– Contexte
La baie de raisin à maturité constitue la première source de microorganismes fermentaires impliqués dans la transformation du moût de raisin en vin ; elle est également le siège du développement de pathogènes responsables de la diminution du rendement et de la qualité de la récolte. La qualité du vin est ainsi intimement liée au statut microbiologique de la baie de raisin. En tant qu’organe éphémère, les sources de colonisation de la baie à maturité sont peu décrites et probablement multiples ; leur connaissance constitut un enjeu majeur pour la maîtrise des fermentations et la qualité des vins, notamment dans un contexte de transition agroécologique. Nos hypothèses sont que i) les arthropodes présents au vignoble et dans différents habitats de la véraison à maturité constituent un mode de vection des microorganismes fermentaires ii) la cave pendant la période des vinifications constitue une source de retour dans l’environnement de microorganismes fermentaires. Des études antérieures rapportent le transfert de levures commerciales utilisées pour inoculer les cuves de fermentation dans les vignobles à des distances de 400-500 m. Ces travaux se limitent à l’espèce S. cerevisiae, et gagnerait à être étendue à d’autres espèces fermentaires jouant un rôle négatif ou positif sur les processus fermentaires (Oenococcus oeni, Brettanomyces bruxellensis, acetobacter, gluconobacter, …).
– Objectif
L’objectif du stage est de caractériser le microbiote associé aux bioaérosols et aux arthropodes retrouvés dans différents compartiments (e.g., vigne, prairie, forêt) pendant la période de maturation de la baie et de caractériser les échanges entre le microbiote de l’environnement paysager, le microbiote de la cave et celui retrouvé au vignoble lors de la période des vendanges et des vinifications.
– Méthodologies
Pour étudier les flux microbiens, différents prélèvements notamment de bioaérosols (i.e., flux passif de vection) et d’arthropodes (i.e., flux actif) seront réalisés au vignoble et à la cave. Les échantillons collectés seront analysés au laboratoire par des approches complémentaires (cf. ci-dessous) dans l’objectif de déterminer l’abondance et la diversité microbienne, en ciblant notamment les microorganismes fermentaires. Les techniques mobilisées seront des captures d’arthropodes et des collectes de bioaérosols sur un réseau de parcelles suivies sur le long-terme (https://www.siteatelier-bacchus.com/). Ces échantillons seront analysés à l’aide de techniques de microbiologie classique mais aussi de biologie moléculaire : isolement sur milieu solide, identification des colonies par MALDI-TOF MS, typage moléculaire des isolats des levures et bactéries au niveau de la souche, quantification des espèces cibles par d-PCR, inventaire taxonomique des microorganismes par séquençage 16S et ITS. Pour collecter et analyser les microbiotes associés aux arthropodes, différents protocoles décrits dans la littérature seront testés. Les données collectées seront analysées à l’aide modèles généralisés mixtes et de méthodes multivariées.
Profil recherché: Formation en œnologie et/ou en écologie. Bonnes connaissances en microbiologie et en biologie moléculaire ; intérêt pour l’étude des microbiotes ; Rigueur et motivation ; une connaissance de R et des analyses statistiques est un plus. Références bienvenues.
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