Système modèle de recherche pour l’adaptation des holobiontes végétaux aux changements climatiques.

Titre du stage : Système modèle de recherche pour l’adaptation des holobiontes végétaux aux changements climatiques.

Profil recherché : Étudiant(e) en master ou licence en biologie, sciences des plantes, microbiologie, agronomie, ou toute autre discipline apparentée, avec une expérience en culture de microbes et/ou de plantes dans des conditions in vitro. La personne recherchée doit être motivée par le travail en laboratoire, rigoureuse, persévérante et curieuse. Le ou la stagiaire devra être capable d’exécuter des tâches expérimentales en laboratoire en s’appuyant sur les connaissances acquises à partir de la littérature scientifique et des protocoles établis. Une connaissance et une expérience des techniques de biologie moléculaire seraient un atout. Tous les travaux prévus seront réalisés dans un laboratoire technologiquement avancé.

Période de stage : 6 mois, débutant en janvier ou février 2025.

Salaire de stage : Une rémunération est prévue conformément à la réglementation en vigueur pour les stages d’une durée supérieure à trois mois.

Contexte du stage : L’objectif général de ce stage est de soutenir l’étude et l’établissement d’un système modèle permettant d’explorer, à travers des expériences multigénérationnelles, comment le microbiome des plantes contribue à façonner la diversité phénotypique au sein des populations végétales et, par conséquent, à influencer leur évolution adaptative. Cette recherche repose sur l’hypothèse selon laquelle les microbiomes peuvent moduler un large éventail de traits de l’hôte et, par conséquent, son potentiel évolutif. Par ailleurs, la complexité biologique des microbiomes remet en question les modèles évolutifs traditionnels, car les microbiomes capables d’influencer ces hôtes multicellulaires possèdent leurs propres capacités de transmission génétique héréditaire et d’adaptation, souvent plus rapides que celles de leurs hôtes. En intégrant le microbiome dans des expériences qui examinent à la fois les traits phénotypiques des plantes et leur génétique quantitative sous-jacente, ce projet vise à établir une approche holistique pour clarifier les complexités de l’évolution plante-microbiome. Cette compréhension est particulièrement pertinente dans un contexte de phénomènes météorologiques extrêmes induits par le changement climatique, tels que la sécheresse.
 
Objectifs du stage :
1. Déterminer la meilleure méthode de culture d’une plante à cycle de vie court, telle que le modèle Arabidopsis, afin de maintenir des conditions gnotobiotiques efficaces, garantissant une composition de microbiome connue et stable sur plusieurs générations.
2. Établir l’approche optimale pour simuler la sélection naturelle chez les individus végétaux.
3. Identifier et mesurer les traits phénotypiques clés liés à la résilience à la sécheresse au sein de différentes populations.

Institution d’accueil : L’unité de recherche mixte EDYSAN – Écologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés (UPJV-CNRS 7058) bénéficie d’une solide réputation pour ses recherches de pointe sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes, dans le contexte des changements environnementaux, notamment le changement climatique. Ces recherches incluent des études approfondies sur les interactions microbiennes au sein des communautés végétales. EDYSAN a contribué de manière significative à la compréhension des dynamiques écologiques des interactions plantes-sol-microbes. Parmi ses réalisations notables figurent des travaux pionniers à l’échelle mondiale sur la diversité microbienne et le rôle des microbiomes du sol dans les processus écosystémiques. Sur le plan méthodologique, EDYSAN dispose d’équipements de pointe, accessibles grâce à plusieurs plateformes, notamment le Centre de Ressources Régionales en Biologie Moléculaire (CRRBM). En collaboration avec le CRRBM, EDYSAN offre diverses méthodes avancées, telles que le phénotypage numérique des plantes, le séquençage ADN de nouvelle génération pour le métabarcodage microbien, ainsi que des approches de génétique fonctionnelle et de génomique. Ce cadre exceptionnel offre une opportunité unique de développer des compétences scientifiques et de recherche dans les domaines de la biologie, de l’écologie et de l’évolution des systèmes végétaux, tout en relevant les défis posés par les changements climatiques.
Encadrement : La candidate ou le candidat retenu(e) sera principalement encadré(e) par Jana Baydoun (doctorante) et Marco Cosme (Professeur Junior des Universités). Elle ou il collaborera également avec Diane Zarzoso-Lacoste (Maîtresse de conférences), Guillaume Decocq (Professeur des Universités), Annies Guiller (Professeure des Universités), ainsi qu’avec d’autres membres de l’équipe EDYSAN.
Soumission des candidatures : Les candidat(e)s intéressé(e)s sont invité(e)s à soumettre par courriel à Jana Baydoun (jana.baydoun@u-picardie.fr) et Marco Cosme (marco.cosme@u-picardie-fr) leurs documents de candidature, incluant un CV, une lettre de motivation expliquant leur intérêt et experience relevante pour ce stage, ainsi que une référence académique.
Nous encourageons les candidat(e)s à contacter Jana Baydoun (jana.baydoun@u-picardie.fr) et Marco Cosme (marco.cosme@u-picardie-fr) pour toute question ou clarification concernant le stage ou les attentes.
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