L’Unité de Recherche « Ecologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés »
UMR CNRS 7058 EDYSAN-UPJV), 1 rue des Louvels, 80000 Amiens
Propose un stage pour : Master 2 Recherche 2025-2026
Titre. HOLOBIOCLIM : rôle des communautés microbiennes du sol dans l’adaptation de deux espèces forestières aux gradients climatiques
Contexte
Le changement climatique modifie profondément la dynamique des forêts tempérées, en affectant la régénération, la performance et la résilience des jeunes arbres. Les communautés microbiennes du sol, considérées comme une extension du phénotype végétal (Dawkins 1982), jouent un rôle majeur dans ces réponses en influençant la nutrition, la tolérance au stress, la croissance et la survie des plantules. De nombreux travaux récents montrent que la diversité et la composition des microbiomes peuvent moduler la plasticité phénotypique et la capacité d’adaptation des arbres (Henry et al. 2021 ; Trivedi et al. 2022). Le projet HOLOBIOCLIM (Chaire internationale UPJV 2025-2028) vise à étudier les interactions entre plantules forestières et microbiomes le long d’un gradient latitudinal européen, afin de comprendre comment les variations microbiennes du sol influencent les traits fonctionnels de deux espèces contrastées, Fagus sylvatica et Acer pseudoplatanus.
Le stage proposé contribuera au premier volet du projet (WP1). Il comprendra une phase de terrain réalisée au printemps-été 2026 pour collecter des sols et des plantules sur plusieurs sites forestiers répartis du sud au nord de l’Europe, identifiés en collaboration avec le Forest & Nature Lab (UGent) et le réseau FLEUR. Cette campagne permettra d’associer des mesures de traits fonctionnels des plantules à la composition des communautés microbiennes présentes dans le sol. La seconde phase du stage se déroulera au laboratoire, où l’étudiant mènera des analyses de métabarcoding afin de caractériser la diversité bactérienne et fongique. Les analyses comprendront l’extraction d’ADN, les amplifications ciblant les régions 16S et ITS, la préparation des bibliothèques pour séquençage haut débit et le traitement bioinformatique des données. L’objectif est d’évaluer comment la variation microbienne le long du gradient climatique se reflète dans les performances des plantules et dans leurs traits fonctionnels, en lien avec les hypothèses de l’holobionte et du stress legacy microbien (Afkhami 2023 ; Jia et al. 2020).
Ces travaux permettront de constituer une base de données originale intégrant profils microbiens, traits fonctionnels et conditions environnementales. Ils fourniront des éléments essentiels pour tester l’hypothèse selon laquelle les microbiomes du sol modulent la capacité des arbres à s’adapter aux gradients climatiques. Le stage s’inscrit également comme un soutien direct à la thèse de Quentin Roussel, en apportant une aide indispensable aux phases de terrain et de laboratoire. L’ensemble contribuera à une meilleure compréhension des processus d’adaptation dans les forêts tempérées européennes et à l’intégration de la dimension microbienne dans les études de résilience forestière (Ma et al. 2019).
Références :
Afkhami, M. E. (2023). Past microbial stress benefits tree resilience. Science, 380(6647), 798–799
Dawkins R. (1982). The Extended Phenotype. Oxford University Press.
Henry L. P. et al. (2021). The microbiome extends host evolutionary potential. Nature Communications, 12(1), 5141.
Jia Y. et al. (2020). Symbiotic soil fungi enhance resistance and resilience of an experimental grassland to drought and nitrogen deposition. Journal of Ecology, 108, 1677-1689.
Ma S. et al. (2019). Local soil characteristics determine microbial communities along a latitudinal gradient. Basic and Applied Ecology, 36, 34-44.
Trivedi P. et al. (2022). Plant–microbiome interactions under a changing world. New Phytologist, 234(6), 1951-1959
Compétences / intérêt : écologie microbienne, biologie moléculaire, écologie fonctionnelle, analyses statistiques (R), travail de terrain, travail en autonomie.
Durée et date de stage : 6 mois (février – juillet 2025)
Financement du stagiaire : UMR 7058 EDYSAN CNRS UPJV.
Co-Encadrants :
Annie GUILLER (PR) et Safaa WASOF (MC), Axe Sylvosystème, UMR 7058 EDYSAN CNRS UPJV : https://www.u-picardie.fr/edysan/
Contact : Les candidats doivent envoyer un CV et une lettre de motivation à : annie.guiller@u-picardie.fr et safaa.wasof@u-picardie.fr
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