Ingénieur de Recherche (IR) en bases de données et automatisation d’analyses
Contexte
Le programme 500 ENI Biovigilance, s’inscrit dans la Surveillance Biologique du Territoire, du plan Ecophyto, financé via l’Office Français de la Biodiversité, piloté notamment par le Ministère de l’Agriculture depuis 2012. Il est animé à échelle nationale par le MNHN et au niveau régional par des conseillers agricoles des chambres d’agriculture et Fredons. Un groupe de travail permanent (GTP) anime et organise l’analyse et la valorisation des données, et est porté par des chercheurs localisés au CBGP, près de Montpellier (à Montferrier-sur-Lez).
Selon des protocoles simplifiés, chaque année, sont suivis sur 500 parcelles fixes : les coléoptères et la flore dans les bords de champs, les vers de terre dans la parcelle et les oiseaux à l’échelle du paysage. Les pratiques agricoles réalisées et intrants utilisés (dont pesticides) sont aussi collectées.
La base de données de pratiques et biodiversité ainsi construite a maintenant 10 ans et fait l’objet de nombreuses analyses, réalisées, en cours, ou en projet, mais aussi de travaux de nettoyage, complétion, etc. Un enjeu de valorisation général à l’attention des acteurs du terrain notamment, est relevé aujourd’hui :
● Pour que les agriculteurs et les observateurs qui fournissent les données restent motivés en percevant les résultats de leur engagement.
● Pour que les résultats puissent être appropriés de manière intelligible et opérationnelle, par la profession et par les instances publiques, dans le cadre de la transition agroécologique et des enjeux de réduction d’usage des pesticides en France.
Pour ce faire, un système de restitution des résultats automatisé doit être développé pour fonctionner en routine chaque année. Il s’intègre plus largement dans un travail sur la structure et le flux de données, et dans un projet de médiation cherchant à valoriser l’ensemble des travaux du réseau.
Le poste de IR
Dans le cadre du groupe de travail d’analyses des données émanant du réseau 500 ENI (voir https://ecophytopic.fr/pic/exposition-et-impacts/reseau-500-eni-biovigilance), nous cherchons un ingénieur de recherche avec des compétences en organisation de bases de données, automatisation d’analyses simples et création de rapports RMarkdown ou similaire.
Le réseau 500 ENI collecte des données annuellement provenant de 500+ sites en France, et travaille en coordination avec le MNHN pour générer des documents destinés au grand public, aux agriculteurs, et aux observateurs du réseau. Dans ce cadre, nous devons actualiser annuellement une base de données qui incorpore des relevés de terrain ainsi que des données environnementales provenant de sources diverses, et produire des « fiches résumé » pour les observateurs qui participent à ce réseau, ainsi que pour diverses parties prenantes. La personne recrutée pour ce poste de IR sera basé.e au CBGP et travaillera en collaboration avec une animatrice basée au MNHN pour définir le contenu de chaque fiche. Le/la IR devra prendre en charge la partie informatique de cette tâche, c.a.d. la programmation de tout ce qui est organisation de la base de données, actualisation des données, automatisation des analyses et production des rapports.
Le travail de cet IR cherchera donc à 1) organiser et structurer les données existantes autour d’une base de données ; 2) automatiser l’incorporation des données reçues annuellement avec les données existantes ; 3) automatiser des sorties pour résumer les résultats à différentes échelles (par site, région, niveau national) et en utilisant différentes statistiques ; 4) automatiser l’élaboration de fiches rapport standardisées à destination des observateurs et des régions participantes ; 5) organiser et optimiser des scripts associés à ces analyses (souvent sous R, parfois Python).
Localisation : UMR CBGP – Montpellier
Date de début : 1er avril 2024
Durée : contrat initial de 7 mois (jusqu’au 31/10/2024), renouvelable un an ensuite
Compétences recherchées :
– Logiciels de bases de données
– Programmation R et Python
– Programmation Rmarkdown ou similaire, pour l’automatisation de la production de rapports en PDF à partir de R
– Connaissances en SIG ou utilisation de cluster / containers et/ou développement web seraient un plus
– Capacité à communiquer et collaborer avec des non-spécialistes, et à travailler en groupe
– Une sensibilité éventuelle pour l’écologie, l’agroécologie, l’agriculture serait un plus
Note : nous considérerons des candidat.e.s avec une formation en écologie ou similaire, seulement s’ils/elles peuvent démontrer une expérience solide sur les compétences informatiques listées ci-dessus.
Candidatures
Le dossier de candidature devra être composé d’un CV, d’une lettre de motivation et de deux contacts de référence. Ces documents devront de préférence parvenir sous la forme d’un pdf unique, envoyé par email à christine.meynard@inrae.fr avec le sujet « candidature poste IR 500 ENI ». Date limite : 15 février. Les dossiers seront examinés au fil de l’eau, et les candidats seront contactés pour un entretien par visio.
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