Le contexte L’Université de Lyon 1, en collaboration avec 11 partenaires, coordonne le projet SHAPE-Med@Lyon (www.shape-med-lyon.fr). Le projet COMEDIA-Lyon, primé par le consortium SHAPEMed@Lyon dans le cadre de l’appel à projets 2023, a comme objectif de décrire et expliquer la diversité de la résistance aux antibiotiques dans diverses zones géographiques de la métropole de Lyon. Plus précisément, le projet vise à i) cartographier la diversité des niveaux de résistance chez l’humain (hôpital et communauté), l’animal domestique (chien) et dans l’environnement (eaux usées, fleuve/rivière) et évaluer en quoi les niveaux de résistance se recouvrent d’un secteur à l’autre, ii) identifier les facteurs socio-économiques et conditions de vie associés aux divers niveaux de résistance, et iii) évaluer dans quelle mesure les eaux usées jouent un rôle dans la dissémination de l’antibiorésistance. Il s’agit également de tester un protocole de surveillance de l’antibiorésistance dans les eaux de surface (travaux du réseau AMR-Env). Ce projet collaboratif est porté par l’équipe Santé publique, épidémiologie et écologie évolutive des maladies infectieuses (PHE3ID) des Hospices Civils de Lyon, et l’unité Epidémiologie et Appui à la Surveillance (EAS) de l’Agence Nationale Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses). Le projet a démarré en mars 2024 et se terminera en mars 2028.
Le projet de thèse Le projet COMEDIA-Lyon recrute un doctorant pour une thèse de science (PhD) Lyon en modélisation/data science ou épidémiologie, rattachée à l’école doctorale E2M2 et dont le financement est déjà sécurisé dans le cadre du projet COMEDIA-Lyon.
L’objectif de ce projet de thèse universitaire est d’appliquer une approche de modélisation épidémiologique pour étudier la distribution et la diversité de la résistance aux antibiotiques de Escherichia coli dans la métropole de Lyon, en incluant des données issues des trois secteurs humain, animal, et environnemental. Il s’agira en particulier : i) de confronter données d’usages d’antibiotiques et d’antibiorésistance en médecine de ville et à l’hôpital, ii) au-delà des usages d’antibiotiques, de quantifier l’influence de facteurs socio-démographiques (niveau de pauvreté, catégories d’âge, etc.) sur les niveaux de résistance, et iii) d’explorer dans quelles mesures les niveaux et types de résistance observés dans trois secteurs se recoupent ou non.
Plus généralement, ce projet de thèse contribuera à établir un observatoire local de la résistance aux antibiotiques, et fournira une preuve de concept pour une approche One Health locale et concrète. Les résultats obtenus permettront d’appuyer les politiques locales en termes de maitrise de l’antibiorésistance (bon usage des antibiotiques, gestion des effluents contaminés) auprès des différentes parties prenantes (professionnels et grand public). Questions de recherche principales : 1. Quelle est la distribution et la diversité des E. coli résistants aux antibiotiques isolés de différentes zones géographiques de la métropole de Lyon ? 2. Quels sont les principaux déterminants (usages d’antibiotiques, facteurs socio-démographies) influençant la résistance aux antibiotiques d’E. coli chez l’homme ? 3. Dans quelles mesures les résistances observées chez l’homme, l’animal (chien) et dans les eaux usées se recoupent-elles, et ces observations soutiennent-elles ou non l’hypothèse d’une circulation entre secteurs ?
Autres aspects liés à la formation Une formation complémentaire aux maladies infectieuses émergentes dans le cadre de l’Ecole Universitaire de Recherche EID@Lyon est possible suivant l’intérêt et les disponibilités du candidat.
Profil Ingénieur ou Master 2 en data sciences/data analysis, mathématiques appliquées ou épidémiologie avec un attrait pour les approches quantitatives et la santé Compétences attendues : – Analyses statistiques ; une connaissance des modèles multi-niveaux serait un plus – Cartographie, SIG – Maitrise du logiciel R – Epidémiologie quantitative – Une expérience avec des données de santé serait appréciée mais non indispensable
Savoir être : – Qualités relationnelles et capacité à travailler en équipe – Autonomie, sens des responsabilités et de l’organisation – Capacités de synthèse et d’analyse
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