Description du projet
Du fait de son impact sur l’industrie porcine française et européenne, la peste porcine africaine
(PPA) est identifiée comme un sujet de santé publique majeur. Il s’agit d’une maladie due à un
virus qui touche exclusivement les porcs domestiques et les sangliers, et qui en condition
d’élevage présente un taux de mortalité qui est proche de 100%. Le virus est présent au sein de
l’Union Européenne et s’y est répandu depuis 2014. Les populations européennes de sangliers
représentent l’un des principaux réservoirs du virus et surtout l’une de ses principales voies
d’introduction dans les troupeaux de l’industrie porcine européenne. Pour ces raisons le
Ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté Alimentaire a mis en place un plan de prévention
national de la peste porcine africaine.
Actuellement, aucun vaccin n’existe contre cette maladie, mais un certain nombre de candidats
vaccins sont actuellement à l’étude en Europe et dans le monde. Certains d’entre eux pourraient
être administrés aux sangliers tels que ceux développés par l’ANSES1 en France ou VIVASET2 en
Espagne. Il y a cependant très peu d’informations sur la capacité de ces candidats vaccins à
apporter une protection suffisante aux sangliers pour contrôler la diffusion du virus, ce qui
permettrait le limiter le risque de diffusion à l’industrie porcine.
Dans ce contexte, en collaboration avec le CNRS et l’Office Français de Biodiversité (OFB), un
modèle de simulation associant les caractéristiques de la maladie et celle des populations
d’animaux a été développé afin de comprendre comment la dynamique démographique des
populations de sangliers influence la dynamique de transmission de peste porcine et impacte les
risques de diffusion et de persistance dans une population de sanglier donnée3. Ce modèle a été
paramétré avec les données portant sur l’âge, la taille et le sexe des spécimens étudiés.
Dans le cadre de ce projet, VetAgro Sup recrute un assistant ingénieur (AI) ou ingénieur d’étude
(IE) afin de faire évoluer ce modèle de simulation individuel pour évaluer l’impact de différentes
stratégies d’intervention utilisant la vaccination pour contrôler la PPA dans une population
naturelle. L’efficacité du vaccin sera modulée afin d’identifier la combinaison de caractéristiques
vaccinales susceptible d’optimiser les interventions proactives et réactives. Nous nous
concentrerons ici sur cinq (5) caractéristiques vaccinales : le degré de protection induite, le délai
d’induction de la protection, la réduction de la transmissibilité, la durée de la protection soutenue
et la stabilité biologique.
Objectifs
• Modéliser l’impact de stratégies de vaccination proactives et réactives ciblant la
population de sangliers en les combinant avec d’autres intervention de contrôle.
• Définir la combinaison optimale des caractéristiques du vaccin contre la peste porcine
africaine pour en contrôler la propagation dans une population de sanglier donnée
Compétences demandées
Master en épidémiologie / écologie / mathématiques / statistiques ou diplôme
équivalent (ex. ingénieur).
Des connaissances en modélisation des maladies et/ou en écologie de la faune
sauvage seraient appréciées, mais ne sont pas obligatoires.
De bonnes capacités quantitatives et des connaissances en programmation
dans R sont requises.
Capacité à écrire en anglais à un niveau élevé.
Contexte structurel
Le ou la candidat.e retenu.e sera accueilli.e par le Laboratoire de biométrie et
de biologie évolutive (LBBE ; https://lbbe.univ-lyon1.fr/) sous la tutelle du CNRS,
de l’UCBL et de VetAgro Sup. Articulé autour de trois axes que sont la biométrie
(comprise comme l’ensemble des outils informatiques, statistiques et
mathématiques de formalisation des problèmes biologiques), la biologie
évolutive et la santé, ce laboratoire offre un environnement idéal pour le
développement de projets interdisciplinaires à l’interface
méthodologie/biologie en éco-infectiologie.
Le ou la candidat.e travaillera au sein du département d’écologie évolutive, l’un
des quatre départements de l’unité. À ce titre, il pourra s’appuyer sur l’expertise
en épidémiologie, bio-démographie, écologie et modélisation mathématique
disponible au sein de l’unité ainsi que dans les institutions partenaires en
France et à l’international.
Pour postuler, veuillez envoyer votre CV, vos diplômes et une lettre de motivation répondant
aux exigences ci-dessus par e-mail à : thibaud.porphyre@vetagro-sup.fr
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