Les populations d’arbres forestiers ont la capacité à s’adapter génétiquement à leur milieu par des processus d’adaptation dite « microgéographique », qui se met en place sur des distances géographiques très courtes et en présence de flux de gènes importants. Malgré le brassage génétique causé par le flux de gènes, il est possible de mettre en évidence des phénomènes de divergence génétique, à la fois à l’échelle des caractères adaptatifs et des fréquences alléliques.
Notre équipe est spécialisée dans la recherche de signatures de sélection divergence sous la pression de l’environnement chez les peuplements forestiers sauvages, et nous avons déjà identifié des processus adaptatifs microgéographiques chez plusieurs espèces tempérées et tropicales.
Pour ce stage, nous proposons d’analyser un jeu de données de génotypage à très haut débit (génome complet) déjà disponible, obtenu pour des peuplements de hêtre commun (Fagus sylvatica) situés dans des zones contrastées pour la teneur en eau du sol en Lorraine. Les données sont disponibles pour sept contrastes de populations, par ailleurs appartenante au même groupe de populations. L’objectif du stade est d’identifier et caractériser les régions génomiques différenciées entre ces populations situées dans les deux milieux, afin d’identifier les bases génomiques de l’adaptation. Ce projet sera mené en collaboration avec l’INRAE Grand Est (Nancy).
Bibliographie de l’équipe encadrante sur le sujet de stage
Brousseau L, Fine PVA, Dreyer E, Vendramin GG, Scotti I (2021). Genomic and phenotypic divergence unveil microgeographic adaptation in the Amazonian hyperdominant tree Eperua falcata Aubl. (Fabaceae). Molecular Ecology 30: 1136–1154.
Modica A, Lalagüe H, Muratorio S, Scotti I (2024). Rolling down that mountain: microgeographical adaptive divergence during a fast population expansion along a steep environmental gradient in European beech. Heredity 133: 99–112.
Sekely J, Marchelli P, Arana V, Dauphin B, Mattera MG, Pastorino M, Scotti I et al. (2024). Genomic responses to climate: Understanding local adaptation in the Andean tree species Nothofagus pumilio and implications for a changing world. Plants People Planet ppp3.10504.
Scotti I, Lalagüe H, Oddou‐Muratorio S, Scotti‐Saintagne C, Ruiz Daniels R, Grivet D, et al. (2023). Common microgeographical selection patterns revealed in four European conifers. Molecular Ecology 32: 393–411.
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