Contexte :
Les populations d’ongulés domestiques sont en croissance à l’échelle mondiale en terme de nombre d’animaux mais aussi de surfaces de pâtures utilisées. En parallèle, les populations d’ongulés sauvages sont aussi en croissance avec parfois des zones géographiques où plusieurs espèces cohabitent. Du fait des proximités taxonomiques, comportementales et de spectres de sensibilité aux agents pathogènes, des transmissions d’agents pathogènes sont régulièrement observées entre différentes espèces d’ongulés, aussi bien domestiques que sauvages (e.g., brucellose, tuberculose, parasites). Parce que les rôles respectifs des populations sauvages et domestiques dans la dynamique des agents pathogènes peuvent différer, les mesures de gestion doivent s’adapter pour permettre un contrôle efficace de ces pathogènes tout en limitant les couts (biologiques et économiques). Par exemple, des mesures limitant les contacts ou le partage d’habitats peuvent être mises en place lorsque les ongulés sauvages agissent en tant que réservoir de maladie.
Identifier les risques de transmission d’agents pathogènes à l’interface domestiques-sauvages est cependant complexe et nécessite de nombreuses connaissances et données difficiles à acquérir. L’utilisation de modèles mathématiques permet dans un premier temps une meilleure compréhension de la dynamique des agents pathogènes afin de mieux comprendre les déterminants de la transmission des agents pathogènes et de tester des stratégies de contrôle.
Objectifs du stage :
Lors du stage, l’étudiant(e) fera une synthèse des outils et données déjà publiés permettant de modéliser la dynamique des agents pathogènes transmissibles par l’environnement entre populations. L’étudiant(e) devra ensuite utiliser ces informations afin de développer un modèle de base pour étudier la dynamique des agents pathogènes transmissibles pour lesquels l’environnement représente une source potentiellement importante d’infection. Le modèle visera à modéliser la dynamique des parasites gastro-intestinaux, dont des parasites résistants aux traitements antiparasitaires entre moutons domestiques et bouquetins dans les alpages.
L’étudiant(e) utilisera le modèle afin (1) d’identifier les principaux déterminants de la transmission des parasites à l’interface faune domestique – faune sauvage ; (2) de déterminer le rôle des ongulés sauvages dans le maintien et la dispersion des parasites entre troupeaux de moutons ; et (3) d’évaluer l’importance relative des différentes mesures de gestion sanitaires (e.g., réalisation et périodes de traitements antiparasitaires, barrières limitant les contacts entre populations) sur les risques de transmission des parasites.
Informations pratiques :
• Maîtres de stage : Thibaud Porphyre et Gilles Bourgoin (Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive – Université Lyon 1).
• Durée du stage : 3-6 mois avec début en janvier ou février 2025
• Lieu de stage : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive – Université Lyon 1 (69) et/ou VetAgro Sup – Marcy l’étoile (69)
• Stage conventionné avec gratification
Pour candidater :
CV et lettre de motivation à envoyer aux encadrants de stage aux adresses mails suivantes :
thibaud.porphyre@vetagro-sup.fr; gilles.bourgoin@vetagro-sup.fr
Profil recherché:
• Autonomie, rigueur et motivation
• Niveau avancé dans le codage de modèles épidémiologiques et en analyses statistiques
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