Vous serez accueilli⸱e dans l’Unité Ecosystèmes Forestiers (EFNO), composée d’une quarantaine de chercheurs, ingénieurs et techniciens. Vous viendrez en appui à un projet de recherche impliquant la collaboration de 5 laboratoires (Univ. Orléans ICOA, Univ. Orléans P²E, INRAE Biogeco, INRAE EFNO, INRAE URZF) sur l’exploration de la composition des communautés des insectes xylophages, des champignons et des métabolites du bois de chêne dans un contexte de dépérissement.
Contexte
Le groupe d’insectes appelés « ambrosia beetles » rassemble différentes espèces de parasites de faiblesse, qui profitent des dépérissements pour coloniser les arbres affaiblis. Ces insectes forent un réseau de galerie dans les tissus ligneux (aubier et/ou duramen) et y inoculent des symbiotes fongiques. Ces derniers colonisent les tissus ligneux et tapissent les parois des galeries creusées par les insectes. Une fois les parois couvertes d’hyphes, les insectes pondent leurs œufs et les larves se développent dans le réseau de galeries en se nourrissant des champignons. La dégradation liée au forage des galeries est couramment appelée piqûre. Ce phénomène limite fortement les usages des bois et déprécie fortement leur valeur économique, et représente par conséquent un enjeu forestier majeur en chênaie. Les impacts de la piqûre sur la composition biochimique, les propriétés mécaniques et esthétiques des bois de chêne sont toutefois méconnus et pourraient dépendre des espèces colonisatrices impliquées (insectes et/ou champignons) qu’il convient de décrire scrupuleusement.
Problématique
Fondé sur la mutualisation de données pluri-disciplinaires (insectes, champignons, métabolites) par les laboratoires partenaires, le projet comporte plusieurs objectifs :
1. Identifier les communautés d’insectes xylophages et de champignons colonisant les arbres dépérissants ou « sains »,
2. Déterminer les impacts biochimiques de cette colonisation sur les bois.
Le stage reposera sur l’analyse d’un riche jeu de données acquises en 2022 en forêt de Chantilly (Oise). Dans le cadre de ces travaux 33 chênes présentant différents symptômes de dégradation ont été abattus. Les grumes ont été mises sous nasse à émergence, à différentes hauteurs, et durant plusieurs mois afin de collecter les insectes s’y étant développés (i.e. occupant l’arbre avant son abattage). Les insectes ont ensuite été identifiés et dénombrés. Sur chaque grume, des carottes de tissus ligneux ont été prélevées dans le duramen et l’aubier pour déterminer (i) les champignons présents par métabarcoding, et (ii) le profil phytochimique des métabolites par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution. Enfin, une inspection détaillée a recensé la densité de piqûres et de trous d’émergence d’agriles, la profondeur des piqûres, la présence de galeries et de trous d’entrée dans la grume.
La coordination du projet et l’inspection des grumes ont été assurées par l’Université d’Orléans (P²E), les analyses biochimiques par l’Université d’Orléans (ICOA), les analyses fongiques par INRAE BIOGECO et les analyses d’insectes par INRAE EFNO. Les 4 types de données ont été décrits de manière exploratoire par chaque partenaire.
Le travail d’analyse à réaliser consiste à mettre en lien les données entomologiques (insectes émergents), fongiques (communautés de champignons dans les grumes) et biochimiques (métabolites dans les tissus ligneux). Observe-t-on des co-variations ou des relations fonctionnelles entre les familles de variables ? Peut-on mettre en relation un patron de colonisation par les insectes et champignons et un profil chimique ? Le couplage des données représente un défi et un travail complexe mais particulièrement original par son approche multi-disciplinaire.
Profil recherché
Etudiant⸱e en Master 2 ou césure d’écologie ou de biostastistiques, ou en Ecole d’Ingénieurs Agronomes ou Forestiers.
Connaissances en écologie des communautés et en écologie forestière bienvenues, fort intérêt pour l’analyse de données et les traitements statistiques (pratique usuelle de R), formé(e) aux méthodes scientifiques avec de bonnes capacités rédactionnelles.
Conditions pratiques :
– Durée de stage : 6 mois, début envisagé de janvier à mars 2025
– Lieu du stage : INRAE, Centre de Nogent-sur-Vernisson (Loiret – 45) : Domaine des Barres, 45290 Nogent-sur-Vernisson.
– Conditions matérielles : Possibilité de logement sur place (100 € par mois). Gratification (montant légal).
– Stagiaire accueilli(e) au centre INRAE de Nogent-sur-Vernisson.
– Encadrant : Christophe Bouget (INRAE EFNO, christophe.bouget@inrae.fr), en collaboration à distance avec Aurélien Sallé (P²E), Marylise Marchand (Biogeco), Laetitia Fougère (ICOA).
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