Offre de stage de Master 2 Résidus d’antibiotiques et dissémination de l’antibiorésistance via les lixiviats de sols agricoles : évaluation écotoxicologique et transfert potentiel chez les larves de l’amphibien Xenopus laevis

Offre de stage de Master 2
Résidus d’antibiotiques et dissémination de l’antibiorésistance via
les lixiviats de sols agricoles : évaluation écotoxicologique et
transfert potentiel chez les larves de l’amphibien Xenopus laevis
Mots-clés : Ecotoxicologie, lixiviation, amphibien, antibiorésistance.
Contexte
Dans le cadre du projet ATBR-SOL, qui vise à comprendre la dynamique de l’antibiorésistance lors de
l’épandage de digestats issus d’effluents d’élevage, ce stage de recherche propose d’explorer les
conséquences indirectes de ces pratiques sur le compartiment aquatique. Les processus de lixiviation
et de ruissellement des sols agricoles conduisent en effet au transfert vers les milieux aquatiques
constituant une voie d’entrée de résidus d’antibiotiques, de communautés bactériennes résistantes
et de gènes de résistance vers les eaux de surface.
Objectifs et missions
L’objectif principal du stage sera d’évaluer la toxicité de ces lixiviats à l’aide du modèle biologique
amphibien Xenopus laevis sous sa forme larvaire et son potentiel de dissémination de
l’antibiorésistance. Pour cela, des lixiviats seront préparés à partir de sols contrastés (amendés vs non
amendés, dopés ou non à l’oxytétracycline), caractérisés d’un point de vue physico-chimique puis
utilisés comme milieux d’exposition des larves de X. laevis selon le protocole ISO 21427-1. Les
paramètres suivis incluront la survie, la croissance, la génotoxicité (essai des micronoyaux), ainsi que
l’analyse de leur microbiote intestinal. L’abondance de gènes de résistance aux antibiotiques sera
mesurée dans les milieux d’exposition et dans le microbiote intestinal des larves par qPCR haut-débit.
La structure des communautés microbiennes dans ces différents compartiments et dans les différentes
conditions sera également documentée par séquençage métabarcoding. Ces analyses permettront
d’évaluer le rôle d’amplification ou d’atténuation de dissémination d’antibiorésistance que peut jouer
la faune aquatique.
Ce travail permettra de relier les caractéristiques des lixiviats aux réponses biologiques observées et
de mettre en évidence d’éventuels signaux de risque pour les écosystèmes aquatiques. Il contribuera
ainsi à élargir la portée du projet ATBR-SOL en intégrant une dimension écotoxicologique centrée sur
l’interface sol-eau-organismes.
Les missions :
1) Elaborer des lixiviats de sol
2) Conduire des bio-essais en conditions contrôlées
2
2025/2026
3) Procéder aux phases de prélèvement et d’analyse des échantillons biologiques
4) Analyser, traiter et interpréter les diverses données obtenues,
5) Présentation des résultats en réunion et rédaction du rapport de stage, puis soutenance.
Profil
Le/la candidat(e) devra présenter une formation en écotoxicologie ou en biologie environnementale.
Un intérêt marqué pour la biologie des organismes, l’écologie aquatique et la microbiologie sera
particulièrement apprécié, ainsi que pour la bioinformatique. Compte tenu des spécificités du projet,
la volonté à participer activement à la maintenance des élevages d’organismes aquatiques constitue
un atout essentiel. La maîtrise des outils de base en statistiques et du langage R est indispensable.
Encadrants : Florence Mouchet & Maialen Barret
Laboratoire d’accueil : Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (CRBE), UMR
5300, Avenue de l’Agrobiopôle 31326 Auzeville-Tolosan.
Equipe d’accueil : ECotoxicologie Intégrative (ECI).
Période de stage : à partir de janvier 2026 pour une durée de 6 mois.
Gratification : montant de la gratification en vigueur
Candidature : Veuillez envoyer un CV & lettre de motivation à florence.mouchet@toulouse-inp.fr
avant le 1 novembre 2025.