Lieu du stage : Université de Montpellier, MARBEC
Période : Du 20/05/2024 au 19/07/2024. Les dates de début et en particulier de fin du stage peuvent être discutées.
Encadrants : Eliot RUIZ (doctorant UM – MARBEC) & Fabien LEPRIEUR (enseignant-chercheur UM – MARBEC)
Conditions matérielles : Ce stage d’une durée inférieure ou égale à 2 mois ne sera pas rémunéré.
Contexte du stage : L’équipe dans laquelle l’étudiant sera intégré travaille notamment sur la dispersion des poissons coralliens durant leur phase larvaire, un processus essentiel pour assurer les brassages génétiques et le renouvellement des populations. L’identification des zones sources de larves et des couloirs de dispersion principaux à des échelles régionales est donc nécessaire pour mettre en place des stratégies de conservation efficaces des poissons coralliens par ailleurs très menacés par le changement climatique et les impacts anthropiques côtiers. A terme, l’équipe a pour objectif d’évaluer l’efficacité actuelle et future des réseaux d’Aires Marines Protégées (AMP) en zone tropicale à maintenir les flux larvaires principaux.
Objectif du stage : Pour mettre en place des modèles de dispersion larvaire multi-spécifiques à la fois parcimonieux et à la fois réalistes, plusieurs paramètres biologiques/écologiques/comportementaux doivent être mesurés. En particulier, le taux de croissance larvaire est un facteur essentiel pour paramétrer les modèles incluant des comportements de nage active, puisque celle-ci évolue avec la taille, et ne débute qu’à partir de la pousse des rayons osseux des nageoires coïncidant avec la flexion de la notochorde. Or, ces comportements de dispersion passive ont probablement une influence prédominante sur la dispersion de beaucoup d’espèces de poissons démersaux, et sont donc essentiels à considérer dans les modèles biophysiques.
La première partie du stage consistera à mesurer sur photo plusieurs paramètres morphométriques, incluant la taille, sur des larves prélevées au moment de leur installation sur le récif aux Maldives et en Guadeloupe. En plus de nouvellement caractériser la taille à l’installation pour de nombreuses espèces, les autres variables morphométriques seront utilisées pour prédire les vitesses de nage larvaires non connues grâce à un algorithme précédemment élaboré au sein de l’équipe d’accueil. Ces différentes données seront également inclues dans une base de données regroupant de nombreux traits caractérisant la phase larvaire d’un maximum d’espèces de poissons démersaux, sur laquelle une stagiaire de M2 travaille déjà pour analyser les relations entre les différentes variables.
La deuxième partie du stage visera à compléter les données de tailles à l’installation, ainsi que les traits relatifs à la taille des œufs, la taille à l’éclosion, la taille à la flexion, et à la taille à la métamorphose, grâce à l’analyse d’un corpus d’article scientifique d’intérêt préalablement constitué par l’équipe d’accueil. Le stagiaire aura également pour rôle de calculer les taux de croissance à partir de données brutes d’une partie de ces articles, et d’homogénéiser les différentes mesures de taux de croissance qui seront relevées.
Valorisation des résultats : La base de données de traits larvaires à laquelle le stagiaire aura contribué sera par la suite publiée sous forme d’un package R puis d’un site web, afin de pouvoir servir dans toutes sortes de projets scientifiques (modélisation, écologie larvaire, aquaculture etc). Les tailles nouvellement acquises seront utilisées pour des extrapolations phylogénétiques des traits larvaires inconnus en combinaison avec d’autres traits larvaires (différent des extrapolations morphométriques de la vitesse de nage), afin d’encore enrichir cette base de données. Par ailleurs, comme les taux de croissance évoluent de manière prédictible en fonction de la température du milieu chez les êtres vivants, l’équipe d’accueil cherchera à la suite du stage à quantifier les évolutions de tailles des larves du fait du réchauffement climatique, ainsi que les impacts potentiels que cela aura sur la durée et l’échelle de la dispersion larvaire.
Enfin, cette dernière sera directement mise à profit dans les modèles de dispersion larvaire multi-spécifiques incluant des comportements actifs qui seront mis en place par l’encadrant Eliot Ruiz dans le cadre sa thèse, et déboucheront sur un à plusieurs articles.
Ce stage permettra à l’étudiant(e) d’approfondir ses connaissances sur :
• La taxonomie des poissons tropicaux, et leur écologie (en particulier durant la phase larvaire).
• Les méthodes de segmentation morphométrique via Python.
• Les méthodes de recherche bibliographique et de gestion de grosse bases de données.
• En général, le fonctionnement de la recherche via l’intégration dans une équipe et un projet de recherche.
Prérequis :
• Bonne maitrise de l’anglais, et facilités à lire des articles scientifiques.
• Bonnes capacités de patience et de rigueur.
• Connaissances de base en R et/ou Python
Profil du candidat :
• Stage volontaire de licence
• Stage de césure
• Stage d’école d’ingénieur
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