OFFRE DE STAGE DE MASTER 1
Titre : Étude de l’effet de l’environnement sur des réseaux de co-occurrences de diatomées de rivières.
Mots clés : diatomées, co-occurrence, pressions anthropiques, traits fonctionnels, analyse de données.
Stage au LIEC (Metz) de 8 semaines ou plus
Contexte général
La composition des communautés biologiques dépend des conditions environnementales et est sensible aux pressions anthropiques sur les écosystèmes [1]. Les outils diagnostiques (bioindicateurs) de la qualité écologique des cours d’eau intègrent des informations sur la composition des communautés [2], mais les informations sur les co-occurrences des taxons (c.a.d. le fait que des taxons se retrouvent conjointement aux mêmes sites) sont plus rarement prises en compte, bien que les patrons de co-occurrences soient sensibles aux changements environnementaux [3]. Étudier les patrons de co-occurrences de diatomées benthiques de cours d’eau est donc une approche prometteuse pour compléter les approches de bioévaluation des systèmes aquatiques déjà existantes. Il est pertinent d’étudier ces patrons de co-occurrences aussi bien par une approche taxonomique que fonctionnelle [4]. Cependant, la constitution de bases de traits fonctionnels nécessite un travail de recherche bibliographique poussé.
Dans le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), des données biotiques et abiotiques sont régulièrement collectées pour suivre la qualité environnementale des cours d’eau français et sont en accès libre. Nous avons aussi à disposition une base de données des 14 traits fonctionnels et d’histoire de vie des diatomées (colonialité, forme, catégorie de taille, etc.). Ces différents jeux de données offrent une opportunité unique d’étudier comment les réseaux de co-occurrences de diatomées benthiques évoluent le long de gradients abiotiques et de déterminer s’ils peuvent être utilisés pour prédire la qualité écologique des rivières.
Stage proposé
L’objectif du stage est d’utiliser cet ensemble de données pour analyser les réseaux de co-occurrences taxonomiques et fonctionnelles de diatomées benthiques dans les rivières de France métropolitaine. En particulier, le/la stagiaire étudiera comment ces réseaux de grandes dimensions changent le long des gradients abiotiques. Un travail bibliographique préalable sera nécessaire pour compléter la base de traits fonctionnels. Les tâches suivantes sont à prévoir :
– Mettre à jour la base de traits déjà existante (recherche bibliographique).
– À partir d’une base de code déjà existante, générer des réseaux de co-occurrences taxonomiques et fonctionnelles.
– Analyser comment les caractéristiques de ces réseaux changent avec l’environnement.
Profil recherché
Nous recherchons un(e) étudiant(e) de master 1 de biostatistique, de master 1 d’écologie avec une composante de modélisation/science des données ou de master 1 de bio-informatique. Le(a) candidat(e) devra être motivé par la perspective d’un projet de recherche en écologie des rivières et en bioindication. Le(a) candidat(e) devra être à l’aise avec le logiciel R et avoir des bases en traitement et analyse de données. Une capacité au travail en autonomie et une aptitude au travail collaboratif sont essentielles.
Informations pratiques
– Durée du stage : deux à quatre mois entre avril et juillet 2025. Le stage peut être prolongé au-delà des 8 semaines et donc faire l’objet d’une gratification (gratification assurée par le projet ANR SmartBiodiv).
– Lieu : au Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC, UMR7360 CNRS-UL), à Metz.
– Encadrement : Philippe Le Noac’h (postdoctorant UL; analyse de données, écologie des communautés) et Martin Laviale (maître de conférences UL; écologie des diatomées, bioindication), en collaboration avec Philippe Usseglio-Polatera (professeur UL; bioindication, statistiques).
Modalités de candidature
Les étudiant(e)s intéressé(e)s peuvent dès à présent contacter Philippe Le Noac’h pour plus d’informations sur le sujet et envoyer leur candidature (lettre de motivation + CV) sous la forme d’un document unique au format pdf.
Contact : philippe.le-noac-h@univ-lorraine.fr
Références
[1] Soininen, J., Jamoneau, A., Rosebery, J. & Passy, S. I. Global patterns and drivers of species and trait composition in diatoms. Global Ecology and Biogeography 25, 940–950 (2016).
[2] Larras, F. et al. Assessing anthropogenic pressures on streams: A random forest approach based on benthic diatom communities. Science of The Total Environment 586, 1101–1112 (2017).
[3] Karimi, B. et al. Microbial diversity and ecological networks as indicators of environmental quality. Environ Chem Lett 15, 265–281 (2017).
[4] Martini, S. et al. Functional trait-based approaches as a common framework for aquatic ecologists. Limnology and Oceanography 66, 965–994 (2021).
Commentaires récents