestiers par plantation avec préparation mécanisée du site) financé par l’Ademe (2023-2026) a pour objectif de comprendre les effets de la préparation mécanisée sur les sols et de fournir aux gestionnaires forestiers des indicateurs de sensibilité des sols à différentes pratiques. Les profils d’activités enzymatiques d’origine microbienne sont des indicateurs biologiques du fonctionnement et de la qualité des sols, couramment utilisés en agronomie.
Ce stage s’intègre dans le volet 1 du projet CASTOR, axé sur la compréhension des effets de la PMS sur la dynamique du carbone organique du sol et sur la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés du sol (faune et fonge). Le stage aura pour objectifs : 1. de réaliser les mesures d’activités enzymatiques sur solutions de sols et apex racinaires ectomycorhiziens des 16 unités expérimentales 1 an après la plantation et 2. de décrire la réponse de la diversité taxonomique fongiques des sols et des rhizosphères à la PMS et à la plantation par métabarcoding d’ADN environnemental.
Méthodes :
Le travail de stage s’appuiera sur le site expérimental installé à l’hiver 2023/2024 dans le cadre du projet CASTOR sur la parcelle 80 en forêt domaniale d’Eu (76) où plusieurs modalités de préparation mécanisée du site ont été testées avant plantation de chêne.
Au cours du stage, le/la stagiaire réalisera des prélèvements de sol et d’apex racinaires dans les différentes modalités expérimentales du dispositif et mettra en œuvre un protocole de mesures des activités enzymatiques potentielles des communautés fongiques du sol, et principalement des communautés ectomycorhiziennes. Ces mesures par dosage de fluorescence sur microplaques (Pritsch et al. 2004 ; Courty et al. 2005) seront axées sur les enzymes ciblant l’azote, le phosphore et le carbone (accueil prévu sur site INRAE Grand Est pour ces mesures).
Le/la stagiaire réalisera également les procédures de biologie moléculaire (au laboratoire Ecodiv) pour le séquençage à haut débit (par prestataire) des communautés fongiques des sols et des rhizosphères : préparation des échantillons, extractions d’ADN environnemental et amplification par PCR du code-barres moléculaire ITS. Les données de séquençage obtenues seront analysées par pipe-line bioinformatique pour en inférer les données taxonomiques.
Enfin, le/la stagiaire analysera les données produites quant aux activités enzymatiques et aux diversités fongiques par des méthodes statistiques ad hoc (univariées ou multivariées) et des analyses classiques d’écologie des communautés.
Profil souhaité :
Niveau Master 2 /Master 1 ou équivalent en écologie terrestre, agronomie, sciences forestières.
Intérêt pour les écosystèmes forestiers et pour le travail sur le terrain et en laboratoire.
Connaissances en sciences du sol/agronomie/biologie végétale souhaitées ; une formation en écologie moléculaire ou en microbiologie serait un avantage.
Maîtrise des outils statistiques pour l’écologie des communautés.
Informations pratiques :
Période : début souhaité à partir de mars 2025 pour une durée de 4 à 6 mois.
Gratification : gratification de stage selon texte en vigueur pour 2025 (152,25 €/semaine) + remboursement des frais de déplacements.
Localisation : laboratoire Ecodiv (Université de Rouen), avec séjour court en centre INRAE Grand Est pour les mesures d’activité.
Encadrement : co-encadrement par Lucie Vincenot (Ecodiv, Université de Rouen) et Emila Akroume (ONF, pôle RDI de Dole).
Contact :
Lucie Vincenot : lucie.vincenot@univ-rouen.fr – 02 32 76 94 34
Pour faire acte de candidature, envoyer CV et lettre de motivation par email à Emila Akroume (emila.akroume@onf.fr) et Lucie Vincenot (lucie.vincenot@univ-rouen.fr) avant le 10 février 2025.
Gratification fixée à 4,35 euros / heure.
rmations pratiques
Période : début souhaité à partir d’avril 2024 pour une durée de 3 mois
Gratification : Gratification de stage selon texte en vigueur pour 2024 (152,25 €/semaine) + remboursement des frais de déplacements
Encadrement : Le stage sera co-encadré par Emila Akroume (ONF, pôle RDI de Dole) et Lucie Vincenot (équipe ECODIV, Université de Rouen).
Localisation :
Office National des Forêts, département Recherche, Développement et Innovation (RDI)
34 boulevard du président Wilson
39100 DOLE
Contact :
Emila Akroume
emila.akroume@onf.fr
Tel : 06-18-03-88-42
Pour faire acte de candidature ➔ Envoyer CV + lettre de motivation par email à Emila Akroume (emila.akroume@onf.fr) et Lucie Vincenot (lucie.vincenot@univ-rouen.fr) avant le 10 février 2024.
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