Contexte :
Comparativement aux connaissances acquises sur le continent, les flux de migrations d’oiseaux en contexte océanique et littoral sont encore très lacunaires. Or, les projets de parcs éoliens en mer se multiplient sur les façades françaises Atlantique et Manche sans que les interactions avec l’avifaune ne soient suffisamment documentées. Le programme national MIGRATLANE vise à combler ses lacunes de connaissances (https://www.eoliennesenmer.fr/migratlane).
C’est dans ce cadre que des capteurs acoustiques ont été positionné sur les campagnes bateaux MEGASCOPE (IFREMER, PELAGIS). Ces capteurs permettent d’enregistrer les cris des oiseaux migrateurs afin de détecter et d’identifier les espèces présentes en mer. Des analyses préliminaires ont validé l’acquisition de ces données qui nous permettront de documenter les zones et les périodes de passages des oiseaux terrestres et limicoles en mer. Ces informations sont primordiales dans le cadre de la planification des énergies renouvelable marine afin d’éviter et/ou de réduire les potentiels impacts négatifs de celles-ci.
Objectifs du stage et méthodes :
L’objectif sera d’étudier les variations spatiales et temporelles de la présence d’oiseaux terrestres et limicoles dans le golfe de Gascogne et en Manche à partir des enregistrements acoustiques effectués sur les bateaux de la flotte océanographique Française (IFREMER). Ces enregistrements ont été effectué en collaboration avec l’observatoire PELAGIS depuis 2022 sur les trois campagnes MEGASCOPE suivantes : PELGAS en avril/mai dans le golfe de Gascogne (85 nuits enregistrées), CGFS en septembre/octobre en Manche (55 nuits enregistrées) et EVHOE en novembre dans le golfe de Gascogne (30 nuits enregistrées).
Tâches :
1) Etablir un protocole d’annotation afin d’identifier les espèces d’oiseaux à partir des enregistrements (sonogrammes) manuellement et à l’aide de l’IA (BirdNET),
2) Annoter les enregistrements,
3) Déterminer la distribution des oiseaux en mer en explorant l’effet de la distance à la côte sur l’abondance/présence d’oiseaux en mer,
4) Déterminer les facteurs météorologiques (vent, température, pluie…) influençant simultanément la détection et l’abondance d’oiseaux,
Selon l’avancement, il sera aussi possible de comparer les données acoustiques aux données visuelles collectées en parallèle sur le navire et/ou de comparer des densités de passage entre la mer et la côte à partir de données collectées sur le littoral.
La/le stagiaire réalisera un état de l’art de la littérature scientifique disponible sur le sujet, annotera manuellement les identifications, réalisera les analyses statistiques après avoir été formé(e) par les encadrants, puis écrira son mémoire de stage et préparera sa soutenance. La/le stagiaire pourra aussi être amené à présenter ces résultats lors des réunions d’avancements ou copil du programme MIGRATLANE. Ses analyses pourront aussi être utilisées dans le rapport d’avancement MIGRATLANE. La/le stagiaire pourra aussi être amené(e) à :
– Bancariser les données,
– Participer à la mise en place d’enregistreurs acoustiques sur la façade Manche et Atlantique.
-Connaissances ou compétences acquises à l’issue du stage :
Le stage apportera à l’étudiant(e) des connaissances sur la bioacoustique des oiseaux, les étapes d’analyses et valorisation scientifique des données (utilisation de l’outil R et analyse statistique, rédaction d’un rapport), des connaissances en écologie et en sciences de la conservation. Pour mener à bien ces missions, l’étudiant(e) bénéficiera d’un contexte scientifique dynamique et d’une insertion immédiate dans une équipe projet dont les partenaires – MNHN, PELAGIS, BioPhonia et la LPO- ont une solide expérience de collaboration. L’étudiant(e) pourra aussi se familiariser avec le domaine professionnel de l’écologie grâce aux partenariats : la start-up BioPhonia (Oletta, France), expert en bioacoustique et la LPO, association nationale pour la protection des oiseaux, qui coordonne en collaboration avec le MNHN, Biophonia et Trektellen, le programme de sciences participatives Vol de Nuit (https://www.lpo.fr/la-lpo-en-actions/connaissance-des-especes-sauvages/suivis-ornithologiques/oiseaux-migrateurs/vol-de-nuit).
DESCRIPTION DE L’EQUIPE
MNHN – CESCO (encadrants principales) : Anaïs Pessato & Christian Kerbiriou
MNHN -CESCO : Antoine Chabrolle, Yves Bas ; BioPhonia : Juliette Linossier, Paul Peyret, Tanguy Lois ; LPO : Paul Coiffard ; Observatoire PELAGIS : Ghislain Dorémus
PROFIL SOUHAITE
– Etudiant(e) en M2 professionnelle en spécialité écologie de la conservation et ingénierie écologique, avec un souhait de s’investir dans la bioacoustique
– Bonne connaissance en reconnaissance acoustique d’oiseaux,
– Connaissance en analyses statistiques, utilisation de R.
MODALITES PRATIQUES
– Candidature : envoyer CV et lettre de motivation (au format NOM_PRENOM_CV et NOM_PRENOM_LM) à Anaïs Pessato (anais.pessato@mnhn.fr). Les candidatures seront étudiées au fur et à mesure de leur réception (date limite : 18 novembre).
-Date de début : mars 2025 (durée 6 mois).
-L’étudiant(e) sera basé(e) au sein du laboratoire CESCO-UMR7204 à la station marine de Concarneau où se trouve les encadrants principaux. Dans certains cas, l’étudiant(e) pourra aussi être basé au jardin des plantes (Paris), dans les locaux du CESCO.
REFERENCES :
Dorémus G., Blanchard A., Sanchez T., Huon M., Genu M., Brétille V. & Pessato A. (2023). MEGASCOPE : Suivi de la distribution de la mégafaune marine en Manche, Atlantique et Méditerranée. Rapport de synthèse 2021 – 2022. Rapport scientifique de l’Observatoire PELAGIS. 85 p.
Kahl S., Wood C. M., Eibl M. & Klinck H. (2021). BirdNET: A deep learning solution for avian diversity monitoring. Ecological Informatics, 61, 101236.
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