Date de clôture des candidatures : 01/03/2025
Dates du stage : 16 août 25 – 15 février 26
Contexte :
Ce stage se déroulera dans le cadre du projet de recherche SEMSOP, qui vise à documenter l’impact des pratiques agricoles sur la présence de produits phytopharmaceutiques (PPP) dans les sols et leurs effets sur la santé globale par le prisme du microbiome. L’objectif spécifique du présent stage sera d’évaluer les risques relatifs aux pratiques agricoles pour les agriculteur.rice.s et riverain.e.s par la quantification de leurs niveaux d’exposition aux PPP appliqués et présents dans les sols.
Descriptif :
L’expérimentation à mettre en place s’appuiera sur la station de recherche agronomique du CIRAD de Bassin-Plat à Saint-Pierre de La Réunion. Cette station comprend 12 hectares de parcelles expérimentales en fruits et légumes, ainsi qu’un ensemble de serres, de bureaux, de laboratoires et de bâtiments agricoles. La station est spécialisée en productions végétales, principalement horticoles : arboriculture fruitière, ananas, banane, maraîchage, vanille. La station a pour mission première d’être le support d’activités de recherche agronomique en horticulture. Elle emploie une vingtaine d’ouvrier.ère.s et technicien.ne.s agricoles et au moins autant de personnels scientifiques et administratifs, qui pourront, par la nature de leurs travaux respectifs (en particulier les accès aux parcelles et les applications de PPP) et du fait de la disposition des locaux, être considérés comme un groupe « agriculteurs » et un groupe « riverains ».
En s’appuyant sur cette structure et son personnel, cette expérimentation bénéficiera d’une totale maîtrise des informations concernant les temps d’exposition aux PPP et pratiques mises en place sur les parcelles agricoles. Sur ce site, les bureaux et le réfectoire donnent directement sur l’extérieur, configuration idéale pour comparer les travailleurs de bureau à des riverain.e.s. Les parcelles et serres cultivées sur la station sont régulièrement soumises à l’utilisation de PPP. Les traitements et leurs caractéristiques (date, parcelle, culture, bioagresseur, produit, matière active, dose, délai de rentrée dans la parcelle et nom de la personne intervenante) sont référencés. Les données du registre concernant les pratiques d’utilisation des PPP seront mises en relation avec les teneurs en PPP résiduels présents dans les sols des parcelles et serres de la station. Ces détections et dosages de molécules problématiques seront réalisés grâce à des analyses screening de type suspect, qui seront effectuées via la méthode LC-QTOF-MS, par le Laboratoire d’Analyses de Sol de Arras (LAS, Arras). La calibration de cette méthode permet de détecter la présence des PPP recensés, sur la base d’une étude préliminaire, comme problématiques (c’est-à-dire détectés dans les eaux de surfaces, les plus vendus et les plus utilisés) sur l’île. Les résultats de ces dosages seront mis en relation avec les informations sur les pratiques tenues dans les registres de la station.
L’exposition des agriculteur.rice.s et riverain.e.s aux PPP émanant des sols de la station (via les aérosols) sera évaluée grâce à l’utilisation de dispositifs passifs (type bracelet en silicone) capables d’adsorber les polluants organiques volatiles. Des panels « témoins », « riverains », et « agriculteurs » seront équipés, sur leurs journées de travail exclusivement, de ces dispositifs sur des temps d’exposition et des activités maîtrisés. Les bracelets en silicone seront envoyés pour analyses à un prestataire externe, l’Institut de Recherche et d’Expertise Scientifique (IRES-lab, Strasbourg, France). Les résultats de ces dosages seront mis en relation avec ceux des PPP présents dans les différentes parcelles de la station.
Selon un protocole similaire, l’exposition aux agents infectieux (bactéries pathogènes) et aux gènes d’antibiorésistance sera évaluée par l’analyse de l’ADN environnemental (ADNe) issus des sols des 24 parcelles et serres de la station d’une part, et des filtres présents dans les capteurs d’exposition aux particules aérosols inhalables (de type cassette fermée) portés par chacun des 40 membres des panels « agriculteurs », « riverains » et « témoins ». Les ADNe seront extraits des sols et des filtres par nos équipes dans le laboratoire 3P à Saint-Pierre de La Réunion, puis traités selon deux méthodologies de typages moléculaires complémentaires. Dans un premier temps, les ADNe seront envoyés pour séquençage de type métabarcoding sur le gène 16S rRNA (pour une analyse de la diversité microbienne des sols) et pour la quantification d’agent pathogènes et de gènes d’antibiorestistance, analyses qui seront réalisées en prestation externe.
Ces analyses permettront (1) d’établir des liens entre les pratiques agricoles, l’accumulation de PPP dans les sols, et de documenter (2) les risques directs (exposition aux PPP dans les sols et aérosols) et (3) indirects (exposition aux agents infectieux et bactéries multirésistantes) qu’ils représentent pour les agriculteur.rice.s et riverain.e.s.
MISSIONS DU CANDIDAT :
Le candidat retenu participera aux analyses et à la collecte des résultats autant qu’à leur diffusion. Il sera co-encadré par Caroline BRUNEL (chercheuse en écologie microbienne) et Charles MOTTES (chercheur agronome) sur la Station expérimentale de Bassin-Plat (CIRAD, Saint-Pierre de la Réunion). Plus précisément, il réalisera et/ou participera aux missions suivantes :
• Participer à l’élaboration du protocole et à la mise en place d’une expérimentation de mesure d’exposition aux PPP des communautés du sols d’une part et des agriculteurs et riverains d’autre part ;
• Collecter et conditionner des échantillons de sols agricoles ;
• Assurer la logistique de collecte des outils d’évaluation de l’exposome (bracelet en silicone, cassette fermée) ;
• Réaliser des extractions ADN et conditionner les sols pour les analyses chimiques ;
• Analyser les données collectées (analyse statistiques) ;
• Rédiger un rapport de stage ;
• Restituer oralement les conclusions de son travail aux parties prenantes et aux scientifiques.
Niveau d’études : Niveau M1-M2 (Ingénieur.e.s et stage de césure acceptés)
Profil du stagiaire (aptitudes, compétences souhaitées) :
– Spécialisation en agronomie, écologie ou sciences du sol ;
– Ponctualité et savoir-être, enclin à travailler en équipe, bonnes capacités relationnelles ;
– Motivé.e pour l’acquisition de données de terrain en contexte tropical (chaud et humide) ;
– Bonne connaissance des statistiques uni- et multi- variées et si possible du langage R.
– Esprit de synthèse ;
– La maîtrise du Créole Réunionnais serait un plus ;
– Permis de conduire serait un plus.
Contraintes du stage : Travail en milieu tropical chaud et humide. Plus de 4 heures d’écran journalières, Exposition aux produits chimiques.
Lieu : Saint-Pierre, Station CIRAD de Bassin-Plat, La Réunion
Renseignements sur le stage :
Contacts et coordonnées pour votre candidature :
Caroline BRUNEL – UPR HortSys – Mail : caroline.brunel@cirad.fr
Marie DARNAUDERY – UPR HortSys – Mail : marie.darnaudery@cirad.fr
Camille GENDRON – UPR HortSys – Mail : camille.gendron@cirad.fr
Charles MOTTES – UPR HortSys – Mail : charles.mottes@cirad.fr
Envoyer votre candidature (CV et lettre de motivation) avant le 1er Mars 2025. Les candidat(e)s pré-sélectionné(e)s seront auditionné(e)s lors d’un entretien qui pourra se tenir en visioconférence.
Gratification et avantages :
Pour tout stage supérieur à 2 mois (44 jours de présence), la gratification est de 4,35 € / heure de présence effective. Restaurant d’entreprise et (sur option) titres restaurant – Prise en charge de 50% des frais d’abonnement au transport en commun domicile-travail.
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