Les effets de l’augmentation globale des températures sur les organismes du sol et les impacts qui en résultent sur les cycles biogéochimiques et le fonctionnement des écosystèmes sont encore mal compris. Alors que les températures mondiales devraient augmenter de jusqu’à 5 °C au cours du prochain siècle, la réponse des processus du sol au réchauffement, ainsi que les rétroactions entre les réservoirs de carbone terrestre et atmosphérique influençant le climat, comptent parmi les principales incertitudes dans les prédictions des modèles du système terrestre. De plus, la vulnérabilité du réservoir de carbone des sols profonds (par exemple, à 1 m de profondeur ou plus) à la décomposition sous un réchauffement chronique est encore peu étudiée, et dans ce contexte, nous manquons de connaissances sur les réponses des communautés des organismes des sols, en particulier dans les horizons profonds du sol. Il est donc urgent d’affiner notre compréhension des réponses biotiques sous l’effet d’un réchauffement chronique des sols.
Ce stage de Master 2 s’inscrit dans le cadre du projet Soil Warming (financé par l’ANR) visant à étudier l’impact du réchauffement des sols sur la diversité multitrophique, en particulier les protistes, les nématodes et les arthropodes, et les fonctions associées à différentes profondeurs. Le ou la stagiaire aura pour mission d’analyser la réponse de ces communautés biologiques au réchauffement en utilisant une approche de métaséquençage de l’ADN environnemental. Il s’agira de reconstituer les réseaux trophiques du sol en appliquant une méthodologie basée sur un graphe de connaissance en écologie trophique des sols (implémenté dans une librairie R).
Objectifs :
L’objectif principal sera de quantifier statistiquement l’impact direct de l’environnement (réchauffement, pratiques de gestion) sur la composition des assemblages multitrophiques et la topologie des réseaux trophiques du sol. Le ou la stagiaire évaluera également si et comment les variations dans la composition des communautés multitrophiques, ainsi que les modifications d’habitat par les ingénieurs d’écosystème, influencent les fonctions microbiennes dans le sol.
Ce sujet de stage offre une opportunité unique de contribuer à la compréhension des interactions complexes entre le réchauffement des sols, sa biodiversité et les fonctions écosystémiques.
Méthodologie :
Phase 1 : Revue de la littérature sur l’effet des changements de température sur les sols.
Phase 2 : Nettoyage du jeu de données issu du métaséquençage de l’ADN du sol (réalisé en amont du stage).
Phase 3 : Traitement et analyse des données.
Phase 4 : Synthèse des résultats et rédaction du rapport de stage, en vue d’une publication scientifique si les résultats sont significatifs.
Compétences requises :
Connaissances en écologie des sols et en biologie moléculaire.
Maîtrise des techniques de biostatistiques et d’analyse de données écologiques.
Intérêt pour l’écologie multitrophique et la modélisation des réseaux trophiques.
GRATIFICATION : standard
Le stage se fera à Institut Agro Montpellier. Les candidatures (CV, lettre de motivation, relevés de notes) sont à envoyer avant le 30/09/2024 à mickael.hedde@inrae.fr et alessandro.florio@univ-lyon1.fr
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