Description du stage
La mondialisation des échanges entraîne une augmentation exponentielle des introductions d’espèces exotiques. Parmi elles, 10 à 15% peuvent devenir envahissantes et avoir de multiples impacts écologiques, économiques et sanitaires. Une espèce exotique envahissante (EEE) passe successivement par les étapes suivantes : (i) introduction depuis son aire de répartition d’origine, (ii) établissement de populations après une période de latence de durée variable, (iii) expansion géographique des populations et (iv) intégration dans l’écosystème lorsque l’espèce introduite a développé des liens écologiques stables avec les espèces indigènes. A chaque étape du processus d’invasion est associée une probabilité d’échec.
Le groupe des plathelminthes terrestres (famille des Geoplanidae) comprend plusieurs espèces carnivores qui ont été introduites dans différentes régions du monde. Au moins 20 espèces exotiques de plathelminthes terrestres ont été signalées en Europe, et parmi elles 10 ont été trouvées en France. L’une de ces espèces, observée depuis 2013, Obama nungara, présente une plasticité dans ses habitudes alimentaires, en tant que prédateur généraliste des invertébrés du sol (vers de terre, gastéropodes et autres planaires terrestres), et une grande tolérance aux perturbations environnementales. Présente dans plus de 70 départements, elle est aujourd’hui considérée comme EEE en France (https://especes-exotiques-envahissantes.fr/obama-nungara-un-predateur-de-vers-de-terre/). Sur plus de 500 signalements réalisés en métropole, toutes les observations correspondent à des sites anthropisés (jardins, jardineries), en zone urbaine, où l’espèce est susceptible de trouver des conditions favorables à son développement et des points d’introduction multiples pour son expansion.
Une analyse phylogénétique des séquences du gène mitochondrial COI de spécimens provenant d’Europe et d’Amérique du Sud a mis en évidence trois clades divergents au sein de l’espèce O. nungara (Justine et al. 2020). Un premier clade regroupait des spécimens d’Argentine et la plupart des spécimens européens, et notamment tous ceux de France. Un deuxième clade regroupait des spécimens d’Argentine et d’Espagne et enfin un troisième clade regroupait des spécimens du Brésil. Cette analyse a donc démontré que les échantillons prélevés en France entre 2013 et 2015 avaient pour origine une, ou des, populations d’Argentine.
Un premier objectif de ce stage sera de compléter ce jeu de données, en séquençant le gène COI de spécimens prélevés en France plus récemment (entre 2019 et 2024) afin de déterminer si des introductions multiples ayant plusieurs origines ont eu lieu en Métropole. Des analyses de variation génétique au sein de différentes populations viseront à reconstruire l’histoire de l’invasion par cette espèce.
Afin de compléter les informations obtenues à l’aide du gène mitochondrial COI, une librairie de marqueurs nucléaires microsatellites a été développée au laboratoire mais n’a pas encore été exploitée. Des résultats préliminaires suggèrent soit une polyploïdie au sein de l’espèce, soit une aspécificité des marqueurs développés.
Un deuxième objectif du stage est donc de poursuivre la mise au point de ces marqueurs microsatellites en amplifiant des fratries et l’un de leur parent. Ces familles ont été au préalable obtenues en élevage et les spécimens sont conservés dans l’éthanol. Cette approche permettra de confirmer la polyploïdie ou d’écarter les marqueurs avec des bandes aspécifiques.
Enfin, un troisième objectif du stage sera d’utiliser les marqueurs microsatellites sélectionnés suite à l’étape précédente pour faire une étude fine de la structure génétique des populations d’O. nungara à l’échelle de la France métropolitaine.
Références :
Justine, J.-L., Winsor, L., Gey, D., Gros, P. & Thévenot, J. Obama chez moi! The invasion of metropolitan France by the land planarian Obama nungara (Platyhelminthes, Geoplanidae). PeerJ 8, e8385 (2020).
Roy, V., Ventura, M., Fourcade, Y., Justine, J.-L., Gigon, A., & Dupont, L. (2022). Gut content metabarcoding and citizen science reveal the earthworm prey of the exotic terrestrial flatworm, Obama nungara. European Journal of Soil Biology, 113, 103449.
Conditions d’accueil
Il s’agit d’un stage d’une durée de 5 à 6 mois qui se déroulera à Créteil dans les locaux de l’Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris à la Faculté des Sciences et technologie de l’Université Paris-Est Créteil,
Profil du candidat
Candidat en Master 2 de biodiversité, écologie et évolution avec des compétences en biologie moléculaire et un intérêt pour l’analyse bio-informatique de données de séquençage et de génotypage.
Pour candidater
Envoyer un CV et une lettre de motivation à Lise Dupont (lise.dupont@u-pec.fr) et Virginie Roy (roy@u-pec.fr) avant le 20 octobre 2024.
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