Contexte scientifique
Avec l’interdiction des pesticides en Europe et l’émergence récurrente de résistances aux insecticides, la fréquence des maladies virales transmises par les insectes dans les paysages agricoles augmente fortement. Les virus des plantes, dont plus de 75 % sont transmis par des vecteurs, sont déjà responsables de dégâts considérables en agriculture (~ un tiers des pertes), et leur impact est amené à augmenter en raison des mesures sanitaires restrictives et du changement climatique global, qui favorisent la propagation des insectes vecteurs. En outre, des études récentes ont montré que les virus peuvent manipuler le phénotype de leurs plantes hôtes (odeurs, couleurs, métabolisme, etc.) et le comportement des vecteurs (préférence, alimentation, dispersion, performances, etc.) en favorisant leur transmission, un mécanisme adaptatif connu sous le nom de « manipulation de l’hôte et du vecteur par les virus des plantes » (Mauck & Chesnais, 2020, doi : 10.1016/j.virusres.2020.197957). Certains des composants du virus responsables de ces effets ont été identifiés, notamment dans notre laboratoire (e.g., Chesnais et al., 2021, doi : 10.1111/mpp.13069). A l’inverse, les déterminants cellulaires et moléculaires de la plante hôte infectée responsables de la manipulation du vecteur sont encore inconnus. La compréhension de ce mécanisme de « manipulation » pourrait contribuer au développement de nouvelles méthodes de contrôle basées sur le blocage, ou l’inhibition, de la transmission des virus, en affectant le comportement des vecteurs.
L’objectif de la thèse est de comprendre les mécanismes qui sous-tendent les effets de manipulation de virus sur le phénotype de leur plante hôte, Arabidopsis thaliana, et sur les réponses comportementales de leur puceron vecteur, Myzus persicae. Deux virus aux modes de transmission différents ont été sélectionnés, le virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV) et le virus de la jaunisse du navet (TuYV), car ils sont responsables d’altérations phénotypiques et comportementales distinctes.
La thèse se déroulera en trois étapes :
1) Au moyen d’un outil de vidéo-phénotypage à haut débit, les réponses comportementales des pucerons vecteurs (orientation, alimentation, dispersion…) seront caractérisées sur une collection d’accessions naturelles d’A. thaliana saines et infectées.
2) Avec des collaborateurs en génétique, les données de phénotypage seront exploitées pour identifier des loci fonctionnels (gènes ou régions génomiques) potentiellement impliqués dans les réponses comportementales par « Genome-Wide Association Study » (GWAS).
3) Des travaux de validation fonctionnelle (e.g., analyse du comportement alimentaire via la technique d’électro-pénétrographie, tests de choix, suivi de dispersion…) seront réalisés à partir de plantes chez lesquelles l’expression du, ou des, gène(s) candidat(s) sera dérégulée. Pour cette dernière partie, le candidat sera assisté par un(e) ingénieur(e) pour la création ou la caractérisation du matériel biologique.
Nous recherchons un étudiant motivé par l’étude des interactions plantes-insectes, et du comportement des insectes vecteurs de virus. Ce sujet de thèse entièrement financé fait partie d’un projet ANR JCJC « PHENOMANI » (début 2025). Le candidat sélectionné bénéficiera du soutien financier de ce projet (i.e., expérimentations, formations, conférences…). Le doctorant sera basé à Colmar, supervisé par Quentin Chesnais (https://svqv.colmar.hub.inrae.fr/personnel/chesnais-quentin) et Véronique Brault (https://svqv.colmar.hub.inrae.fr/personnel/braut-veronique).
LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS
Master/diplôme d’ingénieur
Formation requise : Master (ou diplôme équivalent) en écologie/évolution, entomologie, agronomie ou virologie.
Connaissances requises :
– Connaissances de base sur les interactions plantes-insectes et la phytopathologie ;
– Intérêt pour l’étude du comportement des insectes à l’aide de nouveaux outils (vidéo-phénotypage) ;
– Expérience dans le traitement des données et l’utilisation d’outils d’analyse statistique (e.g., R) ;
– Une expérience des techniques de biologie moléculaire (RT-PCR, clonage, VIGS, etc.) serait un plus.
Le candidat réalisera des expériences de manière autonome dans des conditions de laboratoire contrôlées. Le candidat doit être curieux, méticuleux et avoir de bonnes capacités de communication (en français et en anglais) pour interagir efficacement avec les membres de l’équipe.
Unité: UMR SVQV 1131 (Équipe Virologie et Vection)
Lieu de travail : Centre INRAE Grand Est-Colmar
Type de contrat : Doctorat
Durée du contrat : 36 mois
École Doctorale : ED 414 Université de Strasbourg
Date d’entrée en fonction : Février-Mars 2025
Rémunération : 2200€ brut/mois
Modalités pour postuler
Veuillez fournir : (1) une lettre de motivation avec un exposé des intérêts de recherche, des compétences et de l’expérience en rapport avec le poste, (2) un CV, (3) les coordonnées d’une ou deux personnes de référence, et (4) des copies des diplômes et des relevés de notes.
Par e-mail : quentin.chesnais@inrae.fr et veronique.brault@inrae.fr
Date limite pour postuler : 30 Novembre 2024
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