Etude de l’état des communautés d’oiseaux en milieu agricole à partir des données du STOC-EPS

OFFRE DE STAGE
La Ligue pour la Protection des Oiseaux propose un stage de M2 de 6 mois :

Etude de l’état des communautés d’oiseaux en milieu agricole
à partir des données du STOC-EPS

CESCO-MNHN (Paris 75) ou LPO France (Rochefort 17)

Réf : « candidature stage STOC – Agri »

Contexte :
Le Museum National d’Histoire Naturelle (MNHN), en partenariat avec la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO France) et l’Office Français de la Biodiversité (OFB), coordonne le “Suivi Temporel des Oiseaux Communs – Echantillonnages Ponctuels Simples” (STOC-EPS), consacré à l’étude approfondie de l’état de conservation des oiseaux communs en France. À travers ce suivi, plus de 2000 ornithologues bénévoles et professionnels, présents sur tout le territoire, recensent l’avifaune française selon un protocole répété chaque année. Depuis sa création en 1989, des dizaines de millions de données ont été collectées, permettant d’analyser l’évolution spatiale et temporelle des 123 espèces d’oiseaux les plus répandues en France. A l’heure actuelle ces tendances sont calculées à l’échelle nationale pour chacune des espèces et pour tous les habitats confondus. En parallèle, le MNHN produit également des indicateurs par groupe de spécialisation (spécialistes agricoles, urbains et forestiers et oiseaux généralistes), utilisés comme baromètre de la biodiversité pour orienter les politiques publiques, en se basant principalement sur l’écologie des espèces (leurs traits d’histoire de vie). Ces estimations montrent une diminution de plus de 40% des abondances relatives des oiseaux spécialistes agricoles en France métropolitaine depuis 1990.
Dans le cadre de ce stage, le MNHN et la LPO souhaitent affiner ces estimations par une approche par habitat et non plus espèces spécialistes centrée, en s’intéressant à toutes les espèces d’oiseaux observées en milieu agricole sur l’ensemble de l’hexagone. L’idée est de comprendre ce qui se cache derrière ce chiffre unique de “tendance des oiseaux spécialistes agricoles”. Comment cette tendance varie-t-elle lorsqu’on restreint les relevés aux milieux agricoles puis que l’on prend en compte différentes variables caractéristiques des parcelles agricoles (type de culture, conventionnelle ou biologique, …) et du paysages alentours (proximité à des éléments semi-naturels comme des haies, des forêts) ?
Au plus près de l’équipe Vigie Nature, ce stage sera effectué au sein du Centre d’Ecologie et des Sciences de la Conservation (CESCO, au MNHN, Paris) ou au Service Connaissance de la LPO France (Rochefort). La.e stagiaire sera co-encadré.e par Benoit Fontaine (Dr, ingénieur de recherche, CESCO, Paris) et Suzanne Bonamour (Dr, chargée d’analyses de données, LPO France, Rochefort).

Objectifs du stage :
L’objectif général du stage est de détailler les estimations des tendances démographiques des oiseaux communs en France en milieux agricoles à partir des données STOC-EPS.
Dans un premier temps, il s’agira d’identifier les points STOC réalisés en milieu agricole à partir de la cartographie des zones agricoles. Les tendances démographiques pour chaque espèce seront ensuite estimées à l’échelle intra-agricole et confronté à l’indicateur “spécialistes agricole” utilisé actuellement par le MNHN. Dans un second temps, des données d’occupation des sols et d’intensification pourront être mobilisées et d’éventuelles différences dans les tendances démographiques des espèces seront estimées en fonction de variables écologiques aux échelles des parcelles agricoles et des paysages. A l’échelle des parcelles, les tendances démographiques pourront être comparées pour chaque espèces entre les types de production (grande culture : céréales et protéagineux, maraichage, cultures pérennes : viticulture et arboriculture, et systèmes prairiaux), les types d’agriculture (conventionnelle ou biologique), et/ou suivant la mise en place ou non de Mesure Agro-Environnemental et Climatique (MAEC). A l’échelle paysagère, elles pourront être comparées en fonction de la présence d’éolienne, la distance à une haie, une forêt, un point d’eau douce, au bâti, et/ou la taille moyenne des parcelles agricoles dans un rayon de 5 km par exemple.
Suivant les intérêts du ou de la candidat.e, d’autres variables explicatives liées à l’écologie des espèces d’oiseaux pourront être étudiées, comme les stratégies de migration (sédentaire versus migrateur) ou les stratégies de reproduction (nicheur au sol ou non…) et/ou le régime alimentaire (granivores, insectivores, mixte…).

Niveau et Compétences :
• Niveau d’étude : étudiant.e en Master 2 en Ecologie et/ou Biostatistiques
• Compétences en analyse de données :
• Compétences en analyses statistiques (modèles linéaire et généralisé, modèle mixte)
• Maitrise du logiciel R (expérience en programmation, utilisation de gros jeux de données)
• Compétences en cartographie et analyses spatiales (Système Information Géographique, SIG)
• Connaissance des bases de données relationnelles
• Connaissances en ornithologie (souhaitable) : connaissance des oiseaux européens.
• Compétences scientifiques en écologie : capacité à organiser le raisonnement et les analyses autour d’hypothèses reliées à l’état de l’art.
• Compétences rédactionnelles, et esprit de synthèse.
• Rigueur et organisation.
• Dynamisme et esprit d’équipe.

A compétences égales, la LPO France portera une attention particulière à toutes les candidatures de personnes en situation de handicap en favorisant l’intégration dès le recrutement. Des référents handicap sont identifiés et participent à leur accompagnement dès leur arrivée, notamment pour veiller à l’adaptation des postes de travail si cela est nécessaire.

Durée du stage :
5-6 mois, début du stage prévu début 2025 (à préciser selon le.a candidat.e) – Convention de stage obligatoire

Rémunération et conditions du stage :
• Titres restaurants pris en charge à 50%
• Avantages CSE dès 4 mois de stage continu
• Indemnisation : selon la législation en vigueur, soit 15 % du plafond horaire de la sécurité sociale
• Indemnité Abonnement transport en commun/ lieu de stage à hauteur de 50% et 100% pour Paris

Contact :
Merci d’adresser votre candidature (CV et lettre de motivation) sous la référence « candidature stage STOC – Agri », avant le 31/10/2025, uniquement par courrier électronique à l’adresse suivante : suzanne.bonamour@lpo.fr et benoit.fontaine@mnhn.fr.