L’introduction ou la restauration d’habitats semi naturels comme les prairies permanentes, ainsi que la diversification des habitats dans le paysage sont considérées comme des « solutions fondées sur la nature » pour une agriculture plus durable. Cependant, les services associés peuvent aussi s’accompagner de disservices liés à l’augmentation des zones d’interface avec la faune sauvage. Les chevreuils sont des ongulés sauvages très abondants qui favorisent la dynamique de population des tiques et peuvent contribuer de différentes façons à la circulation des maladies portées par ces acariens. Les prairies sont utilisées par les chevreuils – pour s’alimenter, mettre bas et élever les faons – et les ruminants domestiques, les exposant aux tiques lors du pâturage. La lutte contre l’exposition aux tiques et contre les maladies à tiques a des conséquences économiques pour les éleveurs. Comprendre les facteurs régissant l’attractivité des prairies pour les chevreuils, et les conséquences sur le risque acarologique permettrait de mieux évaluer les services et disservices associés à ces espaces.
L’objectif de cette thèse est de prédire le risque acarologique dans les prairies permanentes en fonction de leur attractivité pour les chevreuils. L’interface chevreuil-bétail sera étudiée via l’analyse des mouvements de chevreuils équipés de colliers GPS combinés à des informations sur l’occupation du sol et les pratiques de gestion des prairies, issues de relevés de terrain et de la télédétection. On cherchera à savoir si l’utilisation des prairies par le chevreuil dépend des pratiques de gestion dans et en lisière des prairies, de leur typologie végétale, mais aussi de la structure du paysage environnant (en particulier des boisements). Des relevés de densité de tiques seront effectués sur des prairies échantillons et les tiques collectées seront analysées pour détecter la présence d’agents pathogènes. Le risque acarologique sera ensuite mis en relation avec le degré d’interface chevreuil-bétail, les pratiques de gestion, la complexité paysagère, ainsi que des caractéristiques botaniques et microclimatiques. Ce projet permettra d’évaluer la contribution du chevreuil au risque acarologique et de modéliser ce risque dans les prairies permanentes afin d’apporter des bases pour une cartographie prédictive sous différent scenarios d’évolution des prairies permanentes et d’intégrer ce risque au bouquet de services attribués aux prairies permanentes.
Profil et compétences recherchées :
L’étudiant-e devra être intéressé-e à la fois par l’écologie comportementale, en particulier l’écologie du mouvement de la faune sauvage, et par l’éco-épidémiologie ou le risque sanitaire, en particulier l’écologie des tiques. Il-Elle participera au travail de terrain (capture de chevreuils, relevés d’usage des prairies, collecte de tiques). Il-Elle devra réfléchir à une stratégie d’échantillonnage des prairies. Il-Elle devra analyser de gros jeux de données spatiales sous R (localisations GPS des chevreuils croisées avec l’occupation du sol, métriques paysagères) et utiliser des statistiques spatiales.
Le travail au sein du CEFS suppose une bonne capacité d’intégration et du travail en équipe. Cette thèse qui implique de nombreuses collaborations nécessite un bon sens du relationnel et un esprit d’ouverture.
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