Contribuer à la mise au point et à l’utilisation d’un protocole de biologie moléculaire pour détecter la consommation de ravageurs clés en production de semences.

Proposition de stage d Master – stage césure
Année universitaire 2026-2027

Contribuer à la mise au point et à l’utilisation d’un protocole de biologie moléculaire pour détecter la consommation de ravageurs clés en production de semences.
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Niveau : Master 1 : Formations en biologie, biologie moléculaire et entomologie sont attendues Equipe d’accueil : UMR IGEPP – Equipe EGI – 35640 Le Rheu Encadrement : Ségolène Buzy (INRAE, UMR IGEPP), Benjamin Carbonne (Institut Agro, UMR IGEPP) et Elsa Canard (INRAE, UMR IGEPP). Période – Durée du stage : 4 mois (septembre 2026 – décembre 2026) Mots-clés : analyse moléculaire, PCR multiplex, design d’amorce, prédateurs généralistes.

Contexte général :
Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet Agrosem2, porté par la FNAMS, dont l’objectif est de produire des semences (blé, luzerne, oignon, carotte, betterave sucrière, chanvre) sans recours aux produits phytosanitaires de synthèse, tout en respectant les critères de qualité des semences. Le projet repose sur la mise en place de stratégies agroécologiques combinant des leviers préventifs (rotations longues, bandes fleuries, choix variétal, décalage des dates d’implantation, semis sous couvert, gestion de la fertilisation) et, si nécessaire, des méthodes curatives alternatives (désherbage mécanique ou manuel, biocontrôle). Des essais expérimentaux sont conduits dans trois stations expérimentales de la FNAMS (Brain, Condom, Castelnaudary).
Le stage s’inscrira dans un volet du projet consacré à l’étude des interactions entre ravageurs et prédateurs généralistes dans les cultures de semences de luzerne (et carotte). Cette culture peut être fortement affectée par plusieurs ravageurs (tychius, phytonomes, cécidomyies, punaise miridae), et l’identification de leurs prédateurs naturels est essentielle pour renforcer les régulations biologiques.
Le travail portera principalement sur l’analyse des interactions trophiques entre ravageurs et prédateurs généralistes à l’aide d’outils moléculaires. Des analyses d’ADN seront réalisées à partir du contenu stomacal de prédateurs (araignées, carabes, punaises prédatrices) collectés dans les cultures afin de détecter la présence d’ADN de ravageurs consommés. Après extraction de l’ADN, des PCR multiplex permettront d’identifier plusieurs espèces de ravageurs au sein d’un même échantillon, y compris lorsque les proies ont été partiellement digérées.
Les prédateurs analysés proviendront d’échantillonnages réalisés à la surface du sol (pièges Barber) et dans la végétation (filet fauchoir) – avant la période de stage. Les données issues des analyses moléculaires permettront d’identifier les groupes de prédateurs impliqués dans la consommation des principaux ravageurs de la luzerne et d’évaluer leur rôle potentiel dans la régulation biologique. Ces résultats contribueront à mieux comprendre les réseaux trophiques dans les cultures de semences et à orienter la conception de systèmes de culture favorisant ces auxiliaires de cultures.

Objectifs du stage :
Le stage a pour objectif d’identifier les auxiliaires susceptibles de contribuer à la régulation biologique des ravageurs, en caractérisant les interactions trophiques entre ravageurs et prédateurs généralistes dans les cultures de semences de luzerne. Le stagiaire viendra en appui aux travaux conduits par Ségolène Buzy, assistante ingénieure dans le projet Agrosem2, notamment sur la mise en oeuvre d’analyses moléculaires (mise au point et analyse des échantillons) permettant de détecter la consommation de ravageurs par les prédateurs.

Missions du stagiaire :
• Principales : Développement et mise en oeuvre d’une PCR multiplex ciblant les ravageurs d’intérêt, incluant la validation des amorces (tests de sensibilité et de spécificité, si non terminés), puis la réalisation des analyses moléculaires (extraction d’ADN, PCR multiplex, électrophorèse) sur les échantillons issus de la campagne de terrain 2026.
• Secondaires : Identification des communautés de prédateurs présentes sur les différents sites à partir des échantillons collectés par la FNAMS.

Profil requis:
• Intérêt pour l’expérimentation en laboratoire et la mise au point de dispositifs d’étude.
• Expérience et connaissances en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR multiplex, électrophorèse) et en entomologie.
• Grande rigueur, autonomie et sens du relationnel.

Rémunération : gratification de stage réglementaire.

Modalités de candidature : envoi d’un CV et d’une lettre de motivation à Benjamin Carbonne (benjamin.carbonne@agrocampus-ouest.fr), Ségolène Buzy (segolene.buzy@inrae.fr) et Elsa Canard (elsa.canard@inrae.fr). Les candidatures sont ouvertes sans date limite (réception souhaitée au plus tard pour début mai), mais seront traitées au fur et à mesure de leur réception.