Contexte et enjeux :
Ce stage s’inscrit dans le cadre d’une thèse explorant l’assemblage des communautés biologiques et des réseaux d’interaction du sol, en sites agroforestiers, grâce à une méthode innovante d’imagerie in-situ. Cette méthode, actuellement en développement, permet l’observation de l’activité de la faune, de la flore et la fonge des sols de manière dynamique, à la fois dans le temps et dans l’espace, offrant ainsi d’importantes perspectives pour la discipline. Le déploiement de ce dispositif d’imagerie sur le terrain nécessite au préalable une phase de programmation. Divers paramètres tels que la résolution des images (en nombre de pixels par unité de longueur en Dot Per Inch) et la fréquence de capture des images (intervalle de temps entre deux captures) peuvent être ajustés. Chaque configuration présente des avantages et des contraintes, tant sur le plan scientifique que logistique, qu’il est essentiel de considérer. Un travail d’étalonnage est donc nécessaire pour déterminer les paramètres optimaux.
Questions et hypothèses :
La fréquence de capture et la résolution des images influencent-elles l’activité biologique captée lors du traitement des images ? Si oui, de quelle manière ?
• L’augmentation de la résolution des images permet d’observer un plus grand nombre d’organismes, y compris ceux de très petite taille (de l’ordre du µm, comme les nématodes). Toutefois, au-delà d’un certain seuil de résolution, la manipulation des images devient impraticable.
• À partir d’un certain seuil de fréquence de capture, la pression lumineuse exercée sur le milieu par le dispositif d’imagerie devient excessive, provoquant la fuite des organismes et, par conséquent, une réduction de leur observation.
Travail attendu :
Une première banque d’images, permettant de comparer 4 modalités de résolution et 3 modalités de fréquence, a déjà été constituée. L’étudiant(e) sera chargé(e) d’analyser ces images. Un pipeline de traitement d’images semi-automatisé étant déjà en place, le travail d’analyse consistera à annoter les images. Ces images contiennent principalement des invertébrés du sol. L’étudiant(e) sera formé(e) à l’identification des organismes de la méso- et macrofaune du sol en amont. Les données récoltées devront être analysées à l’aide de tests statistiques avec le logiciel R.
Profil recherché :
Étudiant.e niveau licence ou master, préférentiellement de formation biologie/écologie/environnement.
Encadrement :
• Emma Belaud, doctorante
• Mickael Hedde, directeur de recherche
• Christophe Jourdan, directeur de recherche
Conditions d’accueil et modalités de candidature :
L’étudiant.e sera accueilli au sein de l’UMR Éco&Sols, unité mixte de recherche en écologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agroécosystèmes, à Montpellier pour une durée de 3 à 6 mois à partir d’octobre 2024. L’indemnité de stage sera sous le régime législatif en vigueur (environ 600€/mois). Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à adresser à Emma Belaud (emma.belaud@cirad.fr).
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