Stage Master 2: Influence de facteurs environnementaux sur la distribution spatio-temporelle de cas de lyssavirus chez les chauves-souris en France Métropolitaine

Les Lyssavirus sont un genre de virus qui comprend le virus de la rage classique (RABV ; Lyssavirus rabies) mais également des virus communément appelés virus de la rage des chauves-souris. En France, l’espèce virale communément isolée est l’espèce Lyssavirus hamburg (European Bat Lyssavirus 1, EBLV-1). La surveillance de la rage des chauves-souris repose sur un dispositif réglementaire national qui a permis de mettre en évidence 128 cas de lyssavirus de 1989 à 2023 (dont 125 d’EBLV-1). Comme tout lyssavirus, la transmission est réalisée via la salive d’individus infectés, par morsure, griffure et/ou léchage de peau excoriée. La compréhension des mécanismes de transmission et diffusion de ce pathogène viral chez les chauves-souris reste cependant très peu étudiée et mal documentée. L’objectif de ce stage sera de mieux appréhender la distribution spatio-temporelle des cas métropolitains d’EBLV1 et d’identifier potentiellement des facteurs « drivers » de transmission à échelle populationnelle.
D’un point de vue temporel, le nombre de cas détecté par an ne semble a priori pas constant. Outre la pression d’échantillonnage variable, qu’est-ce qui explique ces variations d’occurrence? La sérotine commune (Eptesicus serotinus) qui est l’espèce « hôte » d’EBLV-1 est une espèce anthropophile insectivore généraliste. Comme tout être vivant, son état sanitaire et la pérennité de l’espèce sont liés à la bonne fonctionnalité des écosystèmes qui lui assurent gite, couvert et possibilité de reproduction. Les populations d’insectes ont ainsi diminué de 70 à 80 % dans les paysages européens mixtes agro-industriels au cours des dernières décennies. Même si présents dans l’environnement, dans des contextes d’alea climatiques fréquents ils pourraient se retrouver à encore moindre disponibilité (chasse impossible). Une plus grande difficulté à s’alimenter ne pourrait-elle pas induire un affaiblissement de l’organisme avec une plus importante probabilité d’infection au pathogène?
Alors que l’espèce sérotine commune est globalement présente sur tout le territoire métropolitain, elle est associée à deux variants d’EBLV-1 (EBLV-1a et EBLV-1b) qui sont géographiquement bien distincts avec une limite qui suivrait un axe ≈ est-ouest. Un deuxième volet consistera donc à explorer les potentielles variables environnementales (climat, paysage, etc.) qui pourraient influencer cette distribution.