Déterminer les tailles d’échantillon (animaux capturés et marqués) optimales pour les études sur le fonctionnement des populations d’ongulés en réponse aux facteurs environnementaux
CONTEXTE
L’Office Français de la Biodiversité bénéficie de territoires d’études sur lesquels les populations d’ongulés sont étudiées par capture-marquage-recapture depuis près de 40 ans. Ces études à long terme sont essentielles pour comprendre le fonctionnement démographique et spatial des populations d’ongulés en tenant compte de toute la complexité de l’écosystème (communauté d’ongulés sauvages et domestiques, climat, ressource, habitat, maladies, interactions avec activités humaines, …) et sont d’autant plus précieuses dans le contexte actuel des changements globaux pour permettre d’en comprendre ou prédire les conséquences.
Le Service Anthropisation et Fonctionnement des Ecosystèmes Terrestres de l’OFB a en charge les études menées depuis les années 1980 sur les territoires de montagne : Bauges (chamois puis chevreuil), Belledonne (bouquetin), Caroux (mouflon méditerranéen) et Orlu (isard). Dans chaque territoire, plus de 1000 individus ont été capturés pour être mesurés (données biométriques), marqués (pour estimation des paramètres démographiques), équipés de GPS (pour l’étude du comportement spatial), et ont été l’objet de prises de sang et/ou fèces (suivi sanitaire et parasitologique). Ces quatre territoires détiennent depuis 2023 le label SEE-Life du CNRS, qui souligne l’importance de ces types de suivis à long terme du vivant.
Les captures, la manipulation et le marquage d’animaux sauvages à des fins scientifiques font depuis 2013 l’objet du cadre réglementaire UAFS FSNH (Utilisation d’Animaux à des Fins Scientifiques de Faune Sauvage Non Hébergée). La règle des 3R (raffinement, réduction, remplacement) est au cœur de ce cadre.
Le remplacement fait l’objet d’investigations (par exemple utilisation de réseaux serrés de pièges-photos, utilisation de fèces pour analyses génétiques, …), mais pour l’instant aucune méthode ne peut rivaliser avec la capture et le marquage des animaux pour suivre finement les mécanismes de réponse des populations aux différents facteurs de variation. Le raffinement a toujours été au cœur des préoccupations des équipes opérant sur le terrain, qui sont vigilantes à exercer les bonnes pratiques de capture et de manipulation et sont toujours en recherche d’amélioration, grâce notamment au soutien de vétérinaires. Du fait des nombreuses questions auxquelles sont censées répondre nos études et des multiples facteurs de variation des paramètres étudiés, la réduction en revanche a été peu envisagée, une taille d’échantillon maximale étant considérée comme la plus appropriée. Dans ce contexte de notion de réduction mis en avant dans le cadre UAFS, mais aussi dans un contexte de plus en plus prégnant de réduction du temps alloué par les équipes sur le terrain, il devient nécessaire de quantifier quelles sont les tailles d’échantillon optimales en fonction des questions posées, pour pouvoir ajuster au mieux le nombre d’animaux capturés.
OBJECTIFS DU STAGE
– Il s’agira dans un premier temps de lister précisément les différentes questions posées dans les différents programmes de recherche basés sur les données issues de ces suivis long terme ; d’identifier les variables d’entrée (par exemple taux de survie par classe de sexe et âge, masse corporelle, taille des cornes, comportement spatial…) et leur précision (en lien avec erreur de mesure), ainsi que les facteurs de variation annuelle clef (par exemple météo, charge pastorale, maladies, …)
– Mener les analyses adaptées (type analyses de puissance) pour estimer la taille d’échantillon optimale pour chaque question/variable d’entrée/facteur de variation
Données disponibles :
Les données des 4 sites mentionnés ci-dessus : mesures biométriques, CMR, spatiales sur série temporelle de ~ 40 ans.
DÉROULEMENT DU STAGE
– Durée : stage de 6 mois (démarrage flexible à partir de janvier 2024)
– Structure d’accueil : Office Français de la Biodiversité – Direction de la Recherche et Appui Scientifique – Service Anthropisation et Fonctionnement des Ecosystèmes Terrestres, Gières (38). En lien étroit avec le CNRS, Laboratoire d’Ecologie Alpine
– Lieu d’accueil : Le·la stagiaire sera basé·e à l’OFB, à Gières (38610)
– Encadrement : Carole Toïgo (OFB), Mathieu Garel (OFB), Anne Loison (CNRS)
– Indemnité de stage : selon les règles en vigueur, ~ 600€ Net/ mois.
PROFIL RECHERCHÉ
– Deuxième année de master, ou fin de cycle ingénieur, en écologie, modélisation ou statistiques.
– Goût prononcé pour l’écologie quantitative et l’analyse de données
– Bonne connaissance des outils d’analyses statistiques
– Maitrise du langage de programmation R.
CONTACTS
Pour postuler, veuillez envoyer par mail un CV accompagné d’une lettre de motivation à carole.toigo@ofb.gouv.fr ; mathieu.garel@ofb.gouv.fr et anne.loison@univ-smb.fr avant le 22/11/2024
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