Volontaire Service Civique dans les Terres Australes en Eco-épidémiologie / Oiseaux marins / Biologie de la conservation – 14 mois

Date limite de candidature : 10/02/2022

DESCRIPTION DU POSTE

ECOLOGUE Projet IPEV 1151 ECOPATH – île d’Amsterdam

Dans le cadre du Volontariat de Service Civique, nous cherchons un biologiste (F – H) pour travailler sur l’Ile d’Amsterdam, dans la Réserve Naturelle Nationale des Terres Australes Françaises. La candidate ou le candidat participera à un hivernage d’une durée d’environ quatorze mois pour un projet de l’Institut Polaire Français (IPEV) développé par une équipe de recherche du CEFE (CNRS-Université Montpellier) sur l’écologie de la circulation des agents infectieux dans les populations de vertébrés coloniaux (Projet n°1151 ECOPATH).

Libellé du poste : Ecologue et/ou vétérinaire – 1 poste

Objectifs du projet :
– Assurer la continuité de suivis éco-épidémiologiques de différentes populations animales de l’Ile d’Amsterdam pour comprendre les facteurs affectant la circulation d’agents infectieux (oiseaux marins, mammifères marins et rongeurs introduits).
– Participer à la conduite de travaux spécifiques sur les déplacements d’individus susceptibles de disséminer des agents infectieux.
– Participer à la conduite de travaux spécifiques sur les moyens potentiels d’intervention pour protéger les populations d’oiseaux marins menacées (en particulier sur des albatros) des effets d’agents pathogènes (tests d’approches vaccinales notamment).

Tâches à effectuer :
– Acquisition de données de suivi individuel (observations, captures, baguage) et collecte d’échantillons (prises de sang, écouvillons) sur des oiseaux marins (albatros à bec jaune et labbe subantarctique principalement) et des mammifères (rat brun et otarie à fourrure principalement).
– Déploiement d’appareils enregistreurs miniaturisés (GPS) sur des oiseaux marins et gestion des données collectées.
– Autopsies de cadavres de différentes espèces.
– Mise en culture microbiologique de prélèvements, sélection de souches bactériennes.
– Application du protocole de vaccination sur une cohorte test d’albatros à bec jaune.
– Participation à l’évaluation de l’impact des mammifères introduits sur les espèces natives (déploiement de pièges photographiques, piégeage et capture de rongeurs…).

Matériel utilisé :
– Baguage d’oiseaux marins : pinces à baguer/débaguer, bagues en métal et plastique (Darvic®)
– Saisie de données : carnet de terrain électronique/tablette de terrain
– Prélèvement biologique : seringues, écouvillons
– Microbiologie : boîtes de Pétri, ensemenceurs, étuve, autoclave
– Conditionnement des échantillons : centrifugeuse, micropipette
– Équipements miniaturisés de suivi de déplacements d’oiseaux : GPS-UHF et station de réception
– Matériel d’escalade pour l’accès au site d’étude (par via ferrata) : harnais, longes, matériel de sécurité de montagne

Formation : Biologiste/écologue/vétérinaire
– Connaissances naturalistes (ornithologie, mammalogie)
– Expérience en manipulation dans le cadre de programmes sur la faune sauvage : baguage, mensurations, prise de sang et prélèvements biologiques.
– Connaissance sur l’écologie des maladies infectieuses.
– Maîtrise d’outils informatiques de base (tableur, gestion de bases de données) et si possible d’outils SIG.
– Expérience dans des programmes de recherche en écologie des populations/éco-épidémiologie.
– Un plus serait d’avoir des connaissances/expériences en culture bactérienne et microbiologie.

Conditions particulières du travail sur le terrain :
– Ne pas craindre de travailler sur de longues périodes à l’extérieur dans des conditions climatiques souvent difficiles (vent, pluie…) et en situation relativement isolée.
– Avoir une bonne expérience de la randonnée et être capable de travailler en falaise (marches longues et difficiles, passages en via ferrata, accès aux colonies en utilisant une main courante).
– Le VSC sera formé lors de son arrivée par le VSC déjà en place, accompagnée d’un personnel de l’équipe (2 ou 3 personnes sur le terrain pour le début de campagne estivale).

Lieu : île d’Amsterdam
Départ : prévu en octobre 2022 (précédé d’une période de formation au CEFE)
Durée : environ 14 mois
Indemnité mensuelle terrain : environ 1012 euros net non imposable, logé(e) et nourri(e)

PROCEDURE DE RECRUTEMENT

Dans un premier temps, contacter Thierry BOULINIER, responsable du projet, en envoyant CV et courrier de motivation avant le 10/02/2022 à l’adresse suivante :

E-mail: thierry.boulinier@cefe.cnrs.fr

Toutes les demandes seront examinées. Les candidat(e)s susceptibles d’être retenus seront contactés à l’issu de l’examen des dossiers.

Pour plus d’informations sur l’équipe responsable du projet : thierryboulinier.wordpress.com
Pour plus d’informations sur les recrutements de VSC par l’IPEV : https://www.institut-polaire.fr/ipev/recrutement/

DESCRIPTION DU PROJET SCIENTIFIQUE

Titre du projet IPEV ECOPATH (n°1151): Ecologie de la circulation d’agents infectieux dans les populations de vertébrés coloniaux des terres australes et antarctiques: surveillance, compréhension et implications pour la gestion.

Résumé du projet:
La description et la compréhension des facteurs qui affectent la circulation d’agents infectieux dans les populations animales sont importantes d’un point de vue fondamental, mais aussi appliqué. Les populations de vertébrés sauvages vivant dans les zones polaires de l’hémisphère sud sont de plus en plus sujettes à des menaces dues à des maladies infectieuses, en plus d’autres menaces environnementales, et il est primordial de disposer de données de base sur l’état éco-épidémiologique de ces systèmes et de comprendre leurs dynamiques. Les populations de vertébrés se reproduisant en colonies sont particulièrement importantes à étudier dans ce contexte car elles peuvent subir des épisodes de mortalités pouvant atteindre des centaines voire des milliers d’individus, et elles sont distribuées en unités discrètes au sein desquelles et entre lesquelles la transmission d’agents infectieux peut être affectée par différents processus complexes. Dans ce contexte, le programme ECOPATH n°1151 explore les processus de dispersion à grandes échelles et les interactions locales entre hôtes et parasites, et comment ceux-ci peuvent affecter la circulation d’agents infectieux et ses conséquences possibles. Afin de faire cela, nous combinons des analyses de laboratoire sur des échantillons prélevés sur le terrain dans le cadre de suivi à long-terme et/ou dans un contexte spatialisé, la conduite d’expérimentations de terrain (vaccination) et le développement de modèles théoriques. Le travail repose sur l’utilisation d’appareils enregistreurs type GPS-UHF à panneaux photovoltaïques et sur des techniques d’immunologie et biologie moléculaire. Pour l’acquisition de données et d’échantillons, le programme bénéficie en partie de collaborations avec d’autres programmes IPEV conduits dans des sites clefs. Le travail est mené en coordination avec la Réserve Naturelle des Terres Australes Françaises. Un axe spécifique concerne les agents infectieux transmis d’une façon directe entre individus et potentiellement responsables d’épidémies, tel que l’agent du Choléra aviaire; un autre axe est développé sur les tiques et agents infectieux transmis par les tiques. Enfin, un axe se focalise sur l’optimisation de la mise en place de programme de surveillance et de gestion.

Le projet IPEV ECOPATH n°1151 sera mené en synergie avec les projets ECOPATHS (2022-2025 ; ‘Ecology of the transmission of pathogens in south-polar vertebrates: surveillance, understanding and implication for conservation of biodiversity’), sélectionné par le comité ‘Maladies Infectieuses et Environnement’ de l’Appel à projets générique de l’Agence National de la Recherche, et REMOVE_DISEASE (2022-2025 ; ‘Conservation and restoration of degraded insular biodiversity: impacts of the removal of introduced mammals on the dynamics of infectious diseases in seabirds across islands of the Southern Ocean’), sélectionné à l’appel à projets internationaux BIODIVRESTORE des agences BiodivERsA et Water JPI. Les projets impliquent comme partenaires le Laboratoire Santé Animale de l’ANSES Maisons-Alfort et le Laboratoire d’Anthropologie Sociale du CNRS/EHESS/Collège de France, ainsi que le Marine and Environmental Sciences Center, ISPA, Instituto Universitário, Lisbonne, Portugal, le Fitzpatrick Institute of African Ornithology, University of Cape Town, et la Nelson Mandela University, Port Elisabeth, Afrique du Sud. Le projet IPEV ECOPATH n°1151 bénéficie aussi de la sélection du projet BIAUSTRAL dans le cadre de l’appel d’offre CNRS ’80 Prime’ (projet de recherche interdisciplinaire multi-équipes).

Références de l’équipe sur le sujet :

Barbosa, A., Varsani, A., Morandini, V., Grimaldi, W., Vanstreels, R.E.T., Diaz, J.I., Boulinier, T., Dewar, M., González-Acuña, D., Gray, R., McMahon, C.R., Miller, G., Power, M., Gamble, A., Wille, M. 2020. Risk Assessment of SARS-CoV-2 in Antarctic Wildlife. Science of the Total Environment 143352.

Boulinier, T., Kada, S., Ponchon, A., Dupraz, M., Dietrich, M., Gamble, A., Bourret, V., Duriez, O., Bazire, R., Tornos, J., Tveraa, T., Chambert, T., Garnier, R. & McCoy, K.D. 2016. Migration, prospecting, dispersal? What host movement matters for infectious agent circulation? Integrative and Comparative Biology 56: 330-42.

Boulinier, T., Gamble, A., Tornos, J. & Garnier, R. 2017. Circulation d’agents infectieux dans les populations de vertébrés coloniaux des terres australes : surveillance, compréhension et implications pour la gestion. IPEV 2016: Rapport d’activité − Campagne 2016−2017 incluse: 52−61.

Boulinier, T., Betoulle, S., Casa, F., St Pierre, Y., Tornos, J., Bodin-Wichlacz, C., Gamble, A. & Tasiemski, A. 2020. Panorama des recherches et des derniers résultats sur les pathogènes en milieu polaire. IPEV Rapport d’activité 2018-2019: ( https://thierryboulinier.files.wordpress.com/2016/03/boulinier-et-al_2020-panorama-des-recherches_rapport_ipev_2018-2019.pdf )

Bourret, V., Gamble, A., Tornos, J., Jaeger, A., Delord, K., Barbraud, C., Tortosa, P., Kada, K., Thiebot, J.-B., Thibault, E., Gantelet, H., Weimerskirch, H., Garnier, R. & Boulinier T. 2018. Vaccination protects endangered albatross chicks against avian cholera. Conservation Letters 11: e12443.

Chambert, T., Staszewski, V., Lobato, E., Choquet, R., McCoy, K.D., Tveraa, T. & Boulinier T. 2012. Exposure of Black-legged kittiwakes to Lyme disease spirochetes: dynamics of the immune status of adult individuals and effects on their survival. Journal of Animal Ecology 81: 986-995.

Dietrich, M., Kempf, F., Boulinier, T. & McCoy, K.D. 2014. Tracing the colonisation and diversification of the worldwide seabird ectoparasite Ixodes uriae. Molecular Ecology 23: 3292-3305.

Gamble A., Garnier R., Jaeger A., Thibault E., Gantelet H., Tortosa P., Bourret V., Thiebot J.-B., Delord K., Weimerskirch H., Tornos J., Barbraud C. & Boulinier T. 2019a. Exposure of albatrosses to the avian cholera agent leads to a short-lived immune response: implications for disease surveillance and management. Oecologia 189: 939-949.

Gamble A., Bazire R., Delord K., Barbraud C., Jaeger A., Gantelet H., Thibault E., Lebarbenchon C., Lagadec E., Tortosa P., Weimerskirch H., Thiebot J.-B., Garnier R., Tornos J. & Boulinier T. 2019b. Predator and scavenger movements among and within endangered seabird colonies: opportunities for pathogen spread. Journal of Applied Ecology 57: 367-378.

Gamble, A., Garnier, R., Chambert, T., Gimenez, O. & Boulinier, T. 2019. Next generation serology: integrating cross-sectional and capture-recapture approaches to infer disease dynamics. Ecology 101: e02923.

Gamble, A., Weimerskirch, H. & Boulinier, T. 2020. Seabirds blinded by ticks. Frontiers in Ecology and the Environment (EcoPics) doi:10.1002/fee.2237.

Garnier, R., Ramos, R., Staszewski, V., Militão, T., Lobato, E., González-Solís, J. & Boulinier, T. 2012. Maternal antibody persistence: a neglected life history trait with implications from albatross conservation to comparative immunology. Proceedings of the Royal Society, London B 279: 2033-2041.

Garnier, R., Ramos, R., Sanz-Aguilar, A., Poisbleau, M., Weimerskirch, H., Burthe, S., Tornos, J. & Boulinier, T. 2017. Interpreting ELISA analyses from wild animal samples: some recurrent issues and solutions. Functional Ecology 31: 2255–2262.

Jaeger, A., Lebarbenchon, C., Bourret, V., Bastien, M., Lagadec, E., Thiebot, J.-B., Boulinier, T., Delord, K., Barbraud, C., Marteau, C., Dellagi, K., Tortosa, P. & Weimerskirch, H. 2018. Avian cholera outbreaks threaten seabird species on Amsterdam Island. PLOS One 13: e0197291.

Jaeger, A., Gamble, A., Lagadec, E., Lebarbenchon, C., Bourret, V., Tornos, J., Barbraud, C., Lemberger, K., Delord, K., Weimerskirch, H., Thiebot, J.-B., Boulinier, T. & Tortosa, P. 2020. Impact of annual bacterial epizootics on albatross population on a remote island. EcoHealth 17: 194-202.

Ponchon, A., Grémillet, D., Doligez, B., Chambert, T., Tveraa, T., González-Solís, J. & Boulinier, T. 2013. Tracking prospecting movements involved in breeding habitat selection: insights, pitfalls and perspectives. Methods in Ecology and Evolution 4: 143-150.

Ponchon, A., Gamble, A., Tornos, J., Delord, K., Barbraud, C., Travis, J.M.J., Weimerskirch, H., Boulinier, T. 2021. Similar at-sea behaviour but different habitat use between failed and successful breeding albatrosses. Marine Ecology Progress Series, on-line.

Ramos, R., Garnier, R., Gonzalez-Solis, J. & Boulinier, T. 2014. Long antibody persistence and transgenerational transfer of immunity in a long-lived vertebrate. The American Naturalist 184: 764-776.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: thierry.boulinier@cefe.cnrs.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.