Période : Juin-Juillet 2025. Les dates exactes de début et en particulier de fin du stage peuvent être discutées, mais devront globalement correspondre à cette période.
Encadrants : Eliot RUIZ (post-doctorant UM – MARBEC) & David MOUILLOT (enseignant-chercheur UM – MARBEC)
Conditions matérielles : Ce stage sera rémunéré à hauteur 4.50€ net/heure (35h hebdomadaires).
Contexte du stage : L’équipe au sein de laquelle l’étudiant(e) sera intégré(e) travaille notamment sur la dispersion des poissons marins durant leur phase larvaire, un processus essentiel pour assurer les brassages génétiques et le renouvellement des populations, en particulier chez les poissons démersaux dont les adultes ne se dispersent (presque) pas. L’identification des zones sources de larves et des couloirs de dispersion principaux à des échelles régionales est donc nécessaire pour mettre en place des stratégies de conservation efficaces des poissons coralliens par ailleurs très menacés par le changement climatique et les impacts anthropiques côtiers. À terme, l’équipe a pour objectif d’évaluer l’efficacité actuelle et future des réseaux d’Aires Marines Protégées (AMP) de l’Océan Indien à maintenir les flux larvaires principaux, notamment en prenant en compte les traits propres à chaque espèce de poissons marins déterminant la dispersion larvaire dans les modèles simulant les trajectoires océaniques.
Objectif du stage : Dans un premier temps, le/la stagiaire aura pour objectif de travailler à l’acquisition des métadonnées et des copyrights d’une vaste base de données rassemblant les photos en couleur de plus de 9000 images pour >1900 espèces de poissons marins au dernier stade larvaire (post-flexion) et durant le premier stade juvénile. L’objectif sera de consulter chacune des 196 sources afin d’y récupérer si possible les tailles et les âges des individus photographiés, et pour les images récupérées sur Facebook, les noms des auteurs. De plus, le/la stagiaire devra filtrer les images de trop mauvaise qualité, et repérer les erreurs d’identification les plus évidentes afin de les corriger. Enfin, le/la stagiaire aura ensuite pour objectif de contacter chacun des photographes dont les images ne sont pas dans le domaine public, afin de leur demander s’ils acceptent de nous prêter ces images pour qu’elles soient représentées sur un site web en cours de création nommé FishLarvaeBase donnant accès à de nombreux traits influençant la dispersion des poissons marins.
Dans un deuxième temps, le/la stagiaire devra s’occuper d’organiser, recadrer et légèrement retoucher les images nouvellement acquises au cours d’une mission de terrain. Ces images correspondent également à des photos de stades larvaires post-flexion et de très jeunes juvéniles, et seront donc à terme ajoutées au site web.
Valorisation des résultats :
La banque de données de photographies en couleurs que le stagiaire aura pour objectif de finaliser sera à terme publiée sur le nouveau site FishLarvaeBase, lorsque celui-ci sera mis dans le domaine public. Cette banque d’image et les métadonnées acquises par le stagiaire seront directement utilisées à partir du mois de juillet par une autre stagiaire pour l’entrainement d’un modèle de deep learning permettant de reconnaitre automatiquement le taxon auquel appartient la larve représentée sur la photo fournie par l’utilisateur (par l’intermédiaire de FishLarvaeBase). La base de données sera également utilisée pour faire de l’imputation des traits dispersifs manquants, en couplant un diffusion model pour le traitement des images à un transformers pour le traitement des données tabulaires d’ores et déjà connues. Ces différents travaux seront mis à profit dans le cadre du post-doctorat d’Eliot RUIZ, qui débouchera lui-même sur un à plusieurs articles sur ces nouvelles méthodologies.
Ce stage permettra à l’étudiant(e) d’approfondir ses connaissances sur :
• La taxonomie des poissons tropicaux, et leur écologie (en particulier durant la phase larvaire).
• Les méthodes de recherche bibliographique et de gestion de grosses bases de données.
• Les méthodes de retouche d’image en batch.
• Les méthodes de constitution d’une banque d’image, notamment l’acquisition des copyrights.
• En général, le fonctionnement de la recherche via l’intégration dans une équipe et un projet de recherche.
Prérequis :
• Expérience de naturaliste, si possible avec les poissons marins.
• Expérience de retouche de photographies, si possible sur Photoshop.
• Bonne maitrise de l’anglais, et facilités à lire des articles scientifiques.
• Bonnes capacités de patience et de rigueur.
• Bonnes capacités d’analyse et de programmation sous R et/ou Python.
Profil du candidat :
• Stage volontaire de licence
• Stage de césure
• Stage d’école d’ingénieur
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