Niveau : Master 2 en Ecologie /Modélisation
Durée : 6 mois (adaptable au cursus)
Organisme d’accueil :
Cohabys : Cohabys est une cellule de transfert de l’ADERA, adossée à La Rochelle Université et hébergée par le laboratoire LIENSs, spécialisée dans les interactions entre les activités anthropiques en mer et la faune marine. Interface entre le monde de la recherche et le monde socio-économique, Cohabys est aujourd’hui une référence en matière d’expertise sur la faune marine dans le cadre des projets industriels. Fort de références dans les énergies marines, les suivis réglementaires, les explorations minières ou les prospections sismique, Cohabys propose une expertise complète dans l’étude des oiseaux et des mammifères marins. Nous développons également des projets de recherche pour améliorer les connaissances et la compréhension des effets des activités anthropiques sur la grande faune marine.
LIENSs : Le laboratoire LIENSs est une Unité Mixte de Recherche interdisciplinaire (UMRi 7266 La Rochelle Université – CNRS). LIENSs met l’interdisciplinarité au service des enjeux du développement durable en lien avec le littoral. Il intègre les compétences de nombreuses disciplines qui vont des sciences de l’environnement aux sciences humaines en passant par la chimie et les biotechnologies. Ses recherches se focalisent tout particulièrement sur le fonctionnement du système littoral, son évolution dans un contexte de changement global et d’urbanisation croissante des côtes, son usage et son exploitation durable. La personne recrutée intégrera le laboratoire LIENSs, Unité Mixte de Recherche du CNRS et La Rochelle Université, au sein de l’équipe AMARE (https://lienss.univ-larochelle.fr/Equipe-AMARE).
Encadrement : Le stage sera encadré par Emeline Pettex (Cohabys) et Charlotte Lambert (CNRS/LIENSs).
Lieu d’accueil : La Rochelle (17)
Le contexte :
Avec l’essor des énergies renouvelables en France et la planification de 50 GW produits par les parcs éoliens en mer d’ici 2050, il est crucial d’évaluer les impacts potentiels sur la faune marine. Les oiseaux et mammifères marins sont potentiellement vulnérables aux pressions de l’éolien en mer (collisions, perte ou modification des habitats, bruit sous-marin, enchevêtrement etc.) mais les impacts réels sur ces populations sont difficiles à évaluer. Pour accompagner la planification du développement de l’éolien en mer en Europe, il est nécessaire néanmoins d’identifier des zones de moindre risque d’interaction avec la faune marine. En 2024, la Direction Générale de l’Energie et du Climat (DGEC, Ministère de la Transition Ecologique et du Climat) a commandé à Cohabys une étude pour cartographier la sensibilité des oiseaux et des mammifères marins à l’éolien dans les eaux métropolitaines françaises. Un premier travail de modélisation a été produit, l’objectif du stage est d’améliorer les modèles et les cartographies produites.
Description :
Dans le cadre du travail réalisé pour la DGEC, des modélisations de distribution d’espèce (Species Distribution Models, SDM) ont été réalisées par la méthode des GAMs (Modèle Additif Généralisé) afin de décrire des distributions spatiales saisonnières pour les espèces d’oiseaux et de mammifères marins présentes dans les eaux françaises. Ces analyses sont réalisées sur un grand jeu de données, rassemblant pour la première fois toutes les données d’observation visuelles en mer collectées depuis un bateau ou un avion entre 2010 et 2023, et selon un protocole standardisé. Ces données proviennent campagnes de recensements de la mégafaune marine à large échelle, de suivis réglementaires pour des parcs éoliens ou de programmes d’acquisition de connaissance à l’échelle d’une ou plusieurs aires marines protégées. La modélisation distribution d’espèce consiste à associer les données d’observation visuelles à des covariables environnementales physico-chimiques et/ou biologiques afin de construire une relation mathématique entre la présence des espèces et les caractéristiques des habitats sélectionnés, afin de prédire leur distribution sur une aire donnée.
Les données ont été préparées et analysées une première fois pour produire des cartes de probabilité de présence. Celles-ci ont ensuite été traitées pour obtenir à des cartes de sensibilité aux effets de l’éolien, en appliquant des indices de sensibilité associés aux espèces.
L’objectif du stage est de réaliser de nouvelles modélisations d’habitats à partir du jeu de données et d’affiner les hypothèses de travail pour parvenir à produire des cartes de prédictions de densité. Dans un second temps, il s’agira d’affiner le calcul des indices de sensibilité des espèces pour la France afin d’obtenir des cartes saisonnières de sensibilité aux effets de l’éolien en mer.
Le/la stagiaire aura pour mission :
– De préciser les protocoles appliqués pour les différents jeux de données afin d’appliquer les bons paramètres aux modèles pour les analyses de densité
– Tester la sensibilité des modèles et des prédictions à l’hétérogénéité spatiale des données et à certaines covariables environnementales.
– Mettre à jour les indices de sensibilité des espèces en France, à partir de la littérature existante
– Réaliser des cartes de sensibilité à l’éolien en mer pour les oiseaux et les mammifères marins.
La valorisation de ce travail sous forme d’un article scientifique est fortement encouragée (et sera accompagnée).
Modalités :
Le stage se déroulera sur une période de 6 mois courant 2025. Merci de préciser vos dates de stages souhaitées dans votre candidature.
Le stage se déroulera à La Rochelle Université. Cohabys est hébergé au sein du laboratoire LIENSs (Littoral Environnement et Sociétés), une UMR La Rochelle Université-CNRS.
Le stage sera rémunéré selon les conditions en vigueur au 1e janvier 2025.
L’encadrement sera principalement assuré par Emeline Pettex, chercheuse de Cohabys et Charlotte Lambert, chercheuse de l’équipe AMARE.
Profil :
– Formation : Etudiant en Master 2 / élève ingénieur (ou équivalent) en sciences de l’environnement, écologie, modélisation.
– Des connaissances en modélisation des systèmes écologiques sont requises, notamment des techniques de SDM
– Une bonne connaissance du codage sous le logiciel R est requise
– Une connaissance des principes de science reproductible est nécessaire
– Une connaissance du fonctionnement des écosystèmes marins est préférable
– Une connaissance des facteurs déterminant la distribution des espèces pélagiques serait préférable
Le/la stagiaire devra faire preuve de bonnes capacités rédactionnelles (des productions préalables pourront être demandées) et d’esprit de synthèse pour mener ce travail à bien. Rigueur, autonomie et respect des deadlines seront nécessaires.
Il s’agit avant tout d’un travail d’analyse de données, pas de terrain prévu dans ce stage.
Bon relationnel et bon niveau d’anglais nécessaires.
Pour candidater :
CV et lettre de motivation sont à envoyer avant le 15 novembre à Emeline Pettex (emeline.pettex@univ-lr.fr) et Charlotte Lambert (charlotte.lambert@univ-lr.fr)
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