Contexte:
Depuis 2020, une recrudescence des infections d’oiseaux sauvage par des virus influenza aviaire hautement pathogène a été observée, ainsi qu’une multiplication de cas chez diverses espèces de mammifères, aquatiques et terrestres, exacerbant les préoccupations concernant la transmission interespèces et les effets sur la biodiversité. En France, les virus responsables de l’IAHP persistent désormais tout au long de l’année, se propageant dans une gamme diversifiée d’hôtes réservoirs, ce qui complique les efforts de prévention dans les élevages de volailles et nécessite une révision des stratégies de gestion sanitaire, telles que la vaccination et la régulation des échanges commerciaux.
Dans ce contexte, l’équipe de Veille Sanitaire Internationale (VSI) de l’UMR ASTRE, l’Office Français de la Biodiversité (OFB) et la Tour du Valat collaborent pour mettre au point un outil dynamique d’aide à la surveillance et à la gestion épidémiologiques de l’IAHP chez la faune sauvage en France. Leurs recherches visent à mieux comprendre les dynamiques épidémiologiques du virus, notamment en explorant les zones à risque et en suivant les variations d’incidence en temps quasi-réel, pour soutenir les décisions relatives à la surveillance et à la gestion de la maladie.
Objectifs:
Ce stage s’inscrit dans les travaux d’une thèse de doctorat axée sur l’analyse de la dynamique spatio-temporelle des communautés d’hôtes de l’IAHP en France, notamment les groupes sensibles comme les Laridés, les Sulidés, et divers mammifères. Il s’appuie sur des données d’observations citoyennes et des bases de données de suivis scientifiques pour explorer les variations écologiques, saisonnières, et comportementales de ces communautés, afin de renforcer les dispositifs de surveillance et d’atténuer les risques liés à la maladie. L’objectif principal du stage sera de contribuer à recenser les données disponibles et à la compréhension des biais dans les données naturalistes citoyennes et suivis scientifiques et de les évaluer pour l’utilisation dans la surveillance sanitaire de la faune sauvage.
Le programme suivant sera proposé au stagiaire :
Mois 1 – 2 : Etude bibliographique et échange avec différents partenaires afin de recenser et décrire les données naturalistes citoyennes et scientifiques disponibles, et d’en comprendre leur biais et leur utilisabilité pour le projet.
Mois 2 – 3 : Exploration comparative des bases de données, développement d’une grille d’évaluation et évaluation conséquente de ces bases de données dans le contexte d’une utilisation à des fins de surveillance épidémiologique au sein des populations sauvages en France.
Mois 4 – 5 : Exploration de méthodes d’évaluation de non-absence ou d’estimation d’abondance en utilisant les bases de données identifiées comme pertinentes.
Mois 6 : Rédaction du rapport de stage et préparation de la soutenance.
•Le/la stagiaire sera amené(e) à utiliser des outils d’analyse descriptive et de visualisation de données ainsi qu’un langage de programmation (R et RStudio). Une bonne connaissance de ces outils et des logiciels d’analyse SIG (type QGIS) sera appréciée. Nous encourageons les candidat(e)s à joindre à leur candidature des exemples de productions de programmation ou d’analyses statistiques auxquelles ils/elles ont contribué.
• Le/la stagiaire pourra être mis(e) en contact avec des membres de la communauté scientifique et des gestionnaires de l’environnement pour enrichir sa réflexion.
• Les travaux menés au sein de l’UMR s’efforcent d’adopter une approche Open Science, et nous proposons au/à la stagiaire de l’initier aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) pour l’utilisation de ses données.
• Les productions du/de la stagiaire pourront être valorisées lors de rencontres scientifiques par des présentations orales ou des supports visuels.
• Une appétence pour l’écologie de la santé sera fortement appréciée.
Nous recherchons idéalement un(e) étudiant(e) en deuxième année de Master d’écologie, de biostatistique, de bio-informatique ou d’éco-épidémiologie,
Encadrement:
Le/la stagiaire sera accueilli/e au sein de l’UMR ASTRE au sein du campus du CIRAD situé au Baillarguet (Chemin du Baillarguet, 34980 Montferrier-sur-Lez), avec de possibles déplacements à la Tour du Valat ou à l’OFB Orléans, ainsi qu’éventuellement à la rencontre de partenaires gestionnaires de bases de données identifiées.
Il/Elle sera sous la supervision de Gauthier Vercher (Doctorant, INRAE), avec un co-encadrement par Carlène Trevennec( VSI-INRAE), Loïc Palumbo (OFB) ; Marion Vittecoq (Tour du Valat) et David Pleydell (INRAE).
Le stage proposé se déroulera sur une période de 6 mois à partir de janvier-février 2025, avec des dates de début et de fin flexibles.
Candidatures et demandes de renseignements à adresser à Gauthier Vercher à l’adresse gauthier.vercher@cirad.fr
La date limite de candidature est fixée au 08/11/2024.
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