Contexte du projet
Le capital de vieillissement d’un organisme est déterminé par sa composition génétique, mais il est également en grande partie influencé par des interactions complexes entre l’épigénétique et les facteurs environnementaux, qui peuvent soit accélérer, soit ralentir le rythme de développement et l’espérance de vie. Parmi la diversité des facteurs cellulaires qui dictent le taux de vieillissement d’un individu, les anomalies cytogénétiques et les changements métaboliques façonnent l’accumulation de dommages cellulaires, les dysfonctionnements mitochondriaux, la perte de protéostasie et le raccourcissement des télomères (Lopez-Otin et al., 2023). Au fil du temps, ces processus liés au vieillissement peuvent compromettre la condition physique et les perspectives de survie d’un individu, et possiblement conduire à une sénescence reproductive. La sénescence reproductive fait référence à la diminution des performances de reproduction avec l’âge, pouvant altérer le développement de la descendance.
Les travaux au sein de notre groupe ont récemment mis en lumière que la sénescence reproductive était aussi une réalité chez un modèle d’étude marin, l’huître creuse Crassostrea gigas. Des études en jardin-commun basées sur des pedigree connus issus de classes d’âge variables ont permis de mettre en évidence que l’âge des parents, notamment l’âge maternel, influençait négativement le taux de succès larvaire et la résistance à un challenge viral, ce qui corrélait avec un raccourcissement télomérique accéléré chez les jeunes naissains (Dupoué et al., 2024). Des différences à l’échelle protéomique traduisait également une augmentation des dommages à l’ADN et du stress oxydatif. Si les travaux chez l’humain notamment ont mis en évidence des dérégulations épigénétiques associés à la réactivation de certains éléments transposables (Ramirez et al., 2024), ces mécanismes n’ont jamais été exploré chez C. gigas.
Grâce aux développements continus des outils de séquençage, notamment via la technologie Nanopore, il est aujourd’hui possible de caractériser simultanément les variants génétiques (i.e SNPs, variants structuraux) ainsi que les profils de méthylation et de cassure d’ADN à l’échelle du génome entier. L’objectif de ce stage consistera donc à explorer l’accumulation transgénérationnelle des effets délétères de l’âge maternel (jeune ou vieille) sur 2 générations successives. Nous étudierons les profils de méthylation et de variants structuraux des individus F1 qui ont servis à réaliser des familles biparentales F2, pour lesquelles des phénotypes de succès de d’éclosion et de développement larvaires ont été examinés. Les juvéniles de la F2 seront par ailleurs utilisés pour tester leur résistance à l’herpèsvirus. Ces informations à l’échelle de l’organisme, du génome et de la qualité de la descendance seront mises en relation avec la caractérisation des télomères et des activités de la télomérase par qPCR.
Dupoué, A., Koechlin, H., Huber, M., Merrien, P., Corporeau, C., Fleury, E., Bernay, B., de Villemereuil, P., Morga, B., Le Luyer, J., 2024. Reproductive aging weakens offspring survival and constrains the telomerase response to herpesvirus in Pacific oysters. Sci. Adv. 10, eadq2311.
Lopez-Otin, C., Blasco, M.A., Partridge, L., Serrano, M., Kroemer, G., 2023. Hallmarks of aging: An expanding universe. Cell 186, 243–278.
Ramirez, P., Sun, W., Kazempour Dehkordi, S., Zare, H., Fongang, B., Bieniek, K.F., Frost, B., 2024. Nanopore-based DNA long-read sequencing analysis of the aged human brain. bioRxiv 2024.02.01.578450. https://doi.org/10.1101/2024.02.01.578450
Les missions principales du/de la stagiaire
• Préparation des échantillons (extraction ADN, librairies Nanopore et séquençage)
• Travaux de biologie moléculaires de bases (qPCR)
• Analyses des données de séquençages Nanopore
• Analyses des réponses individuelles
• Expérimentations animales sur mollusques bivalves
Expertises développées au cours du stage
• Biologie moléculaire et séquençage ‘long-reads’
• Analyses bio-informatiques et statistiques
Champs relationnels
• En interne : les chercheurs et techniciens d’Ifremer et l’UMR LEMAR
• En externe : partenaires scientifiques et techniques du projet
Formation initiale et expériences professionnelles (savoir et savoir-faire) :
• Master en biologie des organismes et/ou biologie moléculaire et/ou bioinformatique
• Expérience en travail de laboratoire (ADN)
• Connaissance des approches génomiques serait appréciée
• Bonne capacité de synthèse et rédactionnelle (rapport, protocoles)
Pour candidater
Les candidat(e)s intéressé(e)s devront postuler sur le site : https://www.ifremer.fr/fr/travailler-l-ifremer .
Pour des questions liées à la poste, s’il vous plait de contacter le responsable scientifique : Dr. Andréaz Dupoué (andreaz.dupoue@ifremer.fr). Les candidat(e)s recevront un courrier électronique confirmant que leur candidature a bien été reçue. Les candidatures seront ouvertes jusqu’au 22 novembre 2024 ou jusqu’à ce qu’un candidat approprié soit trouvé.
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