PatriNat
Centre d’expertise et de données sur la nature
Le MNHN recherche un stagiaire de Master 2 sur
« Un inventaire des organismes colonisant des boulets métalliques par ADNe »
PRÉAMBULE
PatriNat assure des missions d’expertise et de gestion des connaissances sur la biodiversité et la géodiversité pour ses quatre tutelles, que sont l’Office français de la biodiversité (OFB), le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et l’Institut pour la recherche et le développement (IRD)
Le Service de Systématique Moléculaire (SSM) est un plateau technique de l’Unité d’Appui et de Recherche (UAR) 2700 2AD. Le SSM a pour objectifs : d’offrir un accès mutualisé aux moyens techniques et analytiques en biologie moléculaire et d’assurer ou faciliter l’acquisition de savoir‐faire techniques et analytiques par l’encadrement, la formation et l’accompagnement des utilisateurs.
Au sein du Muséum National d’Histoire Naturelle, PatriNat et 2AD sont rattachées à la Direction Générale Déléguée Recherche, Expertise, Valorisation et Enseignement (DGD REVE).
CONTEXTE
Pendant 4 ans (2018‐2021) la compagnie TANGIBLE a accompagné artistiquement le démantèlement de l’ancienne centrale à charbon de Vitry‐sur‐Seine. Ils ont pu y observer la lente reconquête du vivant au sein du bâtiment. Ils ont décidé d’inviter des chercheurs de PatriNat à une expérience d’ensemencement des boulets qui servaient à broyer le charbon, pièces emblématiques du patrimoine ouvrier de la centrale. Cette expérience unique doit permettre de vérifier dans quelles conditions les organismes dont notamment les mousses et lichens se développent sur le métal et dans quelle mesure ils participent à sa lente transformation.
En mars 2020, 4 boulets (sphère métallique d’une tonne) ont été extraits de la centrale et exposés aux conditions extérieures. Neuf mois plus tard, 3 d’entre eux ont été ensemencés par respectivement : un broyat de mousses, un broyat de lichens et des microalgues prélevés sur le site. Le quatrième boulet dit témoin n’a subi aucun traitement. L’hypothèse testée étant que l’ensemencement favorise la colonisation des boulets. En 2022, les boulets sont sortis de l’enceinte de la centrale et implantés au parc du Coteau de Vitry. L’observation régulière de la surface des boulets met en évidence le développement de biofilms chlorophylliens. Toutefois l’identification des organismes présents nécessite des analyses moléculaires. Pour ce faire, 3 prélèvements surfaciques seront réalisés par boulet en décembre 2024 et mars 2025.
DESCRIPTION DES MISSIONS
L’objectif du stage est d’inventorier, par analyse moléculaire en métabarcoding passant par les nouvelles techniques de séquençage (NGS, Illumina et Oxford Nanopore), les communautés fongiques et d’organismes photosynthétiques (bryophytes, algues, cyanobactéries) colonisant les boulets. Pour ce faire, vous réaliserez une partie des prélèvements, puis les analyses (extraction, amplification, préparation de banques et séquençage NGS) et enfin l’interprétation des données, ainsi que l’établissement d’un petit jeu de données de référence des organismes visibles présents sur les supports avoisinants avec identification morphologique quand c’est possible. Le travail proposé permettra de répondre aux questions suivantes : => quels sont les organismes aptes à se développer sur des supports rouillés ? Sont‐ils les mêmes que sur les supports environnants ?
=> y a‐t‐il une saisonnalité des organismes présents ?
=> l’ensemencement préalable des boulets, influe t’il sur la nature des organismes présents ?
Encadrants :
Sébastien LEBLOND et Caroline MEYER, au sein de PatriNat
Agnès DETTAÏ, Stéphanie GHISLIN et Ada OREFICE, au sein du SSM
CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES
Être titulaire au minimum d’un diplôme de niveau Master 1 (Bac + 4) avec une connaissance des techniques d’étude de la biodiversité fondées sur l’ADN
QUALIFICATIONS REQUISES
Au‐delà des compétences classiques attendues (curiosité, motivation, rigueur, autonomie et goût du travail en équipe), le/la candidat(e) sélectionné(e) devra réunir les compétences suivantes :
‐ première expérience en technique moléculaire, et intérêt fort pour le travail de laboratoire et les approches bioinformatiques
‐ connaissances naturalistes sur les bryophytes, lichens et microalgues
MODALITÉS DE RECRUTEMENT
Type de contrat : Stage de Master 2
Durée : 6 mois
Rémunération : indemnisations légales
Date de prise de fonction : à partir du 6 janvier 2025
Lieu : Muséum national d’Histoire naturelle, Jardin de Plantes, Paris, FRANCE
PROCÉDURE DE RECRUTEMENT
Le dossier de candidature est à envoyer avant le 16 décembre 2024 à : sebastien.leblond@mnhn.fr ; caroline.meyer@mnhn.fr ; ssm‐contact@mnhn.fr avec la mention : « Stage ADNe_boulets ».
Ce dossier comprendra :
‐ un curriculum vitae détaillé et tous les travaux susceptibles d’éclairer le jury ; ‐ une lettre de motivation.
Pour toute précision, les candidats sont invités à prendre contact au préalable avec : sebastien.leblond@mnhn.fr et ssm‐contact@mnhn.fr
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