Contexte :
L’agroforesterie est une pratique agricole qui consiste à associer des arbres avec des cultures ou élevages, afin de bénéficier des bénéfices écosystémiques et socio-économiques qu’ils produisent [1]. Les arbres fruitiers, fréquemment utilisés comme élément vecteur d’agroforesterie (verger-maraîcher, pré-verger, etc.), ne sont que rarement associés eux-mêmes à d’autres arbres et arbustes dans les systèmes agricoles des régions tempérées – alors que c’est plus fréquemment le cas sous les tropiques [2]. Par exemple, l’agriculture syntropique [3] est une forme d’agroforesterie « successionnelle » appliquée notamment aux systèmes fruitiers, initialement développée au Brésil, et qui gagne actuellement en notoriété dans les pays de l’hémisphère nord. Elle rejoint partiellement les systèmes de « haie fruitière » proposés par Evelyne Leterme sur des bases d’observation du patrimoine fruitier européen traditionnel [4]. Les arbres et arbustes d’accompagnement introduits dans les vergers sont susceptibles de contribuer à
améliorer la fertilité physico-chimique et biologique des sols, et leur capacité de rétention de l’eau ; de limiter l’érosion, et la lixiviation des nutriments ; de tamponner les événements climatiques extrêmes ; de faciliter l’installation et la pérennisation de la micro- et macro-biodiversité ; d’augmenter le potentiel de stockage de carbone par l’agroécosystème [5-7]. L’obtention de ces services, et la limitation d’éventuels disservices, dépendent fortement des espèces de plantes accompagnantes, de leur densité et schéma d’implantation, et de leur gestion dynamique dans le temps et dans l’espace.
Le projet PARDESSYM (Produire des fruits en AgrofoResterie et Développer les Economies d’eau : vergers multi-Strates et SYntropiques Méditerranéens, 2024-2027) se fixe comme objectif d’étudier les intérêts et limites de l’agroforesterie appliquée à l’arboriculture fruitière. En plus d’accompagner l’implantation de vergers agroforestiers sur des fermes partenaires, et de contribuer à développer des méthodes de conception pour les projets d’agroforesterie fruitière, un des aspects centraux de PARDESSYM consiste à étudier les mécanismes à l’oeuvre au niveau des sols et des racines de ces agroécosystèmes.
Dans ce cadre, un sujet de thèse de doctorat est proposé, portant principalement sur trois volets :
‐ Obtention de données sur les systèmes racinaires d’un dispositif d’agroforesterie fruitière mature
Des expérimentations d’excavation et analyse de systèmes racinaires seront conduites sur les pommiers du dispositif GAFAM (Domaine de Restinclières), poussant sous des noyers hybrides depuis 2016. L’objectif est d’évaluer le niveau de concurrence et/ou complémentarité des systèmes racinaires des deux espèces complantées, ainsi que l’éventuelle symétrie des architectures aériennes et souterraines. Pour ce faire, des outils de cartographie racinaire seront déployés lors du creusement de fosses pédologiques. En complément, une analyse des communautés
microbiennes sera effectuée en partenariat avec l’UMR Agroécologie de Dijon. L’arrachage d’un nombre limité d’arbres permettra également de déterminer les traits morphologiques et architecturaux principaux des systèmes racinaires observés. Cette action inclut une phase de terrain (Hérault) lors du printemps 2025, suivie de traitement et analyse des échantillons au laboratoire (Hérault, Drôme) courant 2025 et 2026.
‐ Expérimentations en conditions contrôlées
Des expérimentations en mésocosme tenteront d’apporter des réponses à court terme à des questions structurantes pour le développement de l’agroforesterie fruitière : comment les systèmes racinaires des arbres fruitiers et de leurs plantes compagnes interagissent-ils entre eux et avec les
microorganismes du sol ? Plus précisément, quel est l’impact de la densification des plantes de service, et des opérations de taille pratiquées sur elles, sur le recrutement des communautés microbiennes du sol et sur les interactions plantes-sol et plante-plante ?
Ce volet du projet de thèse s’appuiera sur un dispositif en pot installé par le FiBL France sur une ferme partenaire en 2024, et dont l’étude se poursuivra en 2025. Les observations réalisées concerneront la physiologie des plantes, mais surtout les fonctions du sol et la microbiologie
associée (mycorhization, activités enzymatiques, extraction ADN et éventuellement ARN). Des expérimentations additionnelles en microcosme pourraient être envisagées.
Le FiBL France répond à un appel à projets visant à obtenir un accès privilégié à l’Ecotron de l’Université de Hasselt (Belgique) notamment. En cas de réponse positive, les expérimentations du projet PARDESSYM seraient étendues au dispositif QPear d’étude du poirier en macrocosme, selon des modalités qui restent à définir.
‐ Création et suivi/instrumentation de parcelles fruitières agroforestières on-farm
Des parcelles en agroforesterie fruitière seront implantées sur deux fermes partenaires dans le cours du projet, selon un principe de conception qui permettra une « comparaison de systèmes » plus ou moins complexes – sur le modèle par exemple de l’expérimentation SysCom d’agroforesterie successionnelle en Bolivie [8]. Des prélèvements et analyses seront effectuées sur les sols et racines de ces vergers, afin de réaliser un état des lieux initial, d’obtenir des premières données de suivi, et contribuer à affiner les méthodologies d’observation.
Partenariat / encadrement :
Le projet PARDESSYM est conduit par le FiBL France, en partenariat avec plusieurs autres structures de la recherche, développement, conseil et vulgarisation en agriculture et agroforesterie. Dans ce cadre, le présent projet de thèse est proposé en partenariat avec l’UMR Agroécologie de Dijon.
Le FiBL France a été créé en 2017 et fait partie du groupe FiBL, Institut de Recherche de l’Agriculture Biologique, basé en Suisse. Le FiBL France a pour objectif de travailler au service de l’agriculture biologique en France et en Europe, en réalisant des expérimentations de terrain avec et chez des agriculteur-ices. Les essais appliqués conduits par le FiBL France portent sur des thématiques variées : santé végétale et animale, agroforesterie, résilience des agroécosystèmes, qualité des composts, etc.
https://www.fibl.org/fr/sites/france-fr/a-propos-de-nous-france
Martin Trouillard et Mathilde Chomel (chercheur-ses FiBL France) seront en charge de l’encadrement principal de l’étudiant-e en doctorat.
Le projet de recherche de l’équipe « Santé des plantes : défense et mycorhize » fait partie du pôle « Interactions Plantes Micro-organismes » de l’UMR Agroécologie à Dijon. Il s’articule autour de 3 thèmes principaux : 1/ comprendre les interactions biotiques, 2/ biodiversité et interactions biotiques, et 3/ transitions vers des systèmes agricoles durables et multi-performants.
https://umr-agroecologie.dijon.hub.inrae.fr/poles-de-recherches/ipm/sante-des-plantes-defense-etmycorhize
Au sein de cette équipe, Daniel Wipf (PU Univ. Bourgogne) et Pierre-Emmanuel Courty (DR INRAE) contribueront à l’encadrement de l’étudiant-e en doctorat, concernant plus particulièrement l’étude de la mycorhization et de la taxonomie moléculaire de la racine.
Profil souhaité et compétences demandées :
-Titulaire de Master en écologie des sols, agroécologie, écophysiologie végétale ; ingénieur-e
agronome sous condition d’obtention d’une autorisation d’inscription émise par l’école
doctorale
– Capacité d’autonomie, d’adaptation et d’exploration de plusieurs thématiques connexes,
d’appropriation d’un éventail de techniques et méthodologies (analyses in situ et au
laboratoire ; observation racinaire, biologie moléculaire, analyses physico-chimiques,
identification et comptage de mésofaune…)
– Aptitude au travail en équipe, à la collaboration avec divers instituts, flexibilité géographique
-Compétences en termes de traitement et analyse de données, maîtrise des logiciels
appropriés
– Connaissance et si possible expérience directe des systèmes agricoles fruitiers
– Intérêt pour les systèmes agroforestiers, l’agriculture biologique
– Permis B exigé
Informations pratiques et modalités de candidature
– Poste basé à Eurre (26), avec déplacements (occasionnellement longs) à Montpellier (34) et
Dijon (21)
– Parcours pédagogique rattaché à l’Ecole doctorale « Environnement santé » de l’Université
de Bourgogne
– Rémunération selon réglementation en vigueur pour poste de doctorant-e, durée 36 mois
– Début du contrat Novembre 2024
– Financement de la thèse : 50% Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse, 50% restants en
cours d’acquisition
– Envoyer CV, lettre de motivations et éventuelles recommandations ou références à
martin.trouillard@fibl.org avant le 30/9
– Participation à un concours de recrutement à l’Université de Bourgogne début octobre (date
précisée lors du dépôt de candidature)
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