Vous êtes formé à la génétique quantitative et à la sélection animale – Vous aimez les travaux de programmation et de simulation – Vous souhaitez prendre part à un projet ambitieux de soutien à la génétique avicole française. Ce poste est peut-être pour vous !
Qui sommes-nous ?
Le SYSAAF est un syndicat professionnel spécialisé dans le soutien technique pour la sélection génétique et les biotechnologies appliquées aux secteurs de l’aviculture, de l’aquaculture et de l’entomoculture (https://www.sysaaf.fr/). Avec une équipe de 23 collaborateurs, dont 16 généticiens, le SYSAAF accompagne une quarantaine d’organismes, majoritairement implantés en France, dans le suivi génétique et/ou la sélection une trentaine d’espèces. Nos équipes sont principalement basées sur les sites INRAE de Rennes et de Nouzilly, où nous collaborons avec des partenaires issus de la recherche publique et du secteur industriel.
Contexte et objectifs du projet
Dans le cas des espèces avicoles, la sélection s’effectue au sein de lignées pures, qui constituent chacune des populations indépendantes. La totalité des animaux d’une lignée sont détenus par le sélectionneur l’ayant développée. En cas d’épizootie (influenza aviaire par exemple) conduisant à éliminer tout ou partie du noyau de sélection d’une lignée, différentes mesures de sauvegardes peuvent être prises pour anticiper ou limiter les conséquences de la perte d’un cheptel (envoi d’apparentés ou d’œufs dans des sites distants, recours aux lots de grand-parentaux, congélation de semence, etc.). Actuellement, la bibliographie ne fait état d’aucune référence sur laquelle s’appuyer pour optimiser ces mesures de sauvegarde en termes de niveau génétique et de diversité. Un objectif du projet ResiGen – Résilience des filières génétiques avicoles et porcines françaises et souveraineté de l’approvisionnement génétique – projet financé par l’Etat dans le cadre de France 2030, est de développer pour chaque sélectionneur partenaire et pour chaque espèce des simulateurs stochastiques des schémas de sélection et des solutions de sauvegarde préexistantes et envisageables. Ces outils serviront dans le projet pour optimiser individuellement les solutions de sauvegarde de la génétique de chaque sélectionneur partenaire. Les travaux seront réalisés au SYSAAF, en collaboration avec INRAE-GABI qui traitera le cas de la conservation et sélection de races locales, et avec l’IFIP qui mènera les études équivalentes chez le porc.
Missions
La première étape consistera à choisir le logiciel de simulation des schémas de sélection, en concertation avec les généticiens des équipes SYSAAF, IFIP et INRAE-GABI. La seconde phase sera de développer pour chaque sélectionneur un simulateur de schéma de sélection par espèce. Les résultats des simulations seront confrontés aux données réelles acquises dans les schémas de sélection modélisés (évolution du niveau génétique, évolution de la consanguinité). Ces simulateurs de schémas seront ensuite à compléter pour simuler la solution de sauvegarde actuellement en vigueur chez chacun des sélectionneurs. Enfin la dernière étape des simulations consistera à optimiser pour chaque schéma de sélection la sauvegarde de la génétique, soit en améliorant la solution de sauvegarde actuelle, soit en proposant de nouvelles solutions. Ces travaux seront réalisés en concertation étroite avec les sélectionneurs, et avec l’appui des généticiens du SYSAAF, d’INRAE-GABI et de l’IFIP. Une veille sera à assurer quand aux évolutions du logiciel de simulation retenu, et aux stratégies de sauvegarde de la génétique. Les résultats seront communiqués en interne au sein du projet, ainsi qu’aux professionnels et à la communauté scientifique lors de journées techniques et de congrès. La personne recrutée participera également aux travaux de sélection réalisés au sein de l’équipe de génétique avicole du SYSAAF (évaluations génétiques, choix optimisés d’animaux, plans d’accouplements) pour 10 à 20 % de son temps.
Profil recherché
– A minima bac +5 avec une expérience en génétique quantitative
– Compétences en statistiques et en programmation (de préférence R)
– Capacités rédactionnelles, aisance à l’oral, esprit de synthèse
– Goût pour les interactions avec les professionnels et le transfert, pour le travail en équipe, autonomie
– Maîtrise de l’anglais
– Une expérience avec un logiciel d’indexation (blupf90, VCE, …), en environnement linux, et/ou des connaissances en aviculture seront appréciées
Localisation
SYSAAF, Centre INRAE Val de Loire, 37380 Nouzilly
Avantages
– Accès au service de restauration du Centre INRAE avec une part prise en charge par l’employeur
– Possibilité de transport via une navette privée entre Tours et le site INRAE de Nouzilly, prise en charge par l’employeur
– Possibilité de 2 jours de télétravail/semaine à partir de 6 mois d’ancienneté
– RTT + 6 semaines de congés payés
-Evolution envisageable en CDI en fonction du développement des activités du SYSAAF
Contact
Sophie Brard-Fudulea : 02 47 42 76 38, sophie.brard-fudulea@inrae.fr
Candidatures
– Joindre impérativement une lettre de motivation à votre CV
– Par mail : sophie.brard-fudulea@inrae.fr, copie à sysaaf@inrae.fr
– Ou courrier postal : SYSAAF, Centre INRAE – Val de Loire, Unité de Recherches Avicoles, 37380 Nouzilly
– Date limite de candidature : 14 février 2025
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