French version below
Master thesis / Stage de Master 2 de 6 mois
Effect of soil temperature on the ratio saprophytic/mycorrhizal fungi
While global temperatures are projected to increase during the next century by as much as
5°C, the response of soil processes to warming and the feedbacks between the terrestrial and
atmospheric carbon pools influencing climate are amongst the major uncertainties in earth
system model predictions.
The ANR project SOILWARM addresses the effects of rising soil temperature on nutrient
cycling and soil organisms in cooperation with researchers in China and the USA. While
research of the partners is conducted in alpine meadows and forests, the French contribution
is centred around the grassland /arable land long-term study site in Lusignan. At each site,
there are three plot pairs consisting of 3,5 m diameter circular plots, one control and one
heated +4°C.
Among others, the different analyses conducted on the Lusignan site concern N cycling, soil
organic carbon and mesofauna diversity. Laboratories at UMR Agroecology in Dijon have
performed metabarcoding analyses of bacteria and fungi.
Plants in grasslands and arable soils are largely in a mutualistic symbiosis with arbuscular
mycorrhizal fungi to which they allocate carbon in exchange for mineral nutrient uptake. To
address the question whether a rise in temperature has an effect on microbial community
structure and the allocation of resources in the soil, we will quantify the ratio between
symbionts and saprophytes in the different treatments over several years.
Soil samples have been taken in the sites between 2021 and 2024 at different depths and
genomic DNA was extracted. Metabarcoding for arbuscular mycorrhizal fungi, fungi in general
and bacteria is ongoing.
In the present internship, qPCR and Digital Droplet PCR are planned to be conducted using
the available DNA extracts to address the saprophyte/symbiont ratio and to be put into context
with the results of the metabarcording analyses. To this goal, work will be performed on the
design and verification of appropriate marker genes and primers. Statistical analyses of the
obtained data will be conducted using R.
The work is planned to be conducted between January and June 2026 at UMR Agroecology
in Dijon and will be supervised by Dirk Redecker (Holobiont research team) and performed in
cooperation with the GenoSol platform, headed by Samuel Mondy.
Necessary qualifications: interest in soil ecology, experience in molecular DNA analysis,
basic knowledge in R, motivation and initiative, accuracy in conducting lab work
If you are interested, please send a letter of motivation and a CV (English or French) to
dirk.redecker@inrae.fr. Shortlisted candidates will be asked to provide transcripts of recent
grades in their Master program.Stage de Master 2 de 6 mois
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Effet de la température du sol sur le rapport champignons saprophytes/ mycorhiziens
Alors que les températures mondiales pourraient augmenter de 5 °C au cours du siècle
prochain, la réponse des processus du sol au réchauffement et les rétroactions entre les
réservoirs de carbone terrestre et atmosphérique influençant le climat figurent parmi les
principales incertitudes dans les prévisions des modèles du système terrestre.
Le projet ANR SOILWARM étudie les effets de l’augmentation de la température du sol sur le
cycle des nutriments et les organismes du sol en coopération avec des chercheurs en Chine
et aux États-Unis. Alors que les recherches des partenaires sont menées dans les prairies et
forêts alpines, la contribution française s’articule autour du site d’étude à long terme de
Lusignan, qui réunit des prairies et des terres arables. Il y a trois paires de parcelles
composées de parcelles circulaires de 3,5 m de diamètre, une témoin et une chauffée à +4°C.
Entre autres, les différentes analyses menées sur le site de Lusignan concernent le cycle
d’azote, le carbone organique du sol et la diversité des mésofaunas. Les laboratoires de l’UMR
Agroécologie de Dijon ont réalisé des analyses de métabarcoding de bactéries et de
champignons.
Les plantes des prairies et des sols arables sont en grande partie en symbiose mutualiste
avec les champignons mycorhiziens arbusculaires auxquels elles attribuent du carbone en
échange de l’absorption de nutriments minéraux. Pour répondre à la question de savoir si une
augmentation de la température a un effet sur la structure de la communauté microbienne et
l’allocation des ressources dans le sol, nous quantifierons le rapport entre les symbiontes et
les saprophytes dans les différents traitements sur plusieurs années.
Des échantillons de sol ont été prélevés sur les sites entre 2021 et 2024 à différentes
profondeurs et de l’ADN génomique a été extrait. Le métabarcoding pour les champignons
mycorhiziens arbusculaires, les champignons en général et les bactéries est en cours.
Dans le cadre du présent stage, il est prévu de réaliser des qPCRs ou des PCRs digitales
avec les extraits d’ADN disponibles afin d’aborder le rapport saprophyte/symbiote. Les
résultats seront mis en contexte avec les résultats des analyses de métabarcording. À cette
fin, des travaux seront effectués sur la conception et la vérification de gènes marqueurs et
d’amorces appropriés. Des analyses statistiques des données obtenues seront effectuées à
l’aide de R.
Les travaux sont prévus entre janvier et juin 2026 à l’UMR Agroécologie de Dijon et seront
supervisés par Dirk Redecker (équipe de recherche Holobiontes) et réalisés en coopération
avec la plateforme GenoSol, dirigée par Samuel Mondy.
Qualifications nécessaires : intérêt pour l’écologie des sols, expérience dans l’analyse
d’ADN et pratique en biologie moléculaire, connaissances de base en R, motivation et
initiative, précision dans la conduite des travaux de laboratoire
Si vous êtes intéressé(e), veuillez envoyer une lettre de motivation et un CV (anglais ou
français) à dirk.redecker@inrae.fr. Les candidats présélectionnés seront invités à fournir des
relevés de notes des notes récentes de leur programme de Master
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