Analyse de l’ADN environnemental sédimentaire (sedaDNA) pour la reconstruction d’un écosystème marin développé autour d’une épave antique (« Capo Sagro 2 », Corse, 20-10 avant JC)

Une opportunité unique de stage de Master 2 ! / unique internship opportunity for Master’s students! (english below)

Le laboratoire UCA-INRAE GDEC (Aubière, Clermont-Ferrand) propose un stage de 6 mois, débutant en janvier 2026, sur l’étude de l’ADN environnemental sédimentaire (sedaDNA) pour reconstituer un écosystème marin autour d’une épave antique à Capo Sagro (Corse, 20-10 av. J.-C.).

Objectifs du stage :

– Identifier la biodiversité marine passée à partir de séquences métagénomiques shotgun et de métabarcoding ciblé (COI, 18S, 12S)
– Détecter d’éventuelles traces d’activités humaines autour de l’épave
– Participer à l’analyse bioinformatique avec Kraken2, QIIME2, et à l’interprétation écologique via des analyses statistiques avancées

Profil recherché :

– Formation en biologie, bioinformatique, écologie, paléogénomique ou disciplines connexes
– Motivation à travailler à l’interface écologie/archéologie/génomique
– Maîtrise des outils bioinformatiques ou forte appétence pour leur apprentissage
– Compétences rédactionnelles en français et en anglais

Indemnité statutaire INRAE (~400 €/mois), interactions avec le DRASM et le Parc Marin du Cap Corse. Candidatures (CV + lettre de motivation) à adresser à Caroline Pont (caroline.pont@inrae.fr) et Pierre-Louis Stenger (pierre-louis.stenger@inrae.fr).

English

A unique internship opportunity for Master’s students!

The UCA-INRAE GDEC laboratory (Aubière, Clermont-Ferrand, France) is offering a 6-month internship (flexible start, from January 2026) on sedimentary environmental DNA (sedaDNA) analysis to reconstruct a marine ecosystem around an ancient shipwreck (Capo Sagro, Corsica, 20–10 BC).

Internship objectives:

– Uncover past marine biodiversity using shotgun metagenomics and targeted metabarcoding (COI, 18S, 12S)
– Detect potential traces of ancient human activity around the wreck
– Participate in bioinformatic analyses with Kraken2 and QIIME2, and contribute to ecological interpretation through advanced statistical analyses

Candidate profile:

– Background in biology, bioinformatics, ecology, paleogenomics, or related fields
– Motivation for interdisciplinary work bridging ecology, archaeology, and genomics
– Experience with bioinformatics tools or a strong willingness to learn
– Scientific writing skills in French and English

Standard INRAE stipend (~400 €/month). The project includes collaborations with DRASM and the Cap Corse Marine Park. Applications (CV + cover letter) should be sent to Caroline Pont (caroline.pont@inrae.fr) and Pierre-Louis Stenger (pierre-louis.stenger@inrae.fr).