Proposition de stage de Master 2 – Septentrion Environnement
Niveau d’étude :
• Stage de Master 2 en écologie ou écologie marine, durée de 5 à 6 mois consécutifs
Domaine : écologie marine, environnement, conservation
Intitulé : Caractérisation comparée de la composition de communautés fixées du coralligène d’Occitanie, de Provence et de Corse.
Contexte :
Dans le cadre de ses projets en cours, Septentrion Environnement réalise l’acquisition de données sur les communautés fixées du coralligène. Ces données serviront à termes à étudier la variation de composition de ces communautés dans le contexte du changement global à des profondeurs impactées par les vagues de chaleur marines et à des profondeurs épargnées à l’heure actuelle.
Dans cet objectif, des photoquadrats ont été réalisés sur des sites de profondeurs différentes en Occitanie, en Provence et en Corse.
Objectifs et contenus du stage :
La caractérisation des communautés du coralligène se fera à partir l’analyse des photoquadrats réalisés via le logiciel PhotoQuad. La caractérisation des communautés sera réalisée à partir de la répartition de différentes classes fonctionnelles au sein des différentes Aires Marines Protégées (AMPs). Une analyse poussée jusqu’à l’espèce pourra être réalisée si cela est jugé pertinent.
Trois principales activités seront à réaliser :
1) Analyse des photoquadrats sur le logiciel PhotoQuad : identification des espèces et des groupes fonctionnels présent sur les communautés fixées du coralligène étudiées.
2) Caractérisation de chaque communauté fixée du coralligène étudiée à partir d’une analyse par groupe fonctionnel.
3) Comparaison des différentes communautés entre sites et entre zones d’étude.
Le stage, d’une durée minimum de 5 mois, se déroulera entre janvier et août 2025 (calendrier modulable). Le stagiaire travaillera sur plateforme informatique dans les bureaux de Septentrion Environnement. Il s’agira de traiter des séries de photos de suivis des communautés du coralligène. Le stagiaire sera donc formé à l’utilisation des logiciels spécifiques et à la reconnaissance des espèces fixées du coralligène, et participera à l’analyse-interprétation des résultats. De manière ponctuelle, il pourra être amené à participer aux autres activités de l’association, notamment des sorties en mer (en fonction de ses qualifications). Le stagiaire pourra également participer, si le temps le permet, au développement d’un protocole de reconnaissance automatique des communautés fixées du coralligène par IA, ainsi qu’à d’autres projets de caractérisation de communautés benthiques méditerranéenne à partir de méthodes différentes des photoquadrats.
Conditions d’accueil du stage, moyens mis à disposition :
Période :
– Format Master 2 : Le stage, d’une durée cumulée de minimum 5 mois et de 6 mois au maximum, se déroulera entre janvier et août 2025 (calendrier modulable : au-delà de la soutenance du stage, une prolongation de la convention pourrait éventuellement être envisagée sur quelques semaines)
Structure d’accueil : Septentrion Environnement, 89 Traverse Parangon, Lycée professionnel agricole des Calanques, 13008 MARSEILLE. Web : www.septentrion-env.com
Institut de recherche et de formation en écologie marine, à statut associatif (loi 1901), reconnue d’intérêt général, basée à Marseille depuis 2007, Septentrion Environnement axe son travail sur trois volets :
– Des études scientifiques : participer, en lien avec les unités de recherche (CNRS, CSIC, …), à l’amélioration de la connaissance des écosystèmes marins, notamment dans l’optique de leur gestion ;
– Des formations en environnement des professionnels et futurs professionnels de ces domaines (écologie marine, plongée scientifique, gestion des zones côtières, …) ;
– Des actions de transfert et sensibilisation du grand public via des opérations variées.
L’association regroupe une équipe de 12 salariés permanents et des bénévoles participant régulièrement à ses activités.
Encadrants du stage :
Tristan ESTAQUE, chargé de missions scientifiques ; tristan.estaque@septentrion-env.com
Marjorie ROSCIAN, chargée de missions scientifiques ; marjorie.roscian@septentrion-env.com
Louis TROUSSÉ, Doctorant ; louis.trousse@septentrion-env.com
Conditions financières :
– Format stage M2 : Indemnité de stage selon tarifs en vigueur en 2025 (de l’ordre de 600€/mois net) + remboursement des frais de missions.
Conditions matérielles et perspectives :
Le stagiaire travaillera sur plateforme informatique dans les bureaux de l’association.
Ce sujet ne prévoit pas de suite en thèse ou en chargé de mission au sein de l’association.
Profil recherché :
– Stage Master 2.
– Compétences essentielles : Connaissances en écologie marine ; un fort intérêt naturaliste et de l’expérience en reconnaissance des principaux groupes d’organisme constituant les communautés fixées du coralligène (Cnidaires, Spongiaires, Bryozoaires, Macrophytes, etc.), des compétences en traitements et analyses statistiques des données écologiques : les activités du stage sont en grande partie de l’analyse d’image, de l’identification d’espèces sur photographie, et du traitement de données nécessitant une bonne maitrise du langage de programmation R ; Rédaction scientifique ;
Autonomie, prise d’initiative ; Esprit d’équipe ; Rigueur.
– Compétences optionnelles appréciées : Permis bateau et expérience en plongée sous-marine. Aucune activité de terrain n’est prévue dans le cadre de ce stage mais le stagiaire pourra accompagner sur d’autres activités dans le cadre d’autres projets.
ENVOYER CV ET LETTRE DE MOTIVATION AUX PERSONNES DE CONTACTS INDIQUEES CI-DESSUS.
DATE LIMITE DE CANDIDATURE : 09/11/2025.
Références (voir aussi : https://www.septentrion-env.com/documentation/ ) :
Ballesteros, E. (2006). Mediterranean coralligenous assemblages: A synthesis of present knowledge. Oceanography and Marine Biology, 44, 123–195.
Deter, J., Descamp, P., Boissery, P., Ballesta, L., & Holon, F. (2012). A rapid photographic method detects depth gradient in coralligenous assemblages. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 418–419, 75–82. https://doi.org/10.1016/j.jembe.2012.03.006
Gómez-Gras, D., Linares, C., Dornelas, M., Madin, J., Brambilla, V., Ledoux, J.-B., López-Sendino, P., Bensoussan, N., & Garrabou, J. (2021). Climate change transforms the functional identity of Mediterranean coralligenous assemblages. Ecology Letters. https://doi.org/10.1111/ele.13718
Kipson, S., Fourt, M., Teixidó, N., Cebrian, E., Casas, E., Ballesteros, E., Zabala, M., & Garrabou, J. (2011). Rapid Biodiversity Assessment and Monitoring Method for Highly Diverse Benthic Communities: A Case Study of Mediterranean Coralligenous Outcrops. PLoS ONE, 6(11), e27103.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0027103
Sartoretto, S., Schohn, T., Bianchi, C. N., Morri, C., Garrabou, J., Ballesteros, E., Ruitton, S., Verlaque, M., Daniel, B., Charbonnel, E., Blouet, S., David, R., Féral, J.-P., & Gatti, G. (2017). An integrated method to evaluate and monitor the conservation state of coralligenous habitats: The INDEX-COR approach. Marine Pollution Bulletin, 120(1), 222–231. https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2017.05.020
Trygonis, V., and Sini, M. (2012). photoQuad: A dedicated seabed image processing software, and a comparative error analysis of four photoquadrat methods. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 424–425, 99–108.
https://doi.org/10.1016/j.jembe.2012.04.018
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