Date limite de réception : 20/11/2024
Lien : https://www.talentdetection.com/ifremer/offre-57306-htRL32
Description:
Depuis les années 2010, l’étude du microbiome et des liens avec la santé de l’hôte est en plein essor, particulièrement chez les vertébrés (1). Cette thématique bénéficie largement du développement des techniques de séquençage à haut débit, qui permettent désormais d’étudier les communautés microbiennes associées également aux invertébrés (2). Tout être vivant peut ainsi être considéré comme l’association d’un hôte et de son microbiome appelée « holobionte », un concept qui modifie fondamentalement notre vision et notre compréhension de la biologie (3).
Les bivalves marins sont des espèces écologiques clés qui jouent un rôle essentiel dans les écosystèmes côtiers en fournissant un habitat, en assurant la médiation des flux d’énergie bentho-pélagiques et en maintenant la qualité de l’eau. Leur mode de vie benthique et leur activité de filtration en font également des sentinelles utiles pour détecter la pollution. Elles ont enfin une forte importance économique en aquaculture. Ces dernières années, des maladies d’origine virale ou bactérienne touchent régulièrement la filière ostréicole. L’intégration du rôle du microbiome pourrait permettre une meilleure compréhension de la physiologie et de la capacité de ces organismes à faire face aux maladies, particulièrement en présence de polluants dans l’environnement (4).
Le stage s’intègrera au projet Symbiotox qui vise à étudier les liens entre polluants, modifications du microbiome des organismes marins et santé des écosystèmes. Des résultats préliminaires confirment le lien entre les niveaux de pollution et la composition du microbiome d’huitres prélevées sur le littoral français. Une seconde partie du projet s’intéresse aux conséquences d’une exposition à un mélange de pesticides au stade larvaire (5) sur la résistance des huitres juvéniles à une infection par l’herpès virus OsHV-1 puis celle des adultes à une infection par la bactérie Vibrio aestuarianus.
Hou, K., Wu, ZX., Chen, XY. et al. Microbiota in health and diseases. Sig Transduct Target Ther 7, 135 (2022). https://doi.org/10.1038/s41392-022-00974-4
Douglas, A.E. Simple animal models for microbiome research. Nat Rev Microbiol 17, 764–775 (2019). https://doi.org/10.1038/s41579-019-0242-1
Bosch, T.C.G., Miller, D.J. (2016). Introduction: The Holobiont Imperative. In: The Holobiont Imperative. Springer, Vienna. https://doi.org/10.1007/978-3-7091-1896-2_1
Paillard C, Gueguen Y, Wegner KM, Bass D, Pallavicini A, Vezzulli L, Arzul I. (2022). Recent advances in bivalve-microbiota interactions for disease prevention in aquaculture. Curr Opin Biotechnol. 73:225-232. https://doi.org/10.1016/j.copbio.2021.07.026
Sol Dourdin T, Rivière G, Cormier A, Di Poi C, Guyomard K, Rabiller M, Akcha F, Bah Sadialiou T, Le Monier P, Sussarellu R. (2023). Molecular and phenotypic effects of early exposure to an environmentally relevant pesticide mixture in the Pacific oyster, Crassostrea gigas. Environ Pollut. 326:121472. doi: https://doi.org/10.1016/j.envpol.2023.121472.
Missions principales:
Le.la stagiaire participera à la mise au point d’une expérience d’exposition en milieu contrôlé à V. aestuarianus. Il.elle sera en charge de l’extraction de l’ADN et de la préparation des librairies Oxford Nanopore et séquençage par MinIon des échantillons déjà prélevés. L’analyse des résultats se fera sous R afin de mettre en relation la composition du microbiome avec le phénotype des hôtes (résistantes ou non à OsHV-1), l’exposition à des contaminants au stade larvaire, et la progression de l’infection virale ou bactérienne.
Le stage se déroulera majoritairement sur le site du Centre Atlantique de l’Ifremer à Nantes, au sein de l’unité CCEM. Il sera supervisé par Anthony Bertucci, chercheur en écotoxicologie et porteur de la chaire « Contaminants, Mer et Santé », et Maëlann Roger, doctorante de deuxième année. Il pourra inclure des déplacements sur les plateformes de Bouin et de la Tremblade.
Période et durée du stage
5 à 6 mois en fonction de la formation.
Profil recherché
Etudiant.e. en Master 2 dans les domaines de la biologie moléculaire, de la microbiologie et de la bioinformatique (et domaines connexes).
Connaissances souhaitées en analyse de données. Une première expérience en laboratoire de biologie moléculaire et/ou en traitement de données de métagénomique serait un plus.
Qualités personnelles:
Curiosité, Rigueur, Patience, Capacités d’observation, d’analyse, de synthèse, et de rédaction ainsi que des compétences pour le travail en autonomie et en équipe sont attendus, Intérêt pour l’étude des réponses des organismes aquatiques aux perturbations environnementales d’origine anthropique.
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