Offre de stage Master 2 ou École d’ingénieur – 6 mois
________________________________________________________________________________
Titre du stage : Co-infections et stress environnemental : effets combinés des agents pathogènes et du stress hydrique sur la santé des pins
Type de stage : Master 2, césure ou dernière année d’école d’ingénieur
Dates de stage : De janvier à juin 2027 (6 mois)
Gratification : environ 600€ par mois
________________________________________________________________________________
Encadrement :
– Yannis Clavier, doctorant UMR BIOGECO,
– Méline Saubin, chargée de recherche INRAE, UMR BIOGECO, équipe GEMFOR,
– Laure Villate, maîtresse de conférences Université de Bordeaux, UMR BIOGECO, équipe ECOGERE.
Lieu : UMR BIOGECO – INRAE Cestas Pierroton / Univ Bordeaux (bâtiment B2) et Plateforme EMERGREEN (INRAE Villenave d’Ornon)
Candidature : envoyer un CV et une lettre de motivation aux trois encadrant·es au plus tard le 31 octobre 2026 à :
yannis.clavier@u-bordeaux.fr, meline.saubin@inrae.fr et laure.villate@u-bordeaux.fr
________________________________________________________________________________
Contexte scientifique
Les dépérissements et mortalités des arbres résultent rarement d’un facteur unique. Ils sont souvent la conséquence d’interactions complexes entre les conditions environnementales et plusieurs agents biotiques, qui peuvent faire basculer les arbres et les peuplements forestiers d’un état de résilience vers un état de vulnérabilité. Les pins sont particulièrement concernés par ces phénomènes de dépérissement, dans un contexte de changement climatique marqué notamment par l’augmentation des températures et la fréquence et l’intensité des épisodes de sécheresse.
Le nématode du pin Bursaphelenchus xylophilus est un agent pathogène invasif responsable de la maladie du flétrissement du pin. Il constitue une menace majeure pour les pinèdes européennes. En Europe, il partage notamment son hôte et son insecte vecteur avec l’espèce indigène Bursaphelenchus mucronatus, avec laquelle il peut être amené à interagir. À ces deux nématodes s’ajoute le champignon Diplodia sapinea, largement présent dans les écosystèmes forestiers et impliqué dans de nombreux épisodes de dépérissement des pins. Cet agent pathogène peut notamment provoquer des symptômes importants lorsque les arbres sont soumis à un stress hydrique ou lorsqu’ils sont simultanément infectés par d’autres agents pathogènes. Ces interactions pourraient ainsi modifier la dynamique des agents pathogènes, leur capacité à se développer et la sévérité des symptômes observés chez les arbres. De même, les conditions environnementales pourraient modifier l’issue de ces interactions.
Comprendre ces effets combinés est essentiel pour mieux caractériser les facteurs déterminant la vulnérabilité des pins et anticiper les risques associés au changement global. Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet « Co-infections et stress environnemental : vers une gestion adaptative des dépérissements du pin » du GIS Pin maritime du futur, ainsi que dans la thèse de Yannis Clavier consacrée aux interactions entre B. xylophilus, B. mucronatus et D. sapinea dans le contexte du changement global.
______________________________________________________________________________
Objectifs du stage
L’objectif général du stage est d’étudier comment le stress hydrique et les co-infections par plusieurs agents pathogènes influencent la croissance et la santé du pin maritime (Pinus pinaster). Il s’agira précisément :
– de comparer les effets des infections simples et des co-infections sur la croissance et l’état sanitaire des pins ;
– d’évaluer l’effet du stress hydrique sur la réponse des arbres la sévérité des maladies ;
– de déterminer si les interactions entre agents pathogènes, et leur dynamique au sein de l’arbre, varient selon la disponibilité en eau.
________________________________________________________________________________
Approche méthodologique
Le travail reposera principalement sur une expérimentation in vivo en conditions contrôlées, réalisée au sein de la plateforme EMERGREEN : 320 pins maritimes y seront soumis à différentes combinaisons d’inoculations (agents pathogènes seuls ou en interaction) et régimes hydriques (avec ou sans stress hydrique).
Le stage comprendra plusieurs volets :
1. Mise en place de l’expérimentation : préparation et organisation des plants ; application et maintient du stress hydrique sur une partie des plants ; réalisation des inoculations des agents pathogènes seuls ou en interaction ;
2. Suivi des plants et des infections : suivi régulier de l’état sanitaire des plants (apparition et évolution des symptômes) ; mesures de croissance et de mortalité ; ; suivi de la dynamique des agents pathogènes (quantification des agents pathogènes par extractions d’ADN et PCR quantitative).
3. Analyses et traitement des données : structuration et contrôle des jeux de données expérimentaux ; analyses statistiques des effets des traitements et de leurs interactions ; ; interprétation des résultats en lien avec les mécanismes de vulnérabilité et de résilience des pins.
Selon l’avancement de l’expérimentation, le·la stagiaire pourra également participer à d’autres analyses de laboratoire visant à caractériser la présence ou la dynamique des agents pathogènes.
_______________________________________________________________________________
Conditions d’accueil :
Le stage se déroulera principalement au sein de la plateforme EMERGREEN (INRAE Villenave d’Ornon), dans les installations permettant la réalisation d’expérimentations contrôlées sur le nématode du pin, avec un rattachement à l’UMR BIOGECO (UMR 1202, INRAE – Université de Bordeaux). La travail en milieu confiné et sur un organisme de quarantaine prioritaire impose un cadre de travail et d’expérimentation particulièrement rigoureux et nécessite une habilitation pour travailler au sein de la plateforme EMERGREEN (prévue en début de stage).
Le stage impliquera une activité importante en laboratoire et en expérimentation, ainsi qu’un travail régulier de traitement et d’analyse des données.
________________________________________________________________________________
Profil recherché :
– Étudiant·e en Master 2 Biodiversité, Écologie, Évolution, ou équivalent, ou élève ingénieur·e agronome ;
– Intérêt fort pour l’écologie, les interactions biotiques, la pathologie végétale et la microbiologie expérimentale ;
– Intérêt pour les expérimentations en conditions contrôlées et le travail de laboratoire et le suivi d’organismes vivants ;
– Intérêt pour le travail sur un organisme de quarantaine prioritaire, en milieu confiné, dans le respect strict des règles de biosécurité
– Compétences solides en statistiques et analyse de données ; la maîtrise de R serait un plus.- Une expérience en biologie moléculaire serait un plus (extraction d’ADN, qPCR) mais pas nécessaire.
– Autonomie, rigueur, curiosité scientifique et esprit d’équipe.
________________________________________________________________________________
Mots-clés :
Dépérissement des pins – co-infections – Bursaphelenchus xylophilus – Bursaphelenchus mucronatus – Diplodia sapinea – stress hydrique – changement climatique – interactions biotiques-abiotiques – expérimentation en conditions contrôlées – Pinus pinaster – pathologie végétale – résilience des forêts
_______________________________________________________________________________
Commentaires récents