Établissement d’accueil / Host institution :UMR EcoFoG – Écologie des Forêts de Guyane, Kourou, Guyane Française
Encadrant(s) de stage / Internship Supervisor (s) :
Irene CALDERON-SANOU (Chaire Scientifique, Université de Guyane, UMR EcoFoG), irene.calderon-sanou@univ-guyane.fr
Axel TOUCHARD (IR CNRS, UMR EcoFoG), Axel.Touchard@ecofog.gf
Jérôme ORIVEL (DR, CNRS, CRBE-DEEP), jerome.orivel@cnrs.fr
Description du stage / Internship description :
Il existe encore d’importantes lacunes dans notre compréhension de la biodiversité, en particulier concernant les interactions biotiques, qui sont essentielles à la coexistence des espèces et au fonctionnement des écosystèmes. Les méthodes traditionnelles d’étude de ces interactions sont longues et limitées, car elles reposent sur des observations ou des expérimentations ponctuelles. Le métabarcoding de l’ADN est apparu comme un outil puissant permettant d’identifier un large éventail de taxons et d’inférer des réseaux d’interactions complexes. Ce stage a pour objectif d’utiliser le métabarcoding de l’ADN pour reconstituer les niches trophiques d’un ensemble d’espèces de fourmis et mieux comprendre le régime alimentaire de ces organismes, souvent considérés comme des prédateurs généralistes. Pour cela, nous nous appuierons sur des données existantes issues d’une étude pilote, ainsi que sur des échantillons supplémentaires à collecter. Les données obtenues, après curation, permettront d’évaluer l’étendue et la différenciation des niches entre espèces de fourmis grâce à la reconstitution de réseaux d’interactions prédateur-proie bipartites. L’étudiant·e mettra en place un dispositif expérimental utilisant des colonies de fourmis élevées en laboratoire et nourries avec des proies connues. Ces conditions contrôlées permettront de valider la détection du signal alimentaire par métabarcoding d’eDNA. Les résultats seront ensuite comparés à ceux obtenus à partir de colonies collectées sur le terrain afin d’évaluer les régimes alimentaires naturels. Des comparaisons seront également réalisées entre ouvrières et larves pour examiner d’éventuelles différences de niches trophiques au sein des colonies. Les fourmis étant les principaux prédateurs d’arthropodes, elles jouent un rôle clé dans des processus écologiques majeurs tels que la régulation biologique et le recyclage des nutriments. D’un point de vue de l’écologie des communautés, la compétition est également un facteur structurant important dans ce groupe ; ainsi, le régime alimentaire des espèces coexistant localement pourrait être l’un des moteurs de cette coexistence. Cette étude vise à développer une approche efficace en termes de coûts et de temps pour une meilleure compréhension des niches trophiques et des mécanismes de coexistence chez les arthropodes prédateurs.
There are still significant knowledge gaps in our understanding of biodiversity, particularly in terms of biotic interactions, which are crucial for species coexistence and ecosystem functioning. Traditional methods of studying biotic interactions are time-consuming because they rely on observational data or experimental assessments and often limited in scope. DNA metabarcoding has emerged as a powerful tool for identifying a wide range of taxa and inferring complex interaction networks. The internship aims to use DNA metabarcoding to reconstruct the trophic niches of a selection of ant species and better understand the diet of these organisms mainly considered as generalist predators. To this end, we will rely on existing data from a pilot study, and additional samples to be collected. The curated data obtained will be used for determining niche breath and differentiation among ant species via the reconstruction of bipartite predator-prey interaction networks. The student will set up an experimental design using laboratory-reared ant colonies fed with known prey items. These controlled conditions will enable the validation of dietary signal detection via eDNA metabarcoding. The results will then be compared to data obtained from field-collected colonies of the same species to provide insight into natural feeding patterns. Furthermore, comparisons will be made between workers and larvae to evaluate potential differences in trophic niches within colonies. Ants are the main predators of arthropods and as such they are involved in major ecological processes as biological control and nutrient recycling. From a community ecology perspective, competition is also considered as a predominant structuring force in this group, so that the diet of cooccurring species might be among the drivers of local coexistence.This study is expected to contribute to develop a cost and time effective approach for a better understanding of the trophic niches and local coexistence mechanisms in predatory arthropods.
Tâches / Tasks :
Participer au traitement bioinformatique des données de métabarcoding eDNA (assignation taxonomique et curation des données).
Mettre en place et réaliser une expérience avec des échantillons témoins positifs provenant de colonies de fourmis nourries avec des proies connues.
Analyser les données d’eDNA issues des contenus stomacaux pour construire des réseaux d’interactions prédateur–proie et quantifier les liens trophiques entre espèces de fourmis tropicales.
Contribute to the bioinformatic processing of eDNA metabarcoding data (taxonomic assignment, and data curation).
Set up and conduct an experiment using positive control samples from feeding experiments in which ants were provided with known prey items.
Analyze gut-content eDNA data to construct bipartite predator–prey interaction networks and quantify trophic links among tropical ant species.
Environnement / Environment :
La forêt tropicale de Guyane française couvre environ 8 millions d’hectares. Il s’agit d’une forêt tropicale humide reconnue pour sa biodiversité exceptionnelle et son faible niveau de fragmentation, bien qu’elle présente divers types de perturbations locales. L’unité mixte de recherche EcoFoG (UMR EcoFoG) possède une expertise approfondie sur les écosystèmes forestiers tropicaux, notamment dans les domaines de la gestion durable des écosystèmes, du rôle de la forêt guyanaise dans le cycle global du carbone, et des mécanismes à l’origine et au maintien de la biodiversité tropicale. L’UMR EcoFoG contribue également au développement durable de la filière bois, élabore des inventaires carbone et propose des outils de simulation pour appuyer les politiques d’aménagement du territoire.
The tropical forest of French Guiana spans 8 million hectares. It is a humid tropical rainforest, known for its exceptional biodiversity and minimal fragmentation, though it includes various types of local disturbances. The EcoFoG research unit (UMR EcoFoG) provides extensive knowledge on tropical forest ecosystems, supporting applications in ecosystem management, the role of the Guianese rainforest in the global carbon cycle, and the origins and maintenance of tropical forest biodiversity. UMR EcoFoG is also actively involved in the sustainable development of the timber sector. Additionally, it develops carbon inventories and offers simulation tools to support land management policies.
Compétences requises / Skills required :
Étudiant·e ingénieur·e ou master (M2) en Agronomie, Sciences de l’environnement, Écologie ou Bioinformatique.
Maîtrise du langage R ou d’un autre langage de programmation.
Organisé·e et méthodique, avec de bonnes capacités de communication et de synthèse.
Autonome, rigoureux·se, et capable d’échanger avec les collaborateurs.
Engineering or Master’s level (M2) student in Agronomy, Environmental Science, Ecology, or Bioinformatics
Proficiency in R or other programming languages
Organized and methodical, with strong communication and synthesis skills
Autonomous, rigorous, and able to communicate effectively with colleagues
Rémunération / Salary :
Indemnité de stage selon la réglementation de la fonction publique, environ 659,76 € par mois pour 35 h/semaine.
2,5 jours de congé par mois.
Possibilité de logement à bas coût sur le campus (environ 110 €/mois), mais le·la candidat·e devra financer son billet d’avion pour la Guyane française.
Mandatory public service payment, approximately 659.76 € per month for a 35-hour work week. 2.5 days of leave per month
Possibility of on-campus accommodation at low cost (~ 110 €/ month), but the candidate must pay for its flight to French Guiana.
Date de début et durée / Starting date and duration:
Début 2026 (dates flexibles), pour une durée de 6 mois.
Early 2026 (flexible dates), duration of 6 months
Date limite de candidature / Deadline for applying :
1er décembre 2025
Articles de référence pour le projet / Relevant articles for the project :
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