Offre de stage Master 2 / Ingénieur – 2026 – Écologie microbienne et contamination métallique des cours d’eau

Titre du stage : Évaluation de la variabilité spatio-temporelle des communautés bactériennes dans des cours d’eau contaminés par les métaux
Contexte du stage : Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet DiagnoBactO, financé par le CNRS (programme EC2CO), dont l’objectif est de développer un outil diagnostique pour évaluer l’impact de la contamination métallique sur les communautés bactériennes des cours d’eau. L’hypothèse centrale du projet est que les bactéries, par leur diversité taxonomique et fonctionnelle, constituent un indicateur précoce et sensible des pressions anthropiques.
L’outil développé, reposant sur des approches de machine learning (e.g. forêts d’arbres conditionnels) et des bases de données spécialisées (e.g. BactoTraits, doi.org/10.24396/ORDAR-53), vise à être transférable aux gestionnaires et agences de l’eau. Le stage proposé concerne la deuxième phase du projet, qui s’intéresse à la variabilité spatiale et temporelle des communautés bactériennes en lien avec les teneurs en éléments traces métalliques (ETM).
Objectifs du stage : Le stage vise à :
– Évaluer la variabilité intra-site (spatiale et temporelle) de la diversité bactérienne dans 5 cours d’eau présentant des niveaux de contamination métallique contrastés.
– Contribuer à la compréhension de la relation entre contamination métallique (ponctuelle vs. intégrée) et composition des communautés bactériennes.
Missions : Le/la stagiaire participera aux étapes suivantes :
– Préparation et réalisation de campagnes de prélèvements sur 5 cours d’eau.
– Mise en place de dispositifs DGT (Diffusive Gradients in Thin Films) pour mesurer les concentrations intégrées et biodisponibles en ETM.
– Préparation et traitement des échantillons en laboratoire : Filtration des eaux, extraction d’ADN et préparation des librairies pour le séquençage Illumina des ADNr16S bactériens.
– Analyse des données : Traitement de la variabilité spatiale et temporelle (analyses multivariées, statistiques exploratoires, etc.).
– Interprétation des résultats en lien avec les données de contamination métallique (eaux filtrées et DGTs).
Profil recherché :
– Formation : Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur en écologie, biologie environnementale, microbiologie, écotoxicologie ou discipline apparentée.
– Compétences : Bonnes bases en écologie microbienne et biologie moléculaire (extraction ADN, PCR, et traitement bioinformatique des données de séquençage), Connaissances en écotoxicologie et/ou biostatistiques nécessaires, Capacité à manipuler des données écologiques complexes.
– Qualités attendues : Rigueur, autonomie, sens de l’organisation, Intérêt pour le travail de
terrain et le travail en équipe.
Encadrement et conditions :
– Lieu du stage : Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), CNRS –
Université de Lorraine, Campus Bridoux – Metz
– Durée : 5 à 6 mois (février/mars à juillet/août 2026).
– Encadrement : F. Maunoury-Danger (MC UL – LIEC), Davide Vignati (CR CNRS – LIEC) & Aurélie
Cébron (DR CNRS – LIEC)
– Indemnité de stage : selon les conditions légales en vigueur.
Candidature :
Merci d’envoyer votre candidature (CV + lettre de motivation) avant le 15 novembre 2025 à
florence.maunoury-danger@univ-lorraine.fr