Contexte
Dans un contexte de transition agroécologique, il devient urgent de développer de nouvelles stratégies permettant de limiter les maladies des cultures tout en préservant l’environnement. Le microbiome est aujourd’hui considéré comme un levier prometteur pour limiter l’impact des bioagresseurs sur les cultures (Jacquet et al.2022). Les microbiomes associés aux plantes jouent un rôle essentiel dans la productivité et la durabilité des agroécosystèmes. Ils se retrouvent dans le sol dit de « réserve » et dans le sol en contact direct avec les racines : la rhizosphère. Les plantes recrutent un microbiome racinaire dès les premiers stades de leur développement, à partir du microbiome de réserve (Chaparro et al., 2014 ; Edwards et al., 2015). Les exsudats et autres rhizodépôts de la plante influencent le recrutement des microorganismes présents dans le sol de « réserve ».
Ces microbiomes varient spatialement et temporellement au sein des environnements (Chen et al 2022 ; Dibner et al 2021 ; Karimi et al. 2020).
La variation spatiale du microbiome du sol est travaillé à des échelles spatiales larges (Karimi et al. 2019). En parcelles agricoles, les études s’intéressant au microbiome du sol montre une variabilité importante des microbiomes entre les parcelles, variabilité attribuée aux caractéristiques pédoclimatiques, et également, aux pratiques culturales (Constancias et al., 2015 ; Hartman et al., 2018). Afin de différencier la part associée aux caractéristiques pédoclimatiques et aux systèmes de culture (rotation + itinéraire technique), il est proposé dans le cadre de ce stage d’explorer la variabilité pédologique intra parcellaire pour dissocier le poids des facteurs.
Il est maintenant bien connu que le microbiome du sol peut contribuer à limiter la production de l’inoculum primaire de l’agent pathogène situé dans le sol par des mécanismes de compétition et/ou de production de différents types de composés (Berendsen et al., 2012). De la même manière que pour le microbiome du sol, dans ce stage, il s’agira d’évaluer et d’expliciter la variabilité intra parcellaire de l’inoculum initial de F. graminearum à l’image de la cartographie réalisée dans les épis (Oerke et al. 2010, Xu et al. 2008) ou sur d’autres pathosystème (Houchen et al., 2025).
Missions
Le/la stagiaire participera à toutes les étapes du projet, de la campagne de terrain à l’analyse des données :
• Échantillonnage de sols et racines sur un réseau de parcelles de blé de la plaine de la Limagne, caractérisées par leurs pratiques culturales et leur contexte pédologique.
• Extraction et caractérisation du microbiome (ADN, séquençage, analyses bioinformatiques/statistiques).
• Quantification du pathogène F. graminearum par qPCR et analyses spatiales.
• Analyse intégrée des données : variabilité intra-parcellaire, influence des pratiques et des sols.
• Participation à la valorisation scientifique (figures, rédaction, restitution en équipe).
Profil du candidat
Étudiant(e) de M2 ou dernière année d’école d’ingénieur en agronomie, microbiologie, écologie microbienne ou discipline proche.
Intérêt pour l’agroécologie, la microbiologie des sols et le travail de terrain.
Rigueur, curiosité scientifique et envie de s’impliquer dans un projet de recherche appliqué à l’agriculture durable.
Condition de travail
• Encadrement : Marliac Gaëlle (Vetagro Sup/ UMR GDEC) et Benjamin Nowak (Vetagro Sup/ UMR Territoire)
• Lieu du stage : Lempdes
• Durée : 5 à 6 mois (mars–septembre 2026, dates flexibles)
• Gratification : selon réglementation en vigueur
Contact
Lettre de motivation et CV à envoyer à Gaëlle Marliac : gaelle.marliac@vetagro-sup.fr
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