Dynamique infectieuse de la brucellose chez le Bouquetin des Alpes

Stage de Master 1

Dynamique infectieuse de la brucellose chez le Bouquetin des Alpes
Contexte

La brucellose à Brucella melitensis touche les ruminants domestiques et sauvages, ainsi que d’autres mammifères, dont les humains. Un foyer épidémique a été découvert en 2012 dans la population de bouquetins des Alpes (Capra ibex) du massif du Bargy (Haute Savoie), suite à l’apparition de cas humains et l’identification de la maladie au sein d’un élevage bovin localement. Il est suspecté que les bouquetins auraient joué le rôle de réservoir pour cette maladie, en la transmettant aux animaux domestiques lors de leur montée en alpage, ce qui a ensuite conduit aux cas humains via la consommation de produits laitiers contaminés. La gestion de cette infection dans une population sauvage à l’interface avec les troupeaux domestiques représente un vrai défi de gestion, et nécessite une connaissance fine de la dynamique de cette maladie.
Notre compréhension de l’écologie de la brucellose en contexte naturel reste limitée, même si les suivis intensifs réalisés sur cette population de bouquetin depuis la découverte du foyer ont permis de faire progresser nos connaissances. Un certain nombre d’interrogations persistent, notamment sur la transmission entre individus et sur la dynamique de l’infection au sein de l’hôte. Les voies de transmission de la bactérie sont multiples, incluant les mise-bas infectieuses et les avortements induits par l’infection, la voie verticale entre la mère et le nouveau-né, ainsi que des transmissions par voie sexuelle. Des incertitudes persistent sur l’importance relative de chacune de ces voies. Cette maladie tend à devenir chronique, c’est-à-dire que les individus peuvent être infectés à vie avec des phénomènes de résurgences de l’infection des années après l’infection initiale. La bactérie peut rester silencieuse en se logeant dans des organes spécifiques (nœuds lymphatiques). Lors d’une infection active, elle colonise d’autres parties de l’organisme, notamment les organes sexuels, et peut alors être source de nouvelles contaminations.

Objectifs
Ce stage vise à améliorer la connaissance de la dynamique de la brucellose dans l’organisme de l’hôte. Il s’agit de caractériser la distribution de la bactérie dans les différents organes chez les individus infectés, en estimant les fréquences d’occurrence, suivant une analyse réalisée précédemment (Lambert et al. 2018). Il sera possible d’étudier l’influence du sexe et de l’âge des individus sur la dynamique infectieuse intra-hôte, et d’établir un parallèle avec le statut sérologique des individus (titre en anticorps). L’influence de la période de capture, que ce soit la saison ou l’année, sera également analysée. Les données à analyser sont issues des autopsies des animaux séropositifs euthanasiés ou abattus lors du suivi sanitaire de la population (2012-2024). Les analyses bactériologiques réalisées en routine permettent de rechercher la bactérie dans divers organes avec une approche semi-quantitative. Les résultats de ce stage donneront des indications sur l’importance relative des différentes voies de transmission de la brucellose en contexte naturel. Ils éclaireront également les mécanismes d’excrétion de la maladie et les facteurs écologiques qui les influencent.

Référence :

Lambert S. et al. 2018 High shedding potential and significant individual heterogeneity in naturally-infected Alpine ibex (Capra ibex) with Brucella melitensis. Frontiers in Microbiology 9: 1065. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01065).

Calendrier : Le stage débutera mi-juin 2025 pour une durée de 3 mois idéalement.

Profil recherché : Etudiant de niveau équivalent master 1 avec un intérêt pour l’épidémiologie et l’écologie. Maitrise de R et des modèle linéaires généralisés. Capable de travailler en équipe. Autonomie, esprit d’initiative et curiosité intellectuelle.

Conditions : Le stage sera localisé au LBBE (Université Lyon 1 campus de la Doua, Villeurbanne). Le stage fera l’objet d’une gratification suivant le barème en vigueur.

Candidatures : CV et lettre de motivation, entretiens et la sélection réalisés au fil de l’eau.

Contact : Emmanuelle Gilot-Fromont (emmanuelle.gilotfromont@vetagro-sup.fr)