English version below
Projet : HARMI Starter ‘RELAXEAU’
Laboratoire : UMR Agroécologie, Dijon
Equipe : “Fonction et évolution de l’holobionte végétal ”
Encadrant : Samuel Jacquiod
Contact : samuel.jacquiod@ube.fr / samuel.jacquiod@inrae.fr
Durée : 6 mois
Début : Janvier 2026
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Dans le cadre d’un projet HARMI Starter ‘RELAXEAU’, une offre de stage de master 2 a été déposé afin d’aller étudier les mécanismes par lesquels un microbiote rhizosphérique adapté à la sécheresse améliore la croissance des plantes en condition de déficit hydrique. Ce stage aura lieu à l’UMR Agroécologie dans l’équipe « Fonction et évolution de l’holobionte végétal » avec Samuel Jacquiod pour encadrant principal (https://scholar.google.com/citations?user=prS1tsQAAAAJ&hl=en).
Le stage de 6 mois est financé par HARMI et comprendra une expérience en serre sur la moutarde brune (Brassica juncea) en condition de déficit hydrique, avec inoculation d’un microbiote conditionné à la sécheresse et produisant du biofilm. Le but sera d’établir un lien entre l’amélioration de la croissance des plantes et des propriétés microbiennes pouvant agir sur la physicochimie du sol ou sur la plante directement. Pour cela, des approches de microscope électronique à balayage sur agrégat de sol (plateforme DIMACELL) complémenté par de la colorimétrie in vitro seront réalisées afin d’observer et quantifier le biofilm. Des approches en métabolomique et en relaxométrie par résonnance magnétique nucléaire (RMN) seront envisagées en collaboration avec un autre stagiaire à la plateforme DIVA (UMR PAM) afin d’étudier l’impact du microbiote sur les métabolites et la mobilité de l’eau dans les agrégats de sol rhizosphérique. Le candidat sera amené à traiter et analyser ses données sous le logiciel RStudio.
Le candidat doit montrer :
• Un intérêt fort pour l’expérimentation (suivit fréquent des arrosages des plantes)
• Un gout pour les approches pluridisciplinaires (microbiologie, écologie/évolution, biologie végétale, biochimie, physique)
• Des compétences et/ou un intérêt fort pour l’acquisition et le traitement statistique de données.
Vous trouverez en pièce jointe l’article scientifique qui décrit la démarche par laquelle nous avons obtenu ce microbiote améliorant la résistance à la sécheresse de la moutarde par évolution expérimentale. Cet article a été rédigé par mon ancien étudiant de master 2, Victor Angot (maintenant en thèse à l’UMR Agroécologie) qui vient d’être accepté pour publication dans le journal New Phytologist.
Si vous êtes intéressé.e, merci de faire parvenir vos candidatures par email en joignant une lettre de motivation, un CV, et vos résultats académiques (licence et master). L’encadrant reste à votre à disposition pour répondre à vos éventuelles questions.
Internship Offer – Master’s Level (M2) – January 2026
Project: HARMI Starter ‘RELAXEAU’
Host laboratory: UMR Agroecology, Dijon
Team: “Function and Evolution of the Plant Holobiont”
Supervisor: Samuel Jacquiod
Contact: samuel.jacquiod@ube.fr / samuel.jacquiod@inrae.fr
Duration: 6 months
Start date: January 2026
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Samuel Jacquiod is searching for a 6-month Master’s level internship (M2) starting in January 2026, as part of the Starter project ‘RELAXEAU’ of the HARMI initiative (Harnessing Microbiomes for Sustainable Development). The objective is to investigate the mechanisms by which the rhizosphere microbiota improves plant drought resistance. The internship will take place at the UMR Agroecology in the “Function and Evolution of the Plant Holobiont” team, and Samuel Jacquiod will be the main supervisor (https://scholar.google.com/citations?user=prS1tsQAAAAJ&hl=en).
The project involves a greenhouse experiment using brown mustard (Brassica juncea) under water deficit conditions, with inoculation of a drought-adapted, biofilm-producing microbiota. The goal is to establish a link between improved plant growth and microbial traits that may affect soil physiochemistry or act directly on the plant.
To achieve this, scanning electron microscopy on soil aggregates (in collaboration with the DIMACELL platform), complemented by in vitro colorimetry, will be used to observe and quantify biofilm formation. Metabolomics and nuclear magnetic resonance (NMR) relaxometry approaches will also be considered, in collaboration with another intern at the DIVA platform (UMR PAM), to assess the microbiota’s impact on metabolites and water mobility in rhizosphere soil aggregates. The candidate will analyze its data using RStudio.
The ideal candidate should have:
• A strong interest in experimental work (frequent monitoring of plant watering)
• A multidisciplinary approach (microbiology, ecology/evolution, plant biology, biochemistry, physics)
• Skills or interest in data acquisition and statistical analysis
Attached, you will find a scientific article written by my former M2 student Victor Angot (currently pursuing a PhD at UMR Agroecology), recently accepted for publication in New Phytologist. The paper outlines the experimental evolution approach we used to obtain the mustard rhizosphere microbiota adapted to drought.
If you are interested, please send your application by email including a cover letter, CV, and academic transcripts (Bachelor’s and Master’s).
Feel free to reach out if you have any questions.
Best regards,
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